PDB-4w66: Crystal structure of Glutathione S-transferase domain protein fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4w66

タイトル

Crystal structure of Glutathione S-transferase domain protein from Haliangium ochraceum DSM 14365

要素

Glutathione S-transferase domain protein

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / GSH

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Haliangium ochraceum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Chang, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Glutathione S-transferase domain protein from Haliangium ochraceum DSM 14365
著者: Chang, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4w66.cif.gz	195.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4w66.ent.gz	157.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4w66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/4w66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4k37-2 6c4m-d 2yya-2 4euf-d 1pbg-2 4f79-d 4mp4-2 3qt3-d 1oo5-d 4fbg-14 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103457

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase domain protein

B: Glutathione S-transferase domain protein

ヘテロ分子

54.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.400, 130.400, 70.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase domain protein 分子量: 27162.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (バクテリア) 株: DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2 / 遺伝子: Hoch_6316 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D0LNW1
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M Calcium Chloride, 0.1M This-Cl 20% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97924 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.36→50 Å / Num. all: 24264 / Num. obs: 24250 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 0.797 / Net I/av σ(I): 16.037 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 147328

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_rim(I) all
2.36-2.4	5.3	0.986	1212	0.772	0.467	0.908	100
2.4-2.44	5.5	0.915	1187	0.779	0.424	0.883	100
2.44-2.49	5.7	0.846	1209	0.824	0.383	0.874	100	0.93
2.49-2.54	5.9	0.716	1222	0.879	0.319	0.851	100	0.785
2.54-2.6	6.1	0.657	1204	0.896	0.288	0.855	100	0.718
2.6-2.66	6.2	0.637	1190	0.886	0.278	0.855	100	0.696
2.66-2.72	6.2	0.541	1200	0.93	0.235	0.845	100	0.591
2.72-2.8	6.3	0.434	1201	0.947	0.188	0.825	100	0.473
2.8-2.88	6.3	0.392	1218	0.942	0.169	0.811	100	0.427
2.88-2.97	6.3	0.327	1216	0.952	0.141	0.805	100	0.356
2.97-3.08	6.3	0.257	1215	0.968	0.11	0.757	100	0.28
3.08-3.2	6.3	0.19	1204	0.976	0.082	0.748	100	0.207
3.2-3.35	6.3	0.135	1201	0.985	0.058	0.733	100	0.147
3.35-3.53	6.2	0.111	1223	0.984	0.048	0.736	100	0.121
3.53-3.75	6.2	0.095	1199	0.987	0.041	1.012	100	0.104
3.75-4.03	6.2	0.074	1211	0.986	0.032	0.823	100	0.081
4.03-4.44	6.2	0.06	1231	0.988	0.026	0.76	100	0.066
4.44-5.08	6.1	0.051	1222	0.991	0.022	0.673	99.9	0.056
5.08-6.4	6	0.044	1233	0.988	0.019	0.519	99.9	0.048
6.4-50	6	0.049	1252	0.993	0.021	0.71	99.1	0.054

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
SBC-Collect		データ収集
REFMAC	5.8.0071	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング
Coot		モデル構築
HKL-3000		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.36→36.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 14.92 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.236
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2376	1205	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1864	22422	-	-
obs	0.189	22422	97.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.56 Å² / B_iso mean: 24.276 Å² / B_iso min: 7.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.17 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.36→36.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3581	0	40	130	3751
B_iso mean	-	-	78.88	31.98	-
残基数	-	-	-	-	456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.257	1.982	5039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.763	3	8166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.334	5	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.142	21.676	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.095	15	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.291	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.175	2.241	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.175	2.24	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.065	3.352	2271

LS精密化シェル

解像度: 2.36→2.423 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	60	-
R_work	0.241	1229	-
all	-	1289	-
obs	-	-	72.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8172	0.5453	-1.0642	2.1951	-0.1793	4.792	0.0455	0.0859	0.1657	0.126	-0.0429	-0.0204	-0.1254	0.3357	-0.0026	0.0517	0.009	0.007	0.0457	0.0111	0.0529	24.56	71.298	-6.296
2	8.4978	-2.8509	-0.8437	3.3863	-4.391	9.0908	-0.0408	-0.091	0.1974	0.1622	-0.0211	-0.0978	-0.2935	0.1487	0.0619	0.0288	-0.031	-0.0339	0.1144	0.0258	0.0922	38.824	70.02	-1.726
3	0.9383	-0.1985	-0.6979	1.9074	-0.1762	2.0578	-0.0364	-0.0716	0.0616	0.0684	-0.031	0.0349	-0.0247	0.1027	0.0674	0.0418	0.0384	0.0043	0.0556	-0.0048	0.0316	20.579	59.683	0.032
4	10.7343	-0.6784	-3.4245	0.3806	-0.0603	2.0616	0.0278	-0.0625	-0.1153	-0.0677	-0.1095	0.0161	0.281	0.1265	0.0817	0.0991	0.037	0.0096	0.0488	-0.0065	0.0087	24.615	46.123	-15.125
5	7.2922	0.5629	2.0184	4.1084	-2.7746	7.6674	0.1653	-0.5412	0.0617	0.061	-0.3416	0.377	-0.0932	-0.6763	0.1764	0.0501	-0.0011	0.0103	0.1852	-0.0713	0.1235	6.428	59.917	-4.766
6	5.0523	0.7037	0.9977	1.6436	2.3369	4.6059	0.0578	0.3039	-0.0817	-0.1936	-0.0815	-0.0484	-0.2328	-0.126	0.0237	0.0639	-0.0016	-0.0038	0.0526	-0.0115	0.0311	14.221	54.119	-18.98
7	6.2492	-0.4703	-1.2455	4.7952	-0.7291	2.112	0.138	0.6007	-0.0288	-0.1802	-0.0815	0.2446	-0.1894	-0.174	-0.0564	0.0544	0.0111	-0.0178	0.0645	0.0007	0.0175	15.17	66.98	-15.015
8	8.4074	7.478	4.0515	12.4144	3.8486	5.5679	0.3048	0.7895	0.0426	-0.0739	0.2738	-0.2604	-0.0205	0.3688	-0.5786	0.119	0.1125	0.082	0.148	0.0523	0.1279	28.086	52.338	-24.83
9	6.0241	0.3697	0.0624	2.9935	-0.2691	3.8227	-0.0092	0.2107	-0.3338	0.1014	0.0778	0.0509	0.4862	0.1033	-0.0686	0.222	0.0984	0.0474	0.0561	0.0162	0.0387	21.838	36.653	9.248
10	2.329	-0.5332	-0.3741	1.7523	-0.7308	1.3128	0.0493	0.0613	-0.1754	0.1638	-0.0614	0.0067	0.1208	0.138	0.0121	0.1176	0.0702	-0.0089	0.0668	-0.0026	0.0165	22.463	49.697	6.737
11	0.6479	0.3265	0.8077	6.1101	5.6521	10.6669	-0.0684	0.0233	0.105	-0.276	0.0778	-0.3508	-0.1174	1.1081	-0.0094	0.0433	0.0618	0.0045	0.257	0.0211	0.0935	40.24	49.678	-3.835
12	5.4657	1.4516	1.7438	9.1309	0.2182	7.1199	-0.1072	-0.9479	0.2724	0.7521	-0.1527	0.196	0.073	0.1395	0.2599	0.1971	0.0747	-0.0424	0.2155	-0.0328	0.0802	30.104	52.913	19.053
13	5.8751	-1.9582	0.2053	2.0091	0.5729	3.6365	0.0398	0.0285	-0.102	0.1149	-0.1545	-0.4724	0.3414	0.7555	0.1147	0.1384	0.1681	-0.0736	0.3425	0.0817	0.259	42.892	46.264	9.12
14	1.1572	0.3557	0.9008	5.8529	-0.8978	4.439	-0.0318	-0.008	-0.2132	0.6341	0.0963	-0.7644	0.415	0.8106	-0.0644	0.275	0.168	-0.0234	0.253	0.0225	0.1937	33.384	38.706	15.092
15	7.2307	7.0953	1.795	8.8089	0.5182	4.5561	-0.0779	0.0993	0.2238	-0.1202	-0.0498	-0.176	0.5179	0.6121	0.1277	0.2664	0.3204	0.025	0.42	0.0149	0.2724	44.376	37.976	-3.988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 50
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	51 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	147 - 161
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	162 - 192
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	193 - 215
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	216 - 236
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	3 - 38
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	52 - 113
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	114 - 146
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	147 - 161
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	162 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	193 - 215
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	216 - 235

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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