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万見
- PDB-4w8i: Crystal structure of LpSPL/Lpp2128, Legionella pneumophila sphing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w8i
タイトルCrystal structure of LpSPL/Lpp2128, Legionella pneumophila sphingosine-1 phosphate lyase
要素Probable sphingosine-1-phosphate lyase
キーワードLYASE / effector / structural genomics / PSI-Biology / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


sphinganine-1-phosphate aldolase / sphinganine-1-phosphate aldolase activity / carboxy-lyase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable sphingosine-1-phosphate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Daniels, C. / Skarina, T. / Cuff, M. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Legionella pneumophila S1P-lyase targets host sphingolipid metabolism and restrains autophagy.
著者: Rolando, M. / Escoll, P. / Nora, T. / Botti, J. / Boitez, V. / Bedia, C. / Daniels, C. / Abraham, G. / Stogios, P.J. / Skarina, T. / Christophe, C. / Dervins-Ravault, D. / Cazalet, C. / ...著者: Rolando, M. / Escoll, P. / Nora, T. / Botti, J. / Boitez, V. / Bedia, C. / Daniels, C. / Abraham, G. / Stogios, P.J. / Skarina, T. / Christophe, C. / Dervins-Ravault, D. / Cazalet, C. / Hilbi, H. / Rupasinghe, T.W. / Tull, D. / McConville, M.J. / Ong, S.Y. / Hartland, E.L. / Codogno, P. / Levade, T. / Naderer, T. / Savchenko, A. / Buchrieser, C.
履歴
登録2014年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年2月17日Group: Data collection
改定 1.32016年3月2日Group: Database references
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02024年3月13日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable sphingosine-1-phosphate lyase
B: Probable sphingosine-1-phosphate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,6752
ポリマ－121,6752
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area30960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.783, 118.252, 57.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Probable sphingosine-1-phosphate lyase / SPL / Sphingosine-1-phosphate aldolase


分子量: 60837.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Paris / 遺伝子: lpp2128 / プラスミド: p19MBP-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5X3A8, sphinganine-1-phosphate aldolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M potassium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→20 Å / Num. obs: 25700 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 43.63 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 20.56
反射 シェル解像度: 2.46→2.5 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIXphenix.autosol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→19.709 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.96 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3162 1471 5.05 %random selection
Rwork0.2624 ---
obs0.2654 16318 89.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5499 0 0 16 5515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3257594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7362014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007967
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.95180.36381360.32152535X-RAY DIFFRACTION83
2.9518-3.06960.33591460.31922619X-RAY DIFFRACTION85
3.0696-3.20870.42431480.30122702X-RAY DIFFRACTION87
3.2087-3.37710.30251370.29232718X-RAY DIFFRACTION88
3.3771-3.58750.35681440.27432781X-RAY DIFFRACTION91
3.5875-3.86260.31961460.26122836X-RAY DIFFRACTION92
3.8626-4.24780.30921530.25382828X-RAY DIFFRACTION92
4.2478-4.85440.29731490.2322869X-RAY DIFFRACTION93
4.8544-6.0860.2811560.24412837X-RAY DIFFRACTION93
6.086-19.70910.29341560.2422944X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.054-0.87810.171.8244-0.0160.03870.09810.09050.3559-0.3701-0.2435-0.3403-0.05340.2283-0.05850.14670.01780.22620.56680.04630.7224-5.942281.778620.6179
24.2375-0.3132-1.77711.71710.02092.33540.03210.08690.0863-0.05290.021-0.0031-0.0972-0.1094-0.05930.18110.00050.08620.21820.00130.3407-29.855363.242732.9851
32.02980.2761-0.55261.16080.31473.71650.2801-0.3499-0.06610.09790.0923-0.2709-0.41250.4397-0.1005-0.26440.09430.31990.2649-0.01790.2073-7.64759.292950.1055
41.87420.3747-0.68065.2149-0.93073.219-0.10890.62690.1212-0.50250.0715-0.11140.1951-0.43710.04110.26320.02670.21240.58340.00390.5511-9.358672.745112.1789
56.58010.3093-1.93011.1952-0.4642.686-0.0964-0.3526-0.08160.03810.0774-0.13940.06160.16680.00990.2651-0.01920.13160.2773-0.02840.5016-31.864694.686827.6565
62.58190.0578-1.50023.21011.61823.8622-0.05661.3527-0.6036-0.6937-0.19810.5484-0.4079-0.6322-0.04080.24590.11260.24790.8587-0.08370.7827-37.245795.36020.708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 108:180
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 192:429
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 430:529
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resi 107:179
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resi 191:429
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resi 430:526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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