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- PDB-4v9d: Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid stat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v9d
タイトルStructures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • (5S rRNA) x 2
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • messenger RNA
  • phenylalanine specific transfer RNA
  • ribosome recycling factor
キーワードRIBOSOME / Protein biosynthesis / RNA / tRNA / transfer RNA / 30S / 70S / 16S / ribosomal subunit / ribosome recycling factor / RRF
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic translational termination / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...cytoplasmic translational termination / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily ...Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Ribosome-recycling factor / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dunkle, J.A. / Wang, L. / Feldman, M.B. / Pulk, A. / Chen, V.B. / Kapral, G.J. / Noeske, J. / Richardson, J.S. / Blanchard, S.C. / Cate, J.H.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding.
著者: Dunkle, J.A. / Wang, L. / Feldman, M.B. / Pulk, A. / Chen, V.B. / Kapral, G.J. / Noeske, J. / Richardson, J.S. / Blanchard, S.C. / Cate, J.H.
履歴
登録2012年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4GD1, 4GD2, 3R8S, 3R8T
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S rRNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
AV: phenylalanine specific transfer RNA
AX: messenger RNA
AY: ribosome recycling factor
BA: 16S rRNA
BB: 30S ribosomal protein S2
BC: 30S ribosomal protein S3
BD: 30S ribosomal protein S4
BE: 30S ribosomal protein S5
BF: 30S ribosomal protein S6
BG: 30S ribosomal protein S7
BH: 30S ribosomal protein S8
BI: 30S ribosomal protein S9
BJ: 30S ribosomal protein S10
BK: 30S ribosomal protein S11
BL: 30S ribosomal protein S12
BM: 30S ribosomal protein S13
BN: 30S ribosomal protein S14
BO: 30S ribosomal protein S15
BP: 30S ribosomal protein S16
BQ: 30S ribosomal protein S17
BR: 30S ribosomal protein S18
BS: 30S ribosomal protein S19
BT: 30S ribosomal protein S20
BU: 30S ribosomal protein S21
BV: phenylalanine specific transfer RNA
BX: messenger RNA
CA: 23S rRNA
CB: 5S rRNA
CC: 50S ribosomal protein L2
CD: 50S ribosomal protein L3
CE: 50S ribosomal protein L4
CF: 50S ribosomal protein L5
CG: 50S ribosomal protein L6
CH: 50S ribosomal protein L9
CI: 50S ribosomal protein L11
CJ: 50S ribosomal protein L13
CK: 50S ribosomal protein L14
CL: 50S ribosomal protein L15
CM: 50S ribosomal protein L16
CN: 50S ribosomal protein L17
CO: 50S ribosomal protein L18
CP: 50S ribosomal protein L19
CQ: 50S ribosomal protein L20
CR: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
CT: 50S ribosomal protein L23
CU: 50S ribosomal protein L24
CV: 50S ribosomal protein L25
CW: 50S ribosomal protein L27
CX: 50S ribosomal protein L28
CY: 50S ribosomal protein L29
CZ: 50S ribosomal protein L30
C0: 50S ribosomal protein L32
C1: 50S ribosomal protein L33
C2: 50S ribosomal protein L34
C3: 50S ribosomal protein L35
C4: 50S ribosomal protein L36
DA: 23S rRNA
DB: 5S rRNA
DC: 50S ribosomal protein L2
DD: 50S ribosomal protein L3
DE: 50S ribosomal protein L4
DF: 50S ribosomal protein L5
DG: 50S ribosomal protein L6
DH: 50S ribosomal protein L9
DI: 50S ribosomal protein L11
DJ: 50S ribosomal protein L13
DK: 50S ribosomal protein L14
DL: 50S ribosomal protein L15
DM: 50S ribosomal protein L16
DN: 50S ribosomal protein L17
DO: 50S ribosomal protein L18
DP: 50S ribosomal protein L19
DQ: 50S ribosomal protein L20
DR: 50S ribosomal protein L21
DS: 50S ribosomal protein L22
DT: 50S ribosomal protein L23
DU: 50S ribosomal protein L24
DV: 50S ribosomal protein L25
DW: 50S ribosomal protein L27
DX: 50S ribosomal protein L28
DY: 50S ribosomal protein L29
DZ: 50S ribosomal protein L30
D0: 50S ribosomal protein L32
D1: 50S ribosomal protein L33
D2: 50S ribosomal protein L34
D3: 50S ribosomal protein L35
D4: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,322,348609
ポリマ－4,310,113109
非ポリマー12,235500
水31,1121727
1
AA: 16S rRNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
AV: phenylalanine specific transfer RNA
AX: messenger RNA
AY: ribosome recycling factor
CA: 23S rRNA
CB: 5S rRNA
CC: 50S ribosomal protein L2
CD: 50S ribosomal protein L3
CE: 50S ribosomal protein L4
CF: 50S ribosomal protein L5
CG: 50S ribosomal protein L6
CH: 50S ribosomal protein L9
CI: 50S ribosomal protein L11
CJ: 50S ribosomal protein L13
CK: 50S ribosomal protein L14
CL: 50S ribosomal protein L15
CM: 50S ribosomal protein L16
CN: 50S ribosomal protein L17
CO: 50S ribosomal protein L18
CP: 50S ribosomal protein L19
CQ: 50S ribosomal protein L20
CR: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
CT: 50S ribosomal protein L23
CU: 50S ribosomal protein L24
CV: 50S ribosomal protein L25
CW: 50S ribosomal protein L27
CX: 50S ribosomal protein L28
CY: 50S ribosomal protein L29
CZ: 50S ribosomal protein L30
C0: 50S ribosomal protein L32
C1: 50S ribosomal protein L33
C2: 50S ribosomal protein L34
C3: 50S ribosomal protein L35
C4: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,172,073327
ポリマ－2,165,42155
非ポリマー6,652272
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BA: 16S rRNA
BB: 30S ribosomal protein S2
BC: 30S ribosomal protein S3
BD: 30S ribosomal protein S4
BE: 30S ribosomal protein S5
BF: 30S ribosomal protein S6
BG: 30S ribosomal protein S7
BH: 30S ribosomal protein S8
BI: 30S ribosomal protein S9
BJ: 30S ribosomal protein S10
BK: 30S ribosomal protein S11
BL: 30S ribosomal protein S12
BM: 30S ribosomal protein S13
BN: 30S ribosomal protein S14
BO: 30S ribosomal protein S15
BP: 30S ribosomal protein S16
BQ: 30S ribosomal protein S17
BR: 30S ribosomal protein S18
BS: 30S ribosomal protein S19
BT: 30S ribosomal protein S20
BU: 30S ribosomal protein S21
BV: phenylalanine specific transfer RNA
BX: messenger RNA
DA: 23S rRNA
DB: 5S rRNA
DC: 50S ribosomal protein L2
DD: 50S ribosomal protein L3
DE: 50S ribosomal protein L4
DF: 50S ribosomal protein L5
DG: 50S ribosomal protein L6
DH: 50S ribosomal protein L9
DI: 50S ribosomal protein L11
DJ: 50S ribosomal protein L13
DK: 50S ribosomal protein L14
DL: 50S ribosomal protein L15
DM: 50S ribosomal protein L16
DN: 50S ribosomal protein L17
DO: 50S ribosomal protein L18
DP: 50S ribosomal protein L19
DQ: 50S ribosomal protein L20
DR: 50S ribosomal protein L21
DS: 50S ribosomal protein L22
DT: 50S ribosomal protein L23
DU: 50S ribosomal protein L24
DV: 50S ribosomal protein L25
DW: 50S ribosomal protein L27
DX: 50S ribosomal protein L28
DY: 50S ribosomal protein L29
DZ: 50S ribosomal protein L30
D0: 50S ribosomal protein L32
D1: 50S ribosomal protein L33
D2: 50S ribosomal protein L34
D3: 50S ribosomal protein L35
D4: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,150,275282
ポリマ－2,144,69254
非ポリマー5,583228
水30617
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.670, 438.070, 613.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 10分子 AABAAVBVAXBXCADACBDB

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 498725.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: J01695.2
#22: RNA鎖 phenylalanine specific transfer RNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: pheV / プラスミド: pBS-tRNAphe / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: AP009048.1
#23: RNA鎖 messenger RNA


分子量: 5170.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#25: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 941306.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357927
#26: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38483.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: GenBank: CP000948.1
#56: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: GenBank: CP000948.1

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ABBBACBCADBDAEBEAFBFAGBGAHBHAIBIAJBJAKBKALBLAMBMANBNAOBOAPBP...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 24253.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 15804.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 6466.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 6067.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P68679

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AY

#24: タンパク質 ribosome recycling factor


分子量: 20322.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rrf / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A805

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 58分子 CCDCCDDDCEDECFDFCGDGCHDHCIDICJDJCKDKCLDLCMDMCNDNCODOCPDPCQDQ...

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60422
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60438
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60723
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P62399
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG55
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7R1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7J7
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AA10
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADY3
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P02413
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADY7
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG44
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0C018
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7K6
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7L3
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG48
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P61175
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60624
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P68919
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8275.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7L8
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7M2
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7M6
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG51
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7N4
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5814.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7N9
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7P5
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7Q6
#57: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8174.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7L8

-
非ポリマー , 3種, 2227分子

#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#59: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#60: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.362.72
2
3
4
5
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911マイクロバッチ法6.5PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
2912マイクロバッチ法6.5PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
2913マイクロバッチ法6.5PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
2914マイクロバッチ法6.5PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
2915マイクロバッチ法6.5PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.1
シンクロトロンALS 12.3.121.1
シンクロトロンAPS 24-ID-C30.97
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年12月3日
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年10月16日
ADSC QUANTUM 3153CCD2010年11月5日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.971
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 938380 / % possible obs: 83.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 51.273 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 7.38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2,3

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3-3.160.8161.181790477019243.5
3.16-3.350.5771.8333035910158666.1
3.35-3.590.4172.5341453812064480
3.59-3.870.3393.6948755412195092.5
3.87-4.240.3235.4367267412351298.6
4.24-4.740.2677.8272135611270199.6
4.74-5.480.21510.5868856610081199.9
5.48-6.70.1812.875991468393499.9
6.7-9.50.13217.865149886636599.9
9.50.07727.853668253668599.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRIES 3I1M, 3I1N, 3I1O, 3I1P

3i1m
PDB 未公開エントリ

3i1n
PDB 未公開エントリ

3i1o
PDB 未公開エントリ

3i1p
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 1.8 / 立体化学のターゲット値: PHENIX
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.26 19021 RANDOM
Rwork0.202 --
obs0.203 938304 -
all-938304 -
原子変位パラメータBiso max: 170.12 Å2 / Biso mean: 41.6019 Å2 / Biso min: 0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19973 34942 72 203 55190

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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