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- PDB-4w93: Human pancreatic alpha-amylase in complex with montbretin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w93
タイトルHuman pancreatic alpha-amylase in complex with montbretin A
要素Pancreatic alpha-amylase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Amylase / Glucosyl Hydrolase / Enzyme Inhibitor / Diabetes / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / alpha-amylase / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / alpha-amylase activity / carbohydrate catabolic process / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space ...polysaccharide digestion / Digestion of dietary carbohydrate / alpha-amylase / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / alpha-amylase activity / carbohydrate catabolic process / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Montbretin A / Pancreatic alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.352 Å
データ登録者Williams, L.K. / Caner, S. / Brayer, G.D.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: The amylase inhibitor montbretin A reveals a new glycosidase inhibition motif.
著者: Williams, L.K. / Zhang, X. / Caner, S. / Tysoe, C. / Nguyen, N.T. / Wicki, J. / Williams, D.E. / Coleman, J. / McNeill, J.H. / Yuen, V. / Andersen, R.J. / Withers, S.G. / Brayer, G.D.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22015年9月2日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.version
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / struct_ref_seq_dif / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pancreatic alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2364
ポリマ－55,9311
非ポリマー1,3053
水8,431468
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.370, 74.100, 135.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pancreatic alpha-amylase / PA / 1 / 4-alpha-D-glucan glucanohydrolase


分子量: 55931.305 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 16-511 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AMY2A / 器官: Pancreas / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P04746, alpha-amylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-3L9 / Montbretin A / 2-(4-{[4-O-(6-deoxy-alpha-L-mannopyranosyl)-beta-D-xylopyranosyl]oxy}-3,5-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl beta-D-glucopyranosyl-(1->2)-6-O-[(2E)-3-(3,4-dihydroxyphenyl)prop-2-enoyl]-beta-D-glucopyranosyl-(1->2)-6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside


分子量: 1229.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H64O33
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 58% MPD, 100 mM sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.283574 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283574 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.352→37.05 Å / Num. obs: 42888 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 14.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.67
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 3.66 % / Rmerge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1683 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.352→37.05 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 5752 5 %Random
Rwork0.1976 ---
obs0.1983 115012 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.352→37.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3945 0 88 468 4501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2925657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2121461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.142583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007733
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3521-1.36740.40761520.38662878X-RAY DIFFRACTION80
1.3674-1.38350.3751850.35353513X-RAY DIFFRACTION96
1.3835-1.40040.32171880.31743568X-RAY DIFFRACTION99
1.4004-1.41810.32141920.28943645X-RAY DIFFRACTION100
1.4181-1.43680.30021900.27893609X-RAY DIFFRACTION100
1.4368-1.45650.29081920.28133652X-RAY DIFFRACTION100
1.4565-1.47730.25751900.26693616X-RAY DIFFRACTION100
1.4773-1.49930.25181930.2553660X-RAY DIFFRACTION100
1.4993-1.52280.27371900.25373614X-RAY DIFFRACTION100
1.5228-1.54770.26881930.24943664X-RAY DIFFRACTION100
1.5477-1.57440.23281920.22563642X-RAY DIFFRACTION100
1.5744-1.6030.24811900.22143623X-RAY DIFFRACTION100
1.603-1.63390.22951940.22363671X-RAY DIFFRACTION100
1.6339-1.66720.26331910.21833632X-RAY DIFFRACTION100
1.6672-1.70350.22881930.21373674X-RAY DIFFRACTION100
1.7035-1.74310.22261920.21343652X-RAY DIFFRACTION100
1.7431-1.78670.21771920.2073629X-RAY DIFFRACTION100
1.7867-1.8350.21631930.20513675X-RAY DIFFRACTION100
1.835-1.8890.25791950.20763707X-RAY DIFFRACTION100
1.889-1.950.2471910.2143635X-RAY DIFFRACTION99
1.95-2.01970.21151940.20043675X-RAY DIFFRACTION100
2.0197-2.10050.22291920.20223656X-RAY DIFFRACTION100
2.1005-2.19610.18681920.19623654X-RAY DIFFRACTION100
2.1961-2.31190.2171940.20053680X-RAY DIFFRACTION99
2.3119-2.45670.19481950.19273696X-RAY DIFFRACTION100
2.4567-2.64630.2181940.18613697X-RAY DIFFRACTION100
2.6463-2.91250.21951970.18783743X-RAY DIFFRACTION100
2.9125-3.33370.18461970.18053739X-RAY DIFFRACTION100
3.3337-4.19920.16961990.15273787X-RAY DIFFRACTION100
4.1992-37.06390.16062100.16453974X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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