PDB-4wck: Crystal Structure of apo Cell Shape Determinant protein Csd4 from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wck

タイトル

Crystal Structure of apo Cell Shape Determinant protein Csd4 from Helicobacter pylori

要素

Conserved hypothetical secreted protein

キーワード

HYDROLASE / mixed alpha beta sandwich / carboxypeptidase / M14

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Chan, A.C. / Murphy, M.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Helical Shape of Helicobacter pylori Requires an Atypical Glutamine as a Zinc Ligand in the Carboxypeptidase Csd4.
著者: Chan, A.C. / Blair, K.M. / Liu, Y. / Frirdich, E. / Gaynor, E.C. / Tanner, M.E. / Salama, N.R. / Murphy, M.E.

履歴

登録	2014年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wck.cif.gz	273.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wck.ent.gz	223.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wck.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wck_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wck_full_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示
XML形式データ	4wck_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	4wck_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wck	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wclC 4wcmC 4wcnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wcm-d 4q6o-d 4q6q-d 4wcn-d 4wcl-d 5d2r-d 4q6m-d 4m4q-2 3k5w-d 4m5u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conserved hypothetical secreted protein

ヘテロ分子

54.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.280, 66.780, 145.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Conserved hypothetical secreted protein 分子量: 50178.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: G27 / 遺伝子: HPG27_353 / プラスミド: pET15b(mod) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5ZAD9
#2: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄N₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 16-20% PEG 3350, 0-0.1 mM Tris, and 0.3-0.4 M NaI

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→42.99 Å / Num. obs: 197473 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.56
反射シェル	解像度: 1.4→1.44 Å / R_merge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

解像度: 1.4→42.99 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 14.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.159	9858	4.99 %
R_work	0.142	-	-
obs	0.143	197471	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3393	0	45	466	3904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	3581
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.486	4852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.72	1373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.283	322	0.2479	6144	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4159-1.4326	0.2638	329	0.2401	6269	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4326-1.45	0.2026	334	0.2123	6322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.4684	0.1953	333	0.1985	6237	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4684-1.4877	0.2258	326	0.1913	6197	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4877-1.5081	0.1962	329	0.1776	6280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5081-1.5297	0.1757	331	0.1639	6290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5297-1.5525	0.1712	327	0.163	6248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5525-1.5767	0.1995	333	0.1608	6257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5767-1.6026	0.1523	330	0.1535	6231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6026-1.6302	0.1814	326	0.1502	6251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6302-1.6599	0.1624	331	0.15	6280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6599-1.6918	0.1646	328	0.1442	6226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6918-1.7263	0.1759	333	0.1386	6269	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.7639	0.1673	332	0.1367	6313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8049	0.1695	323	0.1343	6219	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.85	0.1599	325	0.1317	6279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9001	0.1593	328	0.1325	6275	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9001-1.956	0.1497	328	0.131	6211	X-RAY DIFFRACTION	100
1.956-2.0191	0.1475	334	0.1309	6277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0913	0.151	327	0.1326	6252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0913-2.175	0.1452	321	0.1264	6247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.274	0.1445	331	0.1291	6237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.274-2.3939	0.132	332	0.1245	6289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3939-2.5438	0.1428	333	0.1324	6265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5438-2.7402	0.1453	320	0.1314	6224	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-3.0159	0.1469	336	0.1371	6283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0159-3.4522	0.1664	321	0.141	6244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4522-4.3487	0.1461	325	0.1297	6269	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3487-43.0083	0.1652	330	0.1517	6228	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3437	-0.0132	-0.0132	0.8729	-0.3109	1.2	0.0544	0.0953	0.0387	-0.058	-0.0195	0.021	0.0733	-0.0721	-0.016	0.0639	0.0007	0.0047	0.0559	0.0045	0.0798	4.0922	33.7457	-3.037
2	0.3779	0.1031	0.8067	0.4729	0.1796	3.2511	0.022	-0.1653	0.0446	0.0996	-0.0109	0.0219	0.1269	-0.2694	-0.0051	0.1391	-0.015	-0.0027	0.1669	-0.0129	0.103	4.3092	25.6412	34.9407

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 20:267
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 268:438

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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