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- PDB-4w4l: Crystal structure of EspG5 in complex with PE25 and PPE41 from th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w4l
タイトルCrystal structure of EspG5 in complex with PE25 and PPE41 from the ESX-5 type VII secretion system of M. tuberculosis
要素
  • EspG5
  • PE family protein PE25
  • PPE family protein PPE41
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ternary complex / signal recognition / virulence factor / protein secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPE superfamily / PPE family / PPE family / PE-PGRS family, N-terminal / PE family / HP0062-like domain / EspG family / EspG family / PPE superfamily / Ferritin ...PPE superfamily / PPE family / PPE family / PE-PGRS family, N-terminal / PE family / HP0062-like domain / EspG family / EspG family / PPE superfamily / Ferritin / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX secretion-associated protein EspG / PPE family protein / PE family protein / PPE family protein / PE family protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Ekiert, D.C. / Cox, J.S.
資金援助 米国, 英国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI081727 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2140-12 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of a PE-PPE-EspG complex from Mycobacterium tuberculosis reveals molecular specificity of ESX protein secretion.
著者: Ekiert, D.C. / Cox, J.S.
履歴
登録2014年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年10月29日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PE family protein PE25
B: PPE family protein PPE41
C: EspG5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3114
ポリマ－65,2493
非ポリマー621
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7680 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.640, 138.640, 169.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

HOH

21B-311-

HOH

31B-319-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PE family protein PE25


分子量: 11902.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: Erdman / 遺伝子: PE25, ERDMAN_2675, Q643_02517 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (BL21) / 参照: UniProt: H8ETC7, UniProt: A0A0H3LBR3*PLUS
#2: タンパク質 PPE family protein PPE41


分子量: 19966.570 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-174 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: Erdman / 遺伝子: PPE41, ERDMAN_2674, Q643_02516 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (BL21) / 参照: UniProt: H8ETC6, UniProt: A0A0H3LBN6*PLUS
#3: タンパク質 EspG5


分子量: 33380.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: Erdman / 遺伝子: ERDMAN_1984, Q643_01851 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (BL21) / 参照: UniProt: H8F3E2, UniProt: A0A0H3LAM1*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5, 5% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月26日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 35773 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 87.3 % / Biso Wilson estimate: 43.7 Å2 / Rsym value: 0.32 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 89.3 % / Rmerge(I) obs: 8.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1727)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4W4J,4W4K

4w4j

4w4k


解像度: 2.45→49.005 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 1460 4.09 %RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.203 35727 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4283 0 4 76 4363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044478
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7636111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7161648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.53760.3491400.31993314X-RAY DIFFRACTION98
2.5376-2.63920.3441430.3073344X-RAY DIFFRACTION99
2.6392-2.75930.31391430.28343352X-RAY DIFFRACTION99
2.7593-2.90470.28451440.24743381X-RAY DIFFRACTION99
2.9047-3.08670.25381450.22273392X-RAY DIFFRACTION99
3.0867-3.3250.28511440.23593377X-RAY DIFFRACTION99
3.325-3.65950.26541460.20993432X-RAY DIFFRACTION100
3.6595-4.18870.22881470.18863451X-RAY DIFFRACTION100
4.1887-5.27640.19211490.16853505X-RAY DIFFRACTION100
5.2764-49.0150.18681590.1763719X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66640.7532-0.25320.8257-0.31571.21410.09920.72480.55160.19050.27080.3871-0.7699-0.48670.11470.9053-0.11930.01060.41040.00990.73784.6846102.4098-9.7578
21.78890.1810.59121.62880.43780.29770.5041-0.39760.3151.17-0.3620.0079-0.91810.2421-0.04340.7331-0.2599-0.04160.3426-0.1010.39153.251793.41030.7031
30.52530.0949-0.80770.406-0.68831.6884-0.0202-0.04490.0961-0.02660.01540.0406-0.23740.0646-0.00010.5834-0.1411-0.04890.52320.02140.4926-1.542683.6102-5.039
40.54640.2414-0.95011.0224-0.88091.488-0.3459-0.0932-0.5418-0.138-0.0044-0.43640.166-0.06810.00010.4815-0.0886-0.00990.45510.01590.4919-7.813568.85483.066
50.86060.80620.04750.7608-0.14980.5411-0.09990.04-0.23640.03810.1078-0.41530.16290.09450.00030.80180.20110.11091.12470.09140.9551-2.62548.841122.3049
63.15341.2216-0.34771.4424-0.17721.7811-0.2075-0.3913-0.739-0.0009-0.0247-0.20620.46590.0796-0.00030.8753-0.04450.26440.76120.18940.9172-28.25635.22823.8108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 90 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 58 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 59 through 174 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 6 through 79 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 80 through 302 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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