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- PDB-4w8l: Structure of GH10 from Paenibacillus barcinonensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w8l
タイトルStructure of GH10 from Paenibacillus barcinonensis
要素Endo-1,4-beta-xylanase C
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate family 9 binding domain-like / Carbohydrate-binding domain, family 9 / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 ...Carbohydrate family 9 binding domain-like / Carbohydrate-binding domain, family 9 / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase C
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus barcinonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Sainz-Polo, M.A. / Sanz-Aparicio, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
スペイン
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Exploring Multimodularity in Plant Cell Wall Deconstruction: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF Xyn10C CONTAINING THE CBM22-1-CBM22-2 TANDEM.
著者: Sainz-Polo, M.A. / Gonzalez, B. / Menendez, M. / Pastor, F.I. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2014年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase C
B: Endo-1,4-beta-xylanase C
C: Endo-1,4-beta-xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2089
ポリマ－118,8113
非ポリマー3976
水9,422523
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7363
ポリマ－39,6041
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7363
ポリマ－39,6041
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endo-1,4-beta-xylanase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7363
ポリマ－39,6041
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.689, 126.689, 57.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 340 - 691 / Label seq-ID: 1 - 352

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.511251, 0.859408, 0.006366), (-0.859376, -0.511119, -0.015148), (-0.009765, -0.013215, 0.999865)64.05239, 35.34011, 17.63706
3given(-0.482585, -0.875843, -0.003273), (0.87584, -0.482593, 0.002804), (-0.004035, -0.001513, 0.999991)62.65968, -37.88972, -17.38316

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase C / Xylanase C / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase C


分子量: 39603.688 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 367-718 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus barcinonensis (バクテリア)
遺伝子: xynC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: O69230, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
解説: The crystal quality improved after cutting histidine tail with thrombin.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 23% PEG 3350, 0.1 M potassium thiocyanate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→36.57 Å / Num. obs: 102672 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 15.547 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q8X

2q8x


解像度: 1.76→36.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.251 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25153 5129 5 %RANDOM
Rwork0.21792 ---
obs0.21956 97488 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.859 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å2-0.26 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.76→36.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8355 0 21 523 8899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0198565
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.95311601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.69751053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64324.672411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.652151464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8971548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7061.6214221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2072.435271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7951.6674344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.91613.69713809
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1408medium positional0.10.5
B1408medium positional0.150.5
C1408medium positional0.130.5
A1377loose positional0.315
B1377loose positional0.365
C1377loose positional0.345
A1408medium thermal2.12
B1408medium thermal1.632
C1408medium thermal2.742
A1377loose thermal2.0410
B1377loose thermal1.6610
C1377loose thermal2.6910
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 399 -
Rwork0.263 7223 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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