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万見
- PDB-4wc8: Heterogeneous dodecamer formed from macrocycles containing a sequ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wc8
タイトルHeterogeneous dodecamer formed from macrocycles containing a sequence from beta-2-microglobulin(63-69).
要素
  • ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
  • ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MLE-ALA-VAL-LYS
キーワードIMMUNE SYSTEM / Heterogeneous dodecamer / hexamer / dimers
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.908 Å
データ登録者Spencer, R.K. / Nowick, J.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: X-ray Crystallographic Structures of Oligomers of Peptides Derived from beta 2-Microglobulin.
著者: Spencer, R.K. / Kreutzer, A.G. / Salveson, P.J. / Li, H. / Nowick, J.S.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 2.02023年12月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine_hist / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
B: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MLE-ALA-VAL-LYS
C: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MLE-ALA-VAL-LYS
D: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MLE-ALA-VAL-LYS
E: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
F: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MLE-ALA-VAL-LYS
G: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MLE-ALA-VAL-LYS
H: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MLE-ALA-VAL-LYS
I: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
J: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
K: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
L: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,65434
ポリマ－24,08612
非ポリマー1,56822
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.048, 58.048, 112.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-101-

SO4

21K-102-

CL

31D-101-

HOH

41L-103-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS


分子量: 1986.140 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: this sequence occurs naturally in humans beta-2-microglobulin.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P61769*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-THR-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MLE-ALA-VAL-LYS


分子量: 2028.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P61769*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 7.5, 0.2 M Li2SO4, 30% PEG 400 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月25日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.908→31.59 Å / Num. all: 85498 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 26.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08446 / Net I/σ(I): 12.15
反射 シェル解像度: 1.908→1.976 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5385 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 96.93

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.908→31.588 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2186 2782 9.84 %phenix.refine generated
Rwork0.1687 ---
obs0.1736 28278 98.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.908→31.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1602 0 74 54 1730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1782283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.606775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005249
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9079-1.94080.3061140.23341133X-RAY DIFFRACTION86
1.9408-1.97610.25011450.22881278X-RAY DIFFRACTION100
1.9761-2.01410.26821450.21461298X-RAY DIFFRACTION100
2.0141-2.05520.26591410.2111289X-RAY DIFFRACTION100
2.0552-2.09990.28031400.20031271X-RAY DIFFRACTION100
2.0999-2.14880.22641410.19781300X-RAY DIFFRACTION99
2.1488-2.20250.2781370.18941254X-RAY DIFFRACTION98
2.2025-2.2620.27741410.19291286X-RAY DIFFRACTION100
2.262-2.32850.24491460.18791316X-RAY DIFFRACTION100
2.3285-2.40370.19651350.18291293X-RAY DIFFRACTION100
2.4037-2.48960.26881440.17971286X-RAY DIFFRACTION100
2.4896-2.58920.23871420.17171274X-RAY DIFFRACTION100
2.5892-2.7070.22281430.16771265X-RAY DIFFRACTION99
2.707-2.84960.20681410.1651256X-RAY DIFFRACTION97
2.8496-3.0280.20191390.15291296X-RAY DIFFRACTION100
3.028-3.26160.17341420.14731298X-RAY DIFFRACTION100
3.2616-3.58940.22411380.15351293X-RAY DIFFRACTION100
3.5894-4.10780.18651370.13921261X-RAY DIFFRACTION97
4.1078-5.17180.17091340.13861282X-RAY DIFFRACTION99
5.1718-31.59270.25151370.19331267X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8171-5.2991-4.7869.71435.55683.8885-0.365-0.00250.18890.14440.16960.31170.16510.2660.18890.27930.0047-0.06350.29590.01010.24211.15548.25575.1373
28.4545-3.58575.4126.8728-4.88226.76180.4034-0.0004-0.79510.06280.13510.31250.261-0.1667-0.54640.1948-0.0631-0.02330.21920.03420.20237.804111.231319.7399
38.32023.30414.78296.05961.56035.5545-0.39480.03190.1701-0.48770.09750.2983-0.5165-0.37560.28790.21310.0103-0.03810.19470.04150.15378.72620.912611.4353
43.85555.3536-5.47269.3359-5.91299.81590.2397-0.14380.51510.0491-0.1821-0.1422-0.20690.63210.01130.17030.0084-0.05080.23940.00980.251117.77620.033620.7471
58.3614-6.4787-6.12637.23265.06199.26540.51260.53320.6085-0.4572-0.2788-0.7967-0.1521-0.2336-0.15920.2716-0.0586-0.01170.17070.02960.25843.76381.262312.0597
64.3235-1.39671.47723.6859-4.67016.12290.15260.28240.0957-0.4726-0.13930.380.2959-0.05390.00750.2692-0.0599-0.0060.25560.02750.192714.032310.02443.8259
74.82745.5077-1.4416.3059-1.45585.6346-0.0917-0.4353-0.534-0.1235-0.2374-0.35180.1016-0.08950.30610.2204-0.007-0.03110.21340.02350.27918.89114.129414.1894
85.7593-0.94815.78327.7295-1.469.3414-0.13690.32160.1198-0.18240.0936-0.2897-0.45120.5950.00730.2029-0.01610.01560.28390.02340.177424.366314.86979.8585
97.5073-5.9178-5.74099.60255.70974.7081-0.33120.8257-0.41180.1003-0.20910.02820.3304-0.60420.49230.2495-0.0386-0.01510.31710.01530.321227.48312.064224.5605
107.1084-3.6221-3.7262.86962.64969.25740.2352-0.321-0.1318-0.22020.25630.2028-0.0114-0.4789-0.54820.2714-0.07360.01320.25540.06220.272120.49745.162727.0864
119.0623-6.682-6.53185.06734.92554.7711-0.1251-0.54360.0860.41270.4087-0.2360.53830.2773-0.28950.2686-0.01160.00680.3255-0.00840.230816.078925.36091.6809
127.2886-1.4622-1.99522.21762.02718.5761-0.0409-0.64060.57290.2326-0.270.1537-0.50830.06190.1690.3495-0.0381-0.05830.3452-0.0520.417522.36527.717410.105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 16 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 16 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 16 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 1 through 16 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 1 through 16 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 1 through 16 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I' and (resid 1 through 16 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J' and (resid 1 through 16 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'K' and (resid 1 through 16 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and resid ' 6 ' and name ' I ' and altloc ' '

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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