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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v9m | |||||||||
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タイトル | 70S Ribosome translocation intermediate FA-4.2A containing elongation factor EFG/FUSIDIC ACID/GDP, mRNA, and tRNA bound in the pe*/E state. | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / FUSIDIC ACID GDP / CHIMERIC HYBRID STATE RIBOSOME / TRANSLOCATION INTERMEDIATE / EF-G / MRNA / TRNA | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding ...ribosome disassembly / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhou, J. / Lancaster, L. / Donohue, J.P. / Noller, H.F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of EF-G-ribosome complexes trapped in intermediate states of translocation. 著者: Zhou, J. / Lancaster, L. / Donohue, J.P. / Noller, H.F. | |||||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | |||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 841.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4v9jC ![]() 4v9kC ![]() 4v9lC ![]() 2wri ![]() 2wrj ![]() 3f1e ![]() 3f1f S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-30S ribosomal protein ... , 19種, 38分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...
#1: タンパク質 | 分子量: 27116.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 22975.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 16460.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 14279.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 11398.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 12606.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 13875.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 14207.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 9995.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | 分子量: 11880.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 8155.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 9006.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 10921.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-RNA鎖 , 5種, 10分子 AACAAWCWAVCVBADABBDB
#20: RNA鎖 | 分子量: 490593.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #21: RNA鎖 | 分子量: 24728.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #22: RNA鎖 | 分子量: 7553.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #58: RNA鎖 | 分子量: 936302.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #59: RNA鎖 | 分子量: 38553.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AYCY
#23: タンパク質 | 分子量: 76547.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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+50S ribosomal protein ... , 34種, 70分子 BCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBJDJBKDKBNDNBODOBPDPBQDQBRDRBSDSBTDT...
-非ポリマー , 2種, 4分子 ![](data/chem/img/FUA.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
#60: 化合物 | #61: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 % |
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結晶化 | 詳細: 2.9% PEG 20K, 2.8% PPG P400, 5.1% MME 550, KSCN 200 mM, TRIS ACETATE 100mM |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.983→350.102 Å / Num. all: 532946 / Num. obs: 2518956 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRIES 3F1E, 3F1F, 2WRI, 2WRJ 解像度: 4→40 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4→40 Å
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拘束条件 |
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