PDB-4wcb: Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodies...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wcb

タイトル

Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, with mutation H309Q

要素

2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / myelin / nervous system

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / oligodendrocyte differentiation / axonogenesis / adult locomotory behavior / response to toxic substance / melanosome / myelin sheath / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Kursula, P.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Determinants of ligand binding and catalytic activity in the myelin enzyme 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase.
著者: Raasakka, A. / Myllykoski, M. / Laulumaa, S. / Lehtimaki, M. / Hartlein, M. / Moulin, M. / Kursula, I. / Kursula, P.

履歴

登録	2014年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wcb.cif.gz	143 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wcb.ent.gz	112.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wcb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wcb_validation.pdf.gz	419.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wcb_full_validation.pdf.gz	420.1 KB	表示
XML形式データ	4wcb_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	4wcb_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wcb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wbiC 4wblC 4wc9C 4wcaC 4wccC 4wdaC 4wdbC 4wddC 4wdeC 4wdfC 4wdgC 4wdhC 4wexC 4wfrC 5ae0C 2xmiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zbr-2 4wcc-d 2ypc-d 4wdd-d 2ydb-d 3zbr-1 3a0d-1 4wdf-d 4wfr-d 4wdg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.810, 48.270, 108.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / CNPase 分子量: 24283.910 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, UNP residues 179-398 / 変異: H309Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnp, Cnp1 / プラスミド: pTH27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na-acetate, PEG 4000/6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX II

/ ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04088 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.04088 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→30 Å / Num. obs: 29179 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.79 Å² / R_merge F obs: 0.112 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.983 / Net I/σ(I): 18.18 / Num. measured all: 200891

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.57-1.61		0.79	0.938	2.14	12993	2159	2147	1.032	99.4
1.61-1.65		0.639	0.763	2.61	13522	2035	2035	0.829	100
1.65-1.7		0.506	0.565	3.45	13515	2015	2014	0.613	100
1.7-1.76		0.4	0.473	4.19	13398	1956	1954	0.512	99.9
1.76-1.81		0.324	0.374	5.25	13234	1890	1889	0.404	99.9
1.81-1.88		0.271	0.306	6.48	13144	1867	1867	0.33	100
1.88-1.95		0.189	0.234	8.3	12582	1775	1775	0.252	100
1.95-2.03		0.126	0.164	11.82	12210	1708	1708	0.176	100
2.03-2.12		0.093	0.126	14.98	11716	1648	1647	0.136	99.9
2.12-2.22		0.072	0.099	18.99	11132	1567	1567	0.106	100
2.22-2.34		0.067	0.088	21.87	10706	1509	1508	0.095	99.9
2.34-2.48		0.056	0.074	24.94	10213	1433	1433	0.08	100
2.48-2.65		0.045	0.065	27.73	9631	1350	1350	0.07	100
2.65-2.87		0.039	0.053	31.93	8827	1258	1258	0.058	100
2.87-3.14		0.031	0.044	37.2	8116	1165	1165	0.048	100
3.14-3.51		0.021	0.036	46.61	7297	1078	1075	0.039	99.7
3.51-4.05		0.017	0.03	53.31	6473	945	942	0.032	99.7
4.05-4.96		0.013	0.023	59.11	5588	819	817	0.025	99.8
4.96-7.02		0.016	0.024	54.45	4412	653	653	0.026	100
	7.02	0.015	0.02	53.61	2182	401	375	0.022	93.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	December 31, 2011	データ削減
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xmi

2xmi

解像度: 1.57→28.868 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	1456	5 %
R_work	0.1588	27662	-
obs	0.1611	29118	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.63 Å² / B_iso mean: 24.9192 Å² / B_iso min: 8.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.57→28.868 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1662	0	1	304	1967
B_iso mean	-	-	19.68	32.88	-
残基数	-	-	-	-	214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1741
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.083	2349
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	302
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.812	657

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5701-1.6263	0.2904	143	0.2559	2738	2881	99
1.6263-1.6914	0.25	143	0.2178	2712	2855	100
1.6914-1.7683	0.2625	144	0.1934	2732	2876	100
1.7683-1.8615	0.232	143	0.1862	2728	2871	100
1.8615-1.9782	0.2057	142	0.1684	2712	2854	100
1.9782-2.1308	0.2103	145	0.1496	2750	2895	100
2.1308-2.3452	0.1916	145	0.1446	2768	2913	100
2.3452-2.6843	0.2063	147	0.1515	2786	2933	100
2.6843-3.3811	0.1902	148	0.1457	2805	2953	100
3.3811-28.8732	0.1836	156	0.1463	2931	3087	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0136	-0.013	-0.0193	0.0592	0.0008	0.0308	-0.144	0.1155	0.106	-0.0305	0.0475	0.0859	-0.0532	-0.0335	-0.0009	0.071	-0.0133	-0.0264	0.1336	-0.0001	0.1243	-10.121	14.7807	-28.9649
2	0.0272	-0.0057	-0.0154	0.0087	0.0104	0.0113	-0.0138	0.0654	0.1073	0.0247	-0.0449	-0.081	0.0181	0.1085	-0.0023	0.1236	0.0073	-0.0572	0.1485	0.0187	0.1802	9.7671	9.147	-14.1015
3	0.298	0.0482	0.0838	0.125	-0.1064	0.2501	-0.014	-0.0102	-0.211	0.07	-0.0104	-0.0246	0.1699	0.1818	-0.0358	0.2477	0.0542	-0.1	0.1279	0.0577	0.2113	9.9724	-9.3475	-7.7663
4	0.031	0.0161	-0.0015	0.0538	-0.0654	0.0421	-0.0708	0.0137	0.002	0.0167	0.0305	0.0402	0.0765	0.0428	-0.0097	0.0943	0.0149	0.0004	0.1095	-0.0109	0.1164	-3.6767	5.6424	-24.5698
5	0.0147	-0.01	0.0142	0.0075	-0.0207	0.0499	-0.0033	0.0359	0.0036	-0.0652	0.037	0.1672	-0.1386	-0.0914	0.0165	0.0936	0.0212	-0.0113	0.1062	0.0041	0.1369	-18.0271	20.3257	-25.3855
6	0.0897	0.0278	-0.0449	0.0094	-0.0182	0.0422	-0.049	-0.0474	0.0025	0.0635	0.002	0.0143	-0.0602	0.0185	-0.0067	0.1482	0.0092	-0.0177	0.1187	-0.0106	0.0962	-2.0913	8.9981	-12.4311
7	0.0655	-0.0075	0.0039	0.0192	-0.0104	0.037	0.0771	-0.0367	-0.1243	0.2331	0.0796	0.062	-0.0236	-0.0994	0.0516	0.1144	0.0183	0.0139	0.1426	-0.0121	0.132	-15.4516	13.4515	-15.1853
8	0.0324	0.0104	0.0009	0.1027	-0.0546	0.0714	0.0719	0.0788	-0.0625	0.0233	-0.0311	0.0901	0.0185	-0.0858	0.0227	0.1026	0.0004	-0.0001	0.1298	-0.0082	0.1098	-8.2607	3.2722	-15.0864
9	-0.0001	-0.0003	0.0017	0.0237	-0.004	0.0042	-0.0359	-0.0453	-0.0847	0.0235	0.0204	0.0895	0.0096	-0.014	-0	0.114	0.0029	0.016	0.1386	0.0036	0.1165	-8.5284	0.534	-10.1707
10	0.062	0.0048	0.0472	0.0266	-0.0166	0.0387	-0.0296	-0.0964	0.0396	0.1157	-0.027	0.0116	-0.0617	-0.1043	-0.0704	0.3928	-0.0501	-0.1407	0.1797	0.0293	-0.014	2.753	2.6818	0.9827
11	0.1289	-0.0112	-0.0222	0.0259	-0.0289	0.0252	-0.0508	-0.0056	0.0505	0.0812	0.031	-0.1157	-0.0228	-0.0381	0.0181	0.1474	-0.0017	-0.0294	0.1021	-0.0103	0.1003	-1.5687	11.5658	-13.7662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 162 through 174 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 175 through 194 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 195 through 216 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 217 through 243 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 244 through 259 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 260 through 279 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 280 through 296 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 297 through 319 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 320 through 335 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 336 through 355 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 356 through 378 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)