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- PDB-4w5j: New structural conformations of adenylate kinase from Streptococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w5j
タイトルNew structural conformations of adenylate kinase from Streptococcus pneumoniae D39 with Ap5A
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / adenylate kinase / NMP/LID domain / AMP/ATP binding / phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Thach, T.T. / Lee, S.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: New crystal structures of adenylate kinase from Streptococcus pneumoniae D39 in two conformations.
著者: Thach, T.T. / Lee, S.
履歴
登録2014年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
D: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,38412
ポリマ－96,6214
非ポリマー3,7638
水14,592810
1
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0963
ポリマ－24,1551
非ポリマー9412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0963
ポリマ－24,1551
非ポリマー9412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0963
ポリマ－24,1551
非ポリマー9412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0963
ポリマ－24,1551
非ポリマー9412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.908, 62.298, 63.022
Angle α, β, γ (deg.)101.89, 112.59, 89.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase


分子量: 24155.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: adk, SPD_0214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04ML5, adenylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 Sodium acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 30%(v/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月13日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.99 Å / Num. obs: 85180 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 39.02
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 4.43 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NU0

4nu0


解像度: 1.65→46.99 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 37.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 4265 5.03 %
Rwork0.257 --
obs0.258 84865 95.4 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6640 0 232 810 7682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1469488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5712696
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381064
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6492-1.66790.3391240.34382486X-RAY DIFFRACTION89
1.6679-1.68750.34281460.31712665X-RAY DIFFRACTION94
1.6875-1.70810.3331250.31182672X-RAY DIFFRACTION95
1.7081-1.72970.36491380.31552701X-RAY DIFFRACTION94
1.7297-1.75250.3491480.32512668X-RAY DIFFRACTION96
1.7525-1.77650.36331430.30992656X-RAY DIFFRACTION95
1.7765-1.80190.31571660.29982721X-RAY DIFFRACTION96
1.8019-1.82880.31011380.29612651X-RAY DIFFRACTION95
1.8288-1.85740.32051460.30932688X-RAY DIFFRACTION96
1.8574-1.88780.30951290.28982702X-RAY DIFFRACTION95
1.8878-1.92040.32891480.30252736X-RAY DIFFRACTION97
1.9204-1.95530.34341550.28142659X-RAY DIFFRACTION96
1.9553-1.99290.34161490.28892717X-RAY DIFFRACTION97
1.9929-2.03360.30651330.2762739X-RAY DIFFRACTION97
2.0336-2.07780.32281440.27412744X-RAY DIFFRACTION96
2.0778-2.12610.33151520.26452684X-RAY DIFFRACTION97
2.1261-2.17930.29721320.26392748X-RAY DIFFRACTION97
2.1793-2.23820.30961340.26482723X-RAY DIFFRACTION96
2.2382-2.30410.29971430.25712746X-RAY DIFFRACTION97
2.3041-2.37840.30151580.25592695X-RAY DIFFRACTION97
2.3784-2.46340.31861400.262741X-RAY DIFFRACTION97
2.4634-2.56210.2481370.24692773X-RAY DIFFRACTION97
2.5621-2.67870.28111310.25882754X-RAY DIFFRACTION98
2.6787-2.81990.28111540.25722773X-RAY DIFFRACTION98
2.8199-2.99650.26861630.25662747X-RAY DIFFRACTION98
2.9965-3.22780.23481560.22852708X-RAY DIFFRACTION98
3.2278-3.55250.271530.22082726X-RAY DIFFRACTION97
3.5525-4.06640.22481430.21452657X-RAY DIFFRACTION94
4.0664-5.12220.2691190.22832538X-RAY DIFFRACTION89
5.1222-47.01160.31451180.28152382X-RAY DIFFRACTION84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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