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- PDB-4w60: The structure of Vaccina virus H7 protein displays A Novel Phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w60
タイトルThe structure of Vaccina virus H7 protein displays A Novel Phosphoinositide binding fold required for membrane biogenesis
要素Late protein H7
キーワードVIRAL PROTEIN / phophoinositide binding / PI3P PI4P / poxvirus / membrane biogenesis
機能・相同性Late protein H7, poxvirus / Late protein H7 / host cell membrane / host cell cytoplasm / membrane / Late protein OPG112
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kolli, S. / Meng, X. / Wu, X. / Shengjuler, D. / Cameron, C.E. / Xiang, Y. / Deng, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081928 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI113539 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structure-function analysis of vaccinia virus h7 protein reveals a novel phosphoinositide binding fold essential for poxvirus replication.
著者: Kolli, S. / Meng, X. / Wu, X. / Shengjuler, D. / Cameron, C.E. / Xiang, Y. / Deng, J.
履歴
登録2014年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Late protein H7
B: Late protein H7
C: Late protein H7
D: Late protein H7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3154
ポリマ－68,3154
非ポリマー00
水34219
1
A: Late protein H7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0791
ポリマ－17,0791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Late protein H7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0791
ポリマ－17,0791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Late protein H7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0791
ポリマ－17,0791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Late protein H7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0791
ポリマ－17,0791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.714, 68.048, 81.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 3:116 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 3:116 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 3:116 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 3:116 )

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要素

#1: タンパク質
Late protein H7 / Protein H8


分子量: 17078.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR105, H7R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08586
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08M Bis-Tris phosphate/citric acid, pH8.8, 18% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 18495 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 19.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.6.4_486) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→48.04 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 33.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 1841 9.99 %
Rwork0.256 --
obs0.26 18426 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.08 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2272 Å20 Å20 Å2
2--0.2715 Å20 Å2
3---0.9557 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3525 0 0 19 3544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.175121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6641469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005642
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A924X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B924X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
13C924X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
14D908X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7024-2.7990.41731620.37331457X-RAY DIFFRACTION88
2.799-2.9110.33841750.34251579X-RAY DIFFRACTION95
2.911-3.04350.3931850.33531660X-RAY DIFFRACTION100
3.0435-3.20390.3591840.30731658X-RAY DIFFRACTION100
3.2039-3.40460.33521870.27691677X-RAY DIFFRACTION100
3.4046-3.66740.29721850.2691667X-RAY DIFFRACTION100
3.6674-4.03630.31831850.23431675X-RAY DIFFRACTION100
4.0363-4.61990.22171890.18061698X-RAY DIFFRACTION100
4.6199-5.8190.21981910.20791725X-RAY DIFFRACTION100
5.819-48.05130.29571980.22631789X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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