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- PDB-4v8r: The crystal structures of the eukaryotic chaperonin CCT reveal it... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8r
タイトルThe crystal structures of the eukaryotic chaperonin CCT reveal its functional partitioning
要素(T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ...) x 8
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : ...T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit eta / T-complex protein 1 subunit theta
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Kalisman, N. / Schroder, G.F. / Levitt, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of Yeast Cct Reveals Intrinsic Asymmetry of Eukaryotic Cytosolic Chaperonins.
著者: Dekker, C. / Roe, S.M. / Mccormack, E.A. / Beuron, F. / Pearl, L.H. / Willison, K.R.
履歴
登録2012年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4AOL, 4APK
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 4AOL REFLECTS AN ALTERNATIVE SOLUTION OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R3P9DSF) ...THIS ENTRY 4AOL REFLECTS AN ALTERNATIVE SOLUTION OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R3P9DSF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 3P9D: AUTHOR: C.DEKKER,S.M.ROE,E.A.MCCORMACK,F.BEURON,L.H.PEARL, K.R.WILLISON

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ALPHA
AB: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA
AD: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT DELTA
AE: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT EPSILON
AG: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT GAMMA
AH: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ETA
AQ: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT THETA
AZ: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ZETA
Aa: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ALPHA
Ab: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA
Ad: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT DELTA
Ae: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT EPSILON
Ag: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT GAMMA
Ah: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ETA
Aq: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT THETA
Az: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ZETA
BA: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ALPHA
BB: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA
BD: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT DELTA
BE: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT EPSILON
BG: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT GAMMA
BH: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ETA
BQ: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT THETA
BZ: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ZETA
Ba: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ALPHA
Bb: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA
Bd: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT DELTA
Be: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT EPSILON
Bg: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT GAMMA
Bh: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ETA
Bq: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT THETA
Bz: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ZETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,952,737128
ポリマ－1,936,17732
非ポリマー16,56096
水00
1
AA: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ALPHA
AB: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA
AD: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT DELTA
AE: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT EPSILON
AG: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT GAMMA
AH: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ETA
AQ: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT THETA
AZ: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ZETA
Aa: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ALPHA
Ab: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA
Ad: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT DELTA
Ae: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT EPSILON
Ag: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT GAMMA
Ah: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ETA
Aq: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT THETA
Az: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ZETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)976,36964
ポリマ－968,08816
非ポリマー8,28048
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area131210 Å2
ΔGint-596 kcal/mol
Surface area281820 Å2
手法PISA
2
BA: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ALPHA
BB: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA
BD: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT DELTA
BE: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT EPSILON
BG: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT GAMMA
BH: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ETA
BQ: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT THETA
BZ: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ZETA
Ba: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ALPHA
Bb: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA
Bd: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT DELTA
Be: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT EPSILON
Bg: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT GAMMA
Bh: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ETA
Bq: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT THETA
Bz: T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ZETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)976,36964
ポリマ－968,08816
非ポリマー8,28048
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area131170 Å2
ΔGint-599 kcal/mol
Surface area282030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.100, 162.540, 268.100
Angle α, β, γ (deg.)85.23, 81.15, 61.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.24784, 0.92658, 0.2829), (0.94422, -0.16566, -0.28461), (-0.21685, 0.33766, -0.91595)
ベクター: -115.83222, -73.76594, 139.7842)

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要素

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T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ... , 8種, 32分子 AAAaBABaABAbBBBbADAdBDBdAEAeBEBeAGAgBGBgAHAhBHBhAQAqBQBqAZAzBZBz

#1: タンパク質
T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ALPHA / TCP-1-ALPHA / CCT-ALPHA


分子量: 60557.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P12612
#2: タンパク質
T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT BETA / TCP-1-BETA / CCT-BETA


分子量: 57276.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39076
#3: タンパク質
T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT DELTA / TCP-1-DELTA / CCT-DELTA


分子量: 57740.449 Da / 分子数: 4 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39078
#4: タンパク質
T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT EPSILON / TCP-1-EPSILON / CCT-EPSILON


分子量: 61995.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40413
#5: タンパク質
T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT GAMMA / TCP-1-GAMMA / CCT-GAMMA


分子量: 64939.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39077
#6: タンパク質
T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ETA / TCP-1-ETA / CCT-ETA


分子量: 59802.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P42943
#7: タンパク質
T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT THETA / TCP-1-THETA / CCT-THETA


分子量: 61735.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P47079
#8: タンパク質
T-COMPLEX PROTEIN 1 SUBUNIT ZETA / TCP-1-ZETA / CCT-ZETA


分子量: 59997.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P39079

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非ポリマー , 3種, 96分子

#9: 化合物...
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物...
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#11: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

配列の詳細THIS IS A HIS-CBP-STREP-TAG INSERTED BETWEEN PRO 374 AND LYS 375.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 3P9D.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 100 Å2

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.3 / 分類: 精密化
精密化解像度: 3.8→89.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 7525914.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 10483 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 209671 91.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 114.668 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 133.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.53 Å217.43 Å236.26 Å2
2---3.53 Å21.28 Å2
3----21.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.68 Å0.59 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.18 Å1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→89.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数63878 0 512 0 64390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.8→4.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 1773 5 %
Rwork0.396 33675 -
obs--93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION6ADP.PARAMADP.TOP
X-RAY DIFFRACTION7BEF.PARAMBEF.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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