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- PDB-4wa1: The crystal structure of hemagglutinin from a H3N8 influenza viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wa1
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin from a H3N8 influenza virus isolated from New England harbor seals
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / influenza virus / seal
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.898 Å
データ登録者Yang, H. / Villanueva, J.M. / Gubareva, L.V. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Analysis of Surface Proteins from an A(H3N8) Influenza Virus Isolated from New England Harbor Seals.
著者: Yang, H. / Nguyen, H.T. / Carney, P.J. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Jones, J. / Davis, C.T. / Villanueva, J.M. / Gubareva, L.V. / Stevens, J.
履歴
登録2014年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 2.02017年11月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _software.classification / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,31124
ポリマ－333,9736
非ポリマー6,33818
水55,6663090
1
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,15612
ポリマ－166,9873
非ポリマー3,1699
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area18150 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area57110 Å2
手法PISA
2
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,15612
ポリマ－166,9873
非ポリマー3,1699
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18110 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area56940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.061, 103.155, 110.864
Angle α, β, γ (deg.)89.95, 90.00, 90.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 55662.246 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 24-519 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/harbor seal/Massachusetts/1/2011(H3N8)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: I6NNE1
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3090 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.2 M ammonium iodide, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月9日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.898→50 Å / Num. all: 280449 / Num. obs: 272212 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 12.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2YP2

2yp2


解像度: 1.898→46.779 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 13719 5.05 %
Rwork0.1696 --
obs0.1709 271660 96.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.898→46.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23160 0 414 3090 26664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13432632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2018910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0793636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054240
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.898-1.91990.30384030.25447712X-RAY DIFFRACTION87
1.9199-1.94240.2544480.23388436X-RAY DIFFRACTION95
1.9424-1.96610.26444580.2148422X-RAY DIFFRACTION95
1.9661-1.9910.26184450.21158471X-RAY DIFFRACTION96
1.991-2.01720.24124600.2028542X-RAY DIFFRACTION96
2.0172-2.04490.2424180.19548488X-RAY DIFFRACTION96
2.0449-2.07410.2194590.18948481X-RAY DIFFRACTION96
2.0741-2.1050.21634770.18218551X-RAY DIFFRACTION96
2.105-2.13790.21624830.18058455X-RAY DIFFRACTION96
2.1379-2.1730.22764660.18448507X-RAY DIFFRACTION96
2.173-2.21040.22764310.17898540X-RAY DIFFRACTION96
2.2104-2.25060.21544620.18048547X-RAY DIFFRACTION96
2.2506-2.29390.24724980.18018567X-RAY DIFFRACTION97
2.2939-2.34070.21854450.17648585X-RAY DIFFRACTION97
2.3407-2.39160.21684310.16948589X-RAY DIFFRACTION97
2.3916-2.44730.21594610.17858742X-RAY DIFFRACTION97
2.4473-2.50850.19794490.17078659X-RAY DIFFRACTION98
2.5085-2.57630.2075040.17578653X-RAY DIFFRACTION98
2.5763-2.65210.20134710.17218659X-RAY DIFFRACTION98
2.6521-2.73770.18964580.16838686X-RAY DIFFRACTION98
2.7377-2.83550.20034600.17398763X-RAY DIFFRACTION98
2.8355-2.9490.18054880.16878702X-RAY DIFFRACTION98
2.949-3.08320.19564520.16878714X-RAY DIFFRACTION98
3.0832-3.24570.18554180.16398783X-RAY DIFFRACTION99
3.2457-3.4490.18364820.16118771X-RAY DIFFRACTION99
3.449-3.71520.17264550.15558743X-RAY DIFFRACTION99
3.7152-4.08890.16354650.14448803X-RAY DIFFRACTION99
4.0889-4.68010.14464630.13258773X-RAY DIFFRACTION99
4.6801-5.89460.16524610.1528810X-RAY DIFFRACTION99
5.8946-46.79340.18934480.18938787X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38430.0815-0.04110.4296-0.0599-0.1021-0.23810.15150.2371-0.33070.17070.3236-0.07110.0577-0.02630.2682-0.0444-0.03390.17820.04440.1132-58.8171-12.654433.5679
20.45260.0712-0.00660.6610.3140.6661-0.03980.0244-0.0318-0.01970.05860.0190.0141-0.01390.00220.15360.0232-0.00330.1412-0.00630.1093-77.6354-51.010836.3183
30.20570.21280.18110.14980.0598-0.0621-0.17130.14440.0809-0.17990.12560.0799-0.02460.071-0.00720.2356-0.04730.00060.18470.01410.1744-51.9297-7.638436.1748
40.0766-0.0022-0.01430.1442-0.00450.0868-0.16030.07440.042-0.17520.17490.08780.0067-0.05420.00050.2237-0.02360.00770.2122-0.00390.1608-50.5369-14.237539.6722
5-0.03770.11370.01190.384-0.03060.0087-0.090.10150.0372-0.0920.1059-0.0047-0.01150.01110.00010.1678-0.02180.00040.17450.00730.1547-31.51479.033244.7011
60.46480.0920.04740.26160.1283-0.0558-0.26420.2093-0.2644-0.34830.2161-0.32180.0602-0.0576-0.01280.2708-0.03780.03350.1511-0.0530.124-70.4863-2.9108-21.8795
70.34760.1259-0.03160.6887-0.40120.6075-0.04220.05380.0368-0.02780.0559-0.0002-0.01130.02930.00320.13780.01370.00020.116800.0871-51.658735.4375-19.1107
80.22690.1521-0.22760.0737-0.23590.1044-0.18770.1237-0.0778-0.22540.1695-0.05260.0734-0.07380.00070.2096-0.03220.00290.1324-0.01510.1464-70.4622.0464-18.8568
90.3214-0.03460.20290.0434-0.02180.1424-0.27670.3997-0.0042-0.17070.1593-0.08730.07830.16-0.05620.2547-0.08360.07930.2269-0.07160.2256-96.0338-34.8771-20.3237
100.01910.00780.07280.0345-0.04650.1269-0.20090.13350.0068-0.20850.2141-0.0267-0.0090.07520.00030.2271-0.03290.00270.1890.00380.1794-78.7846-1.3064-15.7318
110.01230.1322-0.01910.33210.01910.0291-0.09390.101-0.0141-0.07630.11120.01170.0166-0.0063-00.183-0.02970.00520.1539-0.00440.1653-97.7867-24.5785-10.7495
120.75020.71540.05980.5140.03320.36210.1742-0.3451-0.11360.1627-0.2181-0.14660.0952-0.0015-0.02230.231-0.0253-0.02650.20480.06640.2153-68.962-4.389716.8813
130.9395-0.2261-0.18660.3653-0.12750.45140.0672-0.0783-0.01550.0177-0.0434-0.1284-0.02840.08730.00010.13460.0136-0.0080.16640.00560.1457-40.259425.77527.1692
140.10340.16440.07690.10430.11020.19560.1492-0.1858-0.11480.1153-0.1535-0.09930.0871-0.004900.1904-0.0056-0.02020.17660.03990.2007-67.1861-0.874912.6078
150.27770.24610.1370.32570.15310.15310.1489-0.1693-0.06260.2123-0.1387-0.09380.0429-0.07140.10980.1816-0.0266-0.0190.15370.04620.1268-85.5496-15.50687.8047
160.0757-0.05890.01210.1177-0.0040.12660.2266-0.2958-0.25110.2087-0.1736-0.07440.1433-0.10480.00180.2695-0.0844-0.05390.22290.06650.259-106.2008-46.04166.4606
170.1845-0.020.0730.0933-0.02540.2053-0.0293-0.04490.0833-0.1058-0.03480.3966-0.0266-0.0740.00150.14480.0218-0.01870.195-0.00810.3446-102.28347.4743-3.9037
180.51010.0376-0.13190.4428-0.03830.78380.04230.01040.110.0217-0.0340.0488-0.05760.0994-00.14930.02320.01590.128-0.01060.1299-66.341144.61667.4556
19-0.03310.024-0.05650.3034-0.07930.0439-0.0128-0.03240.0497-0.0474-0.01270.1963-0.0266-0.01850.00550.11910.02670.00490.1253-0.03170.2001-89.779917.890.7625
20-0.01610.04770.05240.58750.05520.13540.04-0.03760.24210.036-0.04930.4032-0.0168-0.0316-0.22160.11450.01460.01670.1507-0.02250.2455-99.5887-3.5962-1.2358
210.176-0.01950.06630.0835-0.03410.10070.1305-0.07490.21880.1749-0.13770.5078-0.026-0.09970.00310.2476-0.05810.10760.266-0.02150.4657-123.9827-30.75622.5673
220.29890.3945-0.12240.3616-0.20770.17610.1532-0.23280.12680.1282-0.15180.1213-0.0768-0.02390.00250.1848-0.00520.04460.2103-0.05940.1831-72.3427-22.2686-40.2314
230.7754-0.22750.01790.21320.1810.42840.0494-0.0178-0.0051-0.0406-0.03180.1230.0453-0.15240.00270.13760.0311-0.0070.1852-0.00540.1609-89.4561-42.333-51.8485
240.01650.18320.0090.1199-0.21560.17730.2238-0.17470.0850.1807-0.21180.0961-0.08670.081100.227-0.03690.03470.2268-0.04630.2012-55.6135-11.0156-40.8557
250.14780.1429-0.19910.2848-0.21250.16070.1785-0.17550.09220.2265-0.16850.1414-0.05020.0740.01880.1812-0.020.02140.185-0.04140.1511-43.7522-0.1316-47.6084
260.0589-0.018-0.06430.1362-0.00510.13570.2731-0.33490.22180.3388-0.23450.0778-0.19370.16110.00180.3009-0.08660.06840.2586-0.05670.286-23.117430.4194-49.0146
270.0983-0.0654-0.02970.18110.1660.2033-0.0506-0.0458-0.1451-0.1985-0.0355-0.46170.04630.0877-0.00580.14760.02790.02130.24810.03690.3616-27.039-23.1307-59.3361
280.55070.08080.02710.5557-0.09770.66920.03720.0137-0.11580.0194-0.0459-0.04990.0611-0.0962-00.13070.0233-0.01370.14580.00780.1219-62.9588-60.2428-47.9716
29-0.0699-0.01250.00660.27030.06210.0645-0.0044-0.0112-0.056-0.0481-0.0259-0.19840.03190.0186-0.00030.12890.0237-0.00090.16850.03940.2196-39.5321-33.5277-54.6518
30-0.06240.0828-0.06950.6092-0.00360.12310.0524-0.0475-0.20820.0204-0.0684-0.36280.01350.0443-0.04190.10670.0163-0.010.17220.04190.2475-29.723-12.0547-56.6456
310.0935-0.00690.00340.0961-0.02680.04810.1138-0.1124-0.19850.1806-0.1727-0.5472-0.07230.1810.00030.2422-0.0779-0.08610.310.07320.4419-5.267615.0904-52.8555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 89 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 249 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 250 through 366 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 367 through 404 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 405 through 503 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 8 through 89 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 90 through 249 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 250 through 337 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 338 through 366 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 367 through 404 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 405 through 503 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 8 through 89 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 90 through 249 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 250 through 337 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 338 through 461 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 462 through 503 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 8 through 65 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 66 through 249 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 250 through 337 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 338 through 461 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 462 through 503 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 8 through 153 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 154 through 265 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 266 through 337 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 338 through 461 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 462 through 503 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 8 through 65 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 66 through 249 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 250 through 337 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 338 through 461 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 462 through 503 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る