PDB-4w7n: CRYSTAL STRUCTURE OF A DECOLORIZING PEROXIDASE (DYP) FROM AURICUL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w7n

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A DECOLORIZING PEROXIDASE (DYP) FROM AURICULARIA AURICULA-JUDAE. Y147S AND W377S DOUBLE MUTANT

要素

Dye-decolorizing peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HEME / GLYCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

dye decolorizing peroxidase / lactoperoxidase activity / peroxidase / peroxidase activity / heme binding / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Auricularia auricula-judae (キクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.401 Å

データ登録者

Medrano, F.J. / Romero, A.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Catalytic surface radical in dye-decolorizing peroxidase: a computational, spectroscopic and site-directed mutagenesis study.
著者: Linde, D. / Pogni, R. / Canellas, M. / Lucas, F. / Guallar, V. / Baratto, M.C. / Sinicropi, A. / Saez-Jimenez, V. / Coscolin, C. / Romero, A. / Medrano, F.J. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, A.T.

履歴

登録	2014年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w7n.cif.gz	500.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w7n.ent.gz	416.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w7n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4w7n_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4w7n_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4w7n_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	4w7n_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/4w7n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w7jC 4w7kC 4w7lC 4w7mC 4w7oC 4afvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4w7m-2 5ikg-d 4w7j-3 4w7j-2 4w7o-d 4w7m-1 4w7k-2 5ag1-2 4w7j-4 4w7l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dye-decolorizing peroxidase

B: Dye-decolorizing peroxidase

ヘテロ分子

95.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dye-decolorizing peroxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dye-decolorizing peroxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.470, 55.900, 103.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-686- HOH
2	1	B-691- HOH

#1: タンパク質	Dye-decolorizing peroxidase 分子量: 46932.074 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 62-509 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Auricularia auricula-judae (キクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2DBY1, dye decolorizing peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1075 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.071541 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.071541 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 181153 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.4→1.49 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.972 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AFV

4afv

解像度: 1.401→42.987 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1839	9041	5 %
R_work	0.1442	-	-
obs	0.1461	180986	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.401→42.987 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6580	0	86	1075	7741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6836
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	9353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.444	2399
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1042
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1249

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4013-1.4172	0.3282	255	0.2814	4914	X-RAY DIFFRACTION	86
1.4172-1.4338	0.2902	299	0.2241	5696	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4338-1.4513	0.2759	298	0.2129	5669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4513-1.4697	0.2544	302	0.2028	5763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4697-1.489	0.2632	300	0.1921	5697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.489-1.5094	0.2687	304	0.1829	5763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5094-1.531	0.2449	301	0.173	5721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.531-1.5539	0.2315	304	0.1669	5796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5539-1.5781	0.2307	300	0.1644	5686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5781-1.604	0.2163	302	0.1581	5738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.604-1.6317	0.2235	302	0.1491	5728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6317-1.6614	0.2135	303	0.1494	5745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6614-1.6933	0.1934	303	0.1421	5767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6933-1.7279	0.1984	300	0.1374	5709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7279-1.7654	0.2	302	0.133	5723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7654-1.8065	0.2199	306	0.1404	5818	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8517	0.1989	302	0.136	5738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8517-1.9018	0.1918	303	0.1356	5735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9018-1.9577	0.1715	303	0.1346	5764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9577-2.0209	0.1766	302	0.1338	5730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0209-2.0931	0.1757	304	0.1323	5759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0931-2.1769	0.1784	304	0.1298	5803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1769-2.276	0.1739	302	0.131	5739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.276-2.396	0.1733	304	0.1295	5786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.396-2.5461	0.1781	304	0.1262	5794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5461-2.7427	0.1632	306	0.134	5794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7427-3.0186	0.1758	303	0.1448	5763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0186-3.4552	0.1751	307	0.1526	5829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4552-4.3526	0.1593	305	0.1338	5844	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3526-43.0069	0.1571	311	0.1508	5934	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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