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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wbp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HR-1 domain of human caprin-1 in the P3121 space group | ||||||
![]() | Caprin-1 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / all alpha helical | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / positive regulation of stress granule assembly / intracellular mRNA localization / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / non-membrane-bounded organelle assembly / positive regulation of dendrite morphogenesis / intracellular non-membrane-bounded organelle / generation of neurons / cell leading edge / signaling adaptor activity ...regulation of deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / positive regulation of stress granule assembly / intracellular mRNA localization / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / non-membrane-bounded organelle assembly / positive regulation of dendrite morphogenesis / intracellular non-membrane-bounded organelle / generation of neurons / cell leading edge / signaling adaptor activity / synapse assembly / molecular condensate scaffold activity / molecular function activator activity / P-body / cytoplasmic stress granule / lamellipodium / negative regulation of translation / mRNA binding / synapse / dendrite / RNA binding / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, Y. / Zhu, J. / Huang, X. / Du, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the HR-1 domain of human caprin-1 in the P3121 space group 著者: Wu, Y. / Zhu, J. / Huang, X. / Du, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14339.852 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 132-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 12% PEG600, 0.1 M Tris, 0.1 M Calcium acetate, 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→39.23 Å / Num. obs: 10750 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→39.23 Å / FOM work R set: 0.7851 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 168.64 Å2 / Biso mean: 59.4 Å2 / Biso min: 19.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→39.23 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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