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- PDB-4wc0: tRNA-processing enzyme with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wc0
タイトルtRNA-processing enzyme with ATP
要素Poly A polymerase
キーワードTRANSFERASE / RNA Nucleotidyltransferase / CCA-adding enzyme / A-adding enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP:3'-cytidine-cytidine-tRNA adenylyltransferase activity / tRNA processing / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / cca-adding enzyme, domain 2 / cca-adding enzyme, domain 2 / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily ...: / cca-adding enzyme, domain 2 / cca-adding enzyme, domain 2 / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / A-adding tRNA nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yamashita, S. / Tomita, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and Technology Agency (JST)LS135 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Measurement of Acceptor-T Psi C Helix Length of tRNA for Terminal A76-Addition by A-Adding Enzyme.
著者: Yamashita, S. / Martinez, A. / Tomita, K.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / reflns_shell
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly A polymerase
B: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1646
ポリマ－93,1012
非ポリマー1,0634
水00
1
A: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0823
ポリマ－46,5511
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0823
ポリマ－46,5511
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.710, 109.060, 85.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Poly A polymerase / A-adding enzyme


分子量: 46550.711 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 443-824 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: pcnB1, aq_411 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66728
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEGMME550, sodium chloride, Tris-Cl

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 18119 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 14.32 / Num. measured all: 76936
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.1-3.184.20.4811.5011.265393136213091.72196.1
3.18-3.260.6011.1631.625588130813051.32899.8
3.26-3.360.7380.8312.215398126412610.9599.8
3.36-3.460.8620.6352.985308124012380.72699.8
3.46-3.570.9160.4793.935090118611880.547100
3.57-3.70.950.3435.244967115711550.39199.8
3.7-3.840.9690.2517.174812112311190.28799.6
3.84-40.9850.1799.684500105510520.20499.7
4-4.170.9910.12412.934462103810360.14199.8
4.17-4.380.990.11213.741259729720.128100
4.38-4.610.9950.0818.4340729569530.09199.7
4.61-4.890.9960.06621.8637848968930.07699.7
4.89-5.230.9970.06621.5535458368340.07599.8
5.23-5.650.9950.07220.4133477917900.08299.9
5.65-6.190.9960.06921.0930247147130.07999.9
6.19-6.920.9970.05326.427726546510.06199.5
6.92-7.990.9990.03138.9723935745730.03699.8
7.99-9.7910.01958.1520855014980.02299.4
9.79-13.840.9990.01668.4815343783780.018100
13.840.9990.01764.767372192010.0291.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WBY

4wby


解像度: 3.1→19.818 Å / FOM work R set: 0.8056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.12 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 901 5 %
Rwork0.2126 17100 -
obs0.2154 18007 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 368.11 Å2 / Biso mean: 125 Å2 / Biso min: 50.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→19.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5937 0 64 0 6001
Biso mean--82.65 --
残基数----714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6498195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023909
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8042393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.1004-3.29380.35381510.306428513002
3.2938-3.54670.28841490.241328322981
3.5467-3.90110.26671480.228628282976
3.9011-4.45990.27191500.205128503000
4.4599-5.59750.25651500.195628392989
5.5975-19.67760.23931530.19729003053
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2243-0.90570.22960.556-0.6240.9807-0.3998-0.54050.34460.7709-0.0343-0.1824-0.53620.08330.16221.1301-0.0502-0.26121.0856-0.04760.45118.474524.6806-59.0999
22.72261.3236-0.56781.1168-0.31770.7821-0.64930.3764-0.0656-0.89270.1230.25220.34760.07410.11741.0975-0.0750.23461.11020.12260.29568.417623.7605-18.7436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:382)A1 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 1:382)B1 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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