+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wc7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of tRNA-processing enzyme complex 5 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE/RNA / RNA Nucleotidyltransferase / CCA-adding enzyme / A-adding enzyme / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information ATP:3'-cytidine-cytidine-tRNA adenylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / tRNA processing / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) Thermotoga maritima MSB8 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.102 Å | ||||||
Authors | Yamashita, S. / Tomita, K. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2015 Title: Measurement of Acceptor-T Psi C Helix Length of tRNA for Terminal A76-Addition by A-Adding Enzyme. Authors: Yamashita, S. / Martinez, A. / Tomita, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wc7.cif.gz | 260.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4wc7.ent.gz | 208.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wc7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4wc7_validation.pdf.gz | 784.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4wc7_full_validation.pdf.gz | 795.2 KB | Display | |
Data in XML | 4wc7_validation.xml.gz | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4wc7_validation.cif.gz | 23.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/4wc7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4wbyC 4wbzC 4wc0C 4wc1C 4wc2SC 4wc3C 4wc4C 4wc5C 4wc6C 4x0aC 4x0bC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 46550.711 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 443-824 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (bacteria) / Strain: VF5 / Gene: pcnB1, aq_411 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O66728 |
---|---|
#2: RNA chain | Mass: 24155.350 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: tRNAphe from Thermotoga maritima / Source: (synth.) Thermotoga maritima MSB8 (bacteria) / References: GenBank: 12057205 |
#3: Chemical | ChemComp-CTP / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.53 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: isopropanol, potassium chloride, magnesium chloride, sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1→20 Å / Num. obs: 15717 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 91.18 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 11.61 / Num. measured all: 101099 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4WC2 Resolution: 3.102→19.835 Å / FOM work R set: 0.635 / SU ML: 0.51 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 40.18 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 553.62 Å2 / Biso mean: 223.21 Å2 / Biso min: 65.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.102→19.835 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|