PDB-4wd2: Crystal structure of an aromatic amino acid aminotransferase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wd2

タイトル

Crystal structure of an aromatic amino acid aminotransferase from Burkholderia cenocepacia J2315

要素

Aromatic-amino-acid transaminase TyrB

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia K56-2Valvano (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an aromatic amino acid aminotransferase from Burkholderia cenocepacia J2315
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2014年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 2.2	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wd2.cif.gz	175.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wd2.ent.gz	133.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wd2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wd2_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wd2_full_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示
XML形式データ	4wd2_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	4wd2_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/4wd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/4wd2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tatS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4f4e-d 5wmh-1 2ay1-d 1bqa-d 1asf-1 4f5k-d 1aic-d 1ix6-1 4rkd-4 1g7w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.01471.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aromatic-amino-acid transaminase TyrB

ヘテロ分子

45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aromatic-amino-acid transaminase TyrB

ヘテロ分子

A: Aromatic-amino-acid transaminase TyrB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.220, 59.220, 200.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-735- HOH

詳細

The biological unit is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the crystallographic operations x,x-y,-z+1

#1: タンパク質	Aromatic-amino-acid transaminase TyrB 分子量: 44888.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia K56-2Valvano (バクテリア) 遺伝子: tyrB, BURCENK562V_C3553 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: T0EWC0, aromatic-amino-acid transaminase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen d1: 24% PEG 1500, 20% glycerol; BuceA.01471.a.B1.PS01824 at 20 mg/ml + 2.5mM pyridoxal phosphate; di rect cryo; tray 257500 d1, puck zba1-4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月25日

放射

モノクロメーター: Rigaku VariMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: k,h,-l / Fraction: 0.27

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 29633 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.86 % / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 0.909 / Net I/σ(I): 22.52 / Num. measured all: 292285

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2		4.8	0.867	0.346	4.72	9510	2184	1986	0.387	90.9
2-2.06			0.911	0.307	6.07	12281	2136	2066	0.336	96.7
2.06-2.12			0.942	0.285	7.89	15599	2092	2088	0.306	99.8
2.12-2.18			0.97	0.247	10.68	20200	1998	1998	0.261	100
2.18-2.25			0.98	0.207	13.16	20856	1938	1938	0.217	100
2.25-2.33			0.985	0.193	13.75	20421	1889	1889	0.203	100
2.33-2.42			0.988	0.17	15.49	19996	1826	1826	0.179	100
2.42-2.52			0.99	0.158	16.53	19344	1773	1773	0.165	100
2.52-2.63			0.992	0.134	19.14	18478	1677	1677	0.14	100
2.63-2.76			0.994	0.124	20.38	17769	1628	1628	0.13	100
2.76-2.91			0.996	0.103	23.92	16958	1532	1532	0.108	100
2.91-3.08			0.997	0.083	28.37	16381	1484	1484	0.087	100
3.08-3.3			0.998	0.069	33.06	15260	1382	1382	0.073	100
3.3-3.56			0.999	0.054	42.27	14056	1270	1268	0.057	99.8
3.56-3.9			0.999	0.046	49.24	13086	1195	1195	0.048	100
3.9-4.36			0.999	0.044	50.8	11855	1079	1079	0.046	100
4.36-5.03			0.999	0.041	53.13	10665	971	971	0.043	100
5.03-6.17			0.999	0.05	43.31	8873	815	815	0.053	100
6.17-8.72			0.999	0.044	47.55	6988	654	653	0.046	99.8
	8.72		0.999	0.031	61.61	3709	392	385	0.033	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1779)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3tat

3tat

解像度: 1.95→45.647 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.36 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1514	1497	5.06 %	Random selection
R_work	0.1156	28055	-	-
obs	0.1183	29568	99.09 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.85 Å² / B_iso mean: 16.3048 Å² / B_iso min: 5.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→45.647 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3009	0	24	396	3429
B_iso mean	-	-	31.45	24.81	-
残基数	-	-	-	-	398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3124
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.893	4245
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	556
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.602	1122

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9507-2.0137	0.1793	126	0.1487	2323	2449	87
2.0137-2.0856	0.1912	129	0.1384	2498	2627	93
2.0856-2.1691	0.1814	135	0.1281	2563	2698	95
2.1691-2.2678	0.1657	137	0.1209	2567	2704	95
2.2678-2.3873	0.1289	131	0.1175	2535	2666	95
2.3873-2.5368	0.153	136	0.1178	2549	2685	95
2.5368-2.7326	0.1604	141	0.1155	2561	2702	95
2.7326-3.0074	0.1506	134	0.1127	2580	2714	95
3.0074-3.4421	0.1561	139	0.1114	2586	2725	95
3.4421-4.3349	0.1271	136	0.1008	2592	2728	95
4.3349-31.5716	0.1417	141	0.116	2701	2842	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0053	-0.0014	0.0174	-0.0004	-0.0049	0.0265	-0.0062	-0.0593	0.1203	0.0467	-0.0856	0.0007	-0.0885	-0.1078	0.1029	0.2012	0.0186	0.0128	0.1974	-0.0028	0.1614	-9.4076	22.8447	97.8074
2	1.6166	-0.5594	1.0878	0.6427	-0.3289	0.7927	0.041	-0.0331	-0.1406	0.105	0.0574	0.1415	0.0062	-0.1319	-0.0953	0.1222	0.0191	0.0369	0.1295	0.0133	0.1305	-11.6792	-4.6276	93.1716
3	0.4403	0.2752	-0.0716	0.8994	-0.1458	1.0289	0.02	0.0046	0.0494	0.0685	0.0264	-0.0244	-0.1234	0.0627	-0.05	0.0644	0.0148	0.0059	0.0833	-0.0157	0.0841	9.5922	6.5068	83.4621
4	0.2999	0.0302	0.0832	0.22	-0.1148	0.7214	-0.0012	-0.007	-0.0071	0.0098	0.0063	-0.0014	0.0114	-0.0019	-0.003	0.0774	0.0122	-0.0023	0.0528	-0.0147	0.0821	0.2917	0.5604	81.0743
5	1.215	-0.1953	-0.2358	2.984	0.6382	1.561	0.0448	0.0618	0.0157	-0.1789	-0.0163	-0.0971	-0.1652	-0.1327	-0.0244	0.1116	0.0433	-0.0086	0.1188	-0.0253	0.1213	-10.6645	23.0901	75.9999
6	1.0763	-0.4568	0.4236	0.9035	0.148	0.8384	0.0018	0.0222	0.0931	-0.0606	-0.0518	0.0182	-0.1323	-0.0453	0.0403	0.1384	0.0466	0.0015	0.1108	-0.0072	0.1134	-16.8327	23.4913	78.6316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 32 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 71 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 178 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 179 through 330 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 331 through 363 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 364 through 400 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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