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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wbj
タイトルCrystal structure of Bradyrhizobium japonicum ScoI in the oxidized state
要素Blr1131 protein
キーワードCHAPERONE / copper / cytochrome oxidase / CuA
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper chaperone SCO1/SenC / SCO1/SenC / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Blr1131 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Quade, N. / Abicht, H.K. / Hennecke, H. / Glockshuber, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bradyrhizobium japonicum ScoI in the oxidized state
著者: Quade, N. / Abicht, H.K. / Hennecke, H. / Glockshuber, R.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blr1131 protein
B: Blr1131 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5584
ポリマ－36,3222
非ポリマー2362
水8,827490
1
A: Blr1131 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2792
ポリマ－18,1611
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Blr1131 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2792
ポリマ－18,1611
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.776, 82.629, 45.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Blr1131 protein / ScoIox


分子量: 18160.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)
株: JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110 / 遺伝子: blr1131 / プラスミド: pET11a-ScoIK34 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89VB6
#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M SPG, 25% PEG15000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→45.8 Å / Num. obs: 65098 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 15.447 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 28.35 / Num. measured all: 460789
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.3-1.330.9860.1519.9429698523843810.16383.6
1.33-1.370.9880.14211.0731062505843430.15385.9
1.37-1.410.990.12812.1930665494643890.13888.7
1.41-1.450.990.11712.9428781485343450.12789.5
1.45-1.50.9940.10215.330046470043100.1191.7
1.5-1.550.9940.09317.1229471446441440.192.8
1.55-1.610.9960.08119.7529003435040720.08793.6
1.61-1.680.9960.07222.0627338418438900.07793
1.68-1.750.9970.06424.2926090402837110.06992.1
1.75-1.840.9980.05628.5826944385336590.06195
1.84-1.940.9980.0532.4625497367234850.05494.9
1.94-2.060.9990.04237.6823534345732610.04694.3
2.06-2.20.9990.03741.5920763324529820.0491.9
2.2-2.370.9990.03447.5221813304529400.03796.6
2.37-2.60.9990.03349.2419630279026770.03695.9
2.6-2.910.9990.03251.7217248252124000.03495.2
2.91-3.360.9990.02859.2214474223420680.0392.6
3.36-4.110.9990.02666.2113424189518490.02897.6
4.11-5.810.9990.02666.199658147513900.02994.2
5.810.9990.02667.4556508288020.02896.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.3 Å45.85 Å
Translation1.3 Å45.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4txo

4txo


解像度: 1.3→45.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / WRfactor Rfree: 0.148 / WRfactor Rwork: 0.1102 / FOM work R set: 0.9307 / SU B: 1.126 / SU ML: 0.022 / SU R Cruickshank DPI: 0.0421 / SU Rfree: 0.0427 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1418 3255 5 %RANDOM
Rwork0.1041 61844 --
obs0.106 65098 91.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.23 Å2 / Biso mean: 13.3 Å2 / Biso min: 3.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0 Å2-0.13 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2455 0 16 490 2961
Biso mean--20.87 27.23 -
残基数----315
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0192622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0511.9923575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02335830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3525346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.95823.818110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0615460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7371516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9130.9021292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9130.9021291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5081.3631620
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.68735124
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.522584
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.03955457
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.171 217 -
Rwork0.105 4131 -
all-4348 -
obs--83.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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