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- PDB-4v8p: T.thermophila 60S ribosomal subunit in complex with initiation fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8p
タイトルT.thermophila 60S ribosomal subunit in complex with initiation factor 6.
要素
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 12
  • (RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 4
  • (RPL19) x 2
  • 26S RRNA
  • 5.8S RRNA
  • 5S RRNA
  • RPL13
  • RPL14
  • RPL17
  • RPL18
  • RPL18A
  • RPL23
  • RPL23A
  • RPL24
  • RPL26
  • RPL27
  • RPL28
  • RPL29
  • RPL30
  • RPL34
  • RPL35
  • RPL35A
  • RPL37A
  • RPL38
  • RPL39
  • RPL4
  • RPL6
  • RPL7A
  • RPL8
  • RPLP0
  • TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF-6, PUTATIVE FAMILY PROTEIN
  • UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
キーワードRIBOSOME / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 6 / EIF6 / 60S / TRANSLATION / LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT / RRNA / RIBOSOMAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit binding / protein-RNA complex assembly / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...ribosomal large subunit binding / protein-RNA complex assembly / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family ...Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL13 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Klinge, S. / Voigts-Hoffmann, F. / Leibundgut, M. / Arpagaus, S. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Eukaryotic 60S Ribosomal Subunit in Complex with Initiation Factor 6.
著者: Klinge, S. / Voigts-Hoffmann, F. / Leibundgut, M. / Arpagaus, S. / Ban, N.
履歴
登録2011年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4A18, 4A1E, 4A17, 4A19, 4A1A, 4A1B, 4A1C, 4A1D
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: 26S RRNA
AA: RIBOSOMAL PROTEIN L37
AB: RPL39
AC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
AE: RPL6
AF: RPL14
AG: RPL30
AH: RPL35A
AJ: TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF-6, PUTATIVE FAMILY PROTEIN
AK: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
AL: RPL34
AM: RIBOSOMAL PROTEIN L22
AN: RPL27
AO: RPL28
AP: RPL38
AQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
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AU: RPL13
AX: RPL18A
B2: 5.8S RRNA
B3: 5S RRNA
BA: RPL8
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BD: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11
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BK: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
BL: RIBOSOMAL PROTEIN L15
BM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
BN: RPL18
BO: RPL19
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C3: 5S RRNA
CA: RPL8
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CN: RPL18
CO: RPL19
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CQ: RPL17
CR: RPL23A
CS: RPL26
CT: RPL24
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DP: RPL38
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E3: 5S RRNA
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EE: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
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EO: RPL19
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ES: RPL26
ET: RPL24
EU: RPL35
EV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7
EW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31
EX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
EY: RPL37A
F1: 26S RRNA
FA: RIBOSOMAL PROTEIN L37
FB: RPL39
FC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
FE: RPL6
FF: RPL14
FG: RPL30
FH: RPL35A
FJ: TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF-6, PUTATIVE FAMILY PROTEIN
FK: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
FL: RPL34
FM: RIBOSOMAL PROTEIN L22
FN: RPL27
FO: RPL28
FP: RPL38
FQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
FT: RPL29
FU: RPL13
FX: RPL18A
G2: 5.8S RRNA
G3: 5S RRNA
GA: RPL8
GB: RIBOSOMAL PROTEIN L3
GC: RPL4
GD: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11
GE: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
GF: RPL7A
GG: RPLP0
GH: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
GI: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A
GJ: RPL23
GK: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
GL: RIBOSOMAL PROTEIN L15
GM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
GN: RPL18
GO: RPL19
GP: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21
GQ: RPL17
GR: RPL23A
GS: RPL26
GT: RPL24
GU: RPL35
GV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7
GW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31
GX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
GY: RPL37A
H1: 26S RRNA
HA: RIBOSOMAL PROTEIN L37
HB: RPL39
HC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
HE: RPL6
HF: RPL14
HG: RPL30
HH: RPL35A
HJ: TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF-6, PUTATIVE FAMILY PROTEIN
HK: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
HL: RPL34
HM: RIBOSOMAL PROTEIN L22
HN: RPL27
HO: RPL28
HP: RPL38
HQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
HT: RPL29
HU: RPL13
HX: RPL18A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,975,7951069
ポリマ－7,953,463184
非ポリマー22,332885
水93,4985190
1
A1: 26S RRNA
AA: RIBOSOMAL PROTEIN L37
AB: RPL39
AC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
AE: RPL6
AF: RPL14
AG: RPL30
AH: RPL35A
AJ: TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF-6, PUTATIVE FAMILY PROTEIN
AK: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
AL: RPL34
AM: RIBOSOMAL PROTEIN L22
AN: RPL27
AO: RPL28
AP: RPL38
AQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
AT: RPL29
AU: RPL13
AX: RPL18A
B2: 5.8S RRNA
B3: 5S RRNA
BA: RPL8
BB: RIBOSOMAL PROTEIN L3
BC: RPL4
BD: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11
BE: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
BF: RPL7A
BG: RPLP0
BH: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
BI: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A
BJ: RPL23
BK: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
BL: RIBOSOMAL PROTEIN L15
BM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
BN: RPL18
BO: RPL19
BP: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21
BQ: RPL17
BR: RPL23A
BS: RPL26
BT: RPL24
BU: RPL35
BV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7
BW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31
BX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
BY: RPL37A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,994,325272
ポリマ－1,988,62646
非ポリマー5,698226
水52229
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C2: 5.8S RRNA
C3: 5S RRNA
CA: RPL8
CB: RIBOSOMAL PROTEIN L3
CC: RPL4
CD: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11
CE: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
CF: RPL7A
CG: RPLP0
CH: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
CI: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A
CJ: RPL23
CK: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
CL: RIBOSOMAL PROTEIN L15
CM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
CN: RPL18
CO: RPL19
CP: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21
CQ: RPL17
CR: RPL23A
CS: RPL26
CT: RPL24
CU: RPL35
CV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7
CW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31
CX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
CY: RPL37A
D1: 26S RRNA
DA: RIBOSOMAL PROTEIN L37
DB: RPL39
DC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
DE: RPL6
DF: RPL14
DG: RPL30
DH: RPL35A
DJ: TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF-6, PUTATIVE FAMILY PROTEIN
DK: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
DL: RPL34
DM: RIBOSOMAL PROTEIN L22
DN: RPL27
DO: RPL28
DP: RPL38
DQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
DT: RPL29
DU: RPL13
DX: RPL18A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,994,206310
ポリマ－1,987,58446
非ポリマー6,622264
水57632
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E2: 5.8S RRNA
E3: 5S RRNA
EA: RPL8
EB: RIBOSOMAL PROTEIN L3
EC: RPL4
ED: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11
EE: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
EF: RPL7A
EG: RPLP0
EH: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
EI: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A
EJ: RPL23
EK: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
EL: RIBOSOMAL PROTEIN L15
EM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
EN: RPL18
EO: RPL19
EP: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21
EQ: RPL17
ER: RPL23A
ES: RPL26
ET: RPL24
EU: RPL35
EV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7
EW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31
EX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
EY: RPL37A
F1: 26S RRNA
FA: RIBOSOMAL PROTEIN L37
FB: RPL39
FC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
FE: RPL6
FF: RPL14
FG: RPL30
FH: RPL35A
FJ: TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF-6, PUTATIVE FAMILY PROTEIN
FK: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
FL: RPL34
FM: RIBOSOMAL PROTEIN L22
FN: RPL27
FO: RPL28
FP: RPL38
FQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
FT: RPL29
FU: RPL13
FX: RPL18A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,994,033260
ポリマ－1,988,62646
非ポリマー5,407214
水48627
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G2: 5.8S RRNA
G3: 5S RRNA
GA: RPL8
GB: RIBOSOMAL PROTEIN L3
GC: RPL4
GD: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11
GE: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9
GF: RPL7A
GG: RPLP0
GH: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10
GI: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A
GJ: RPL23
GK: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
GL: RIBOSOMAL PROTEIN L15
GM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5
GN: RPL18
GO: RPL19
GP: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21
GQ: RPL17
GR: RPL23A
GS: RPL26
GT: RPL24
GU: RPL35
GV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7
GW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L31
GX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32
GY: RPL37A
H1: 26S RRNA
HA: RIBOSOMAL PROTEIN L37
HB: RPL39
HC: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A
HE: RPL6
HF: RPL14
HG: RPL30
HH: RPL35A
HJ: TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF-6, PUTATIVE FAMILY PROTEIN
HK: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
HL: RPL34
HM: RIBOSOMAL PROTEIN L22
HN: RPL27
HO: RPL28
HP: RPL38
HQ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L36
HT: RPL29
HU: RPL13
HX: RPL18A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,993,231227
ポリマ－1,988,62646
非ポリマー4,605181
水48627
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)320.190, 289.250, 535.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 12分子 A1D1F1H1B2C2E2G2B3C3E3G3

#1: RNA鎖
26S RRNA


分子量: 1084310.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: GenBank: JN547815
#20: RNA鎖
5.8S RRNA


分子量: 49800.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: GenBank: JN547815
#21: RNA鎖
5S RRNA


分子量: 38740.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: GenBank: J01893

-
RIBOSOMAL PROTEIN ... , 4種, 16分子 AADAFAHAAMDMFMHMBBCBEBGBBLCLELGL

#2: タンパク質
RIBOSOMAL PROTEIN L37 / RPL37


分子量: 10703.564 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ24
#12: タンパク質
RIBOSOMAL PROTEIN L22 / RPL22


分子量: 13804.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q23BV5
#23: タンパク質
RIBOSOMAL PROTEIN L3 / RPL3


分子量: 44348.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: O96774
#33: タンパク質
RIBOSOMAL PROTEIN L15 / RPL15


分子量: 24134.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22A30

+
タンパク質 , 28種, 108分子 ABDBFBHBAEDEFEHEAFDFFFHFAGDGFGHGAHDHFHHHAJDJFJHJAKDKFKHKALDL...

#3: タンパク質
RPL39


分子量: 6607.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ61
#5: タンパク質
RPL6


分子量: 21777.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ56
#6: タンパク質
RPL14


分子量: 14629.494 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q24C27
#7: タンパク質
RPL30


分子量: 11368.177 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ59
#8: タンパク質
RPL35A


分子量: 12650.589 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ22
#9: タンパク質
TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF-6, PUTATIVE FAMILY PROTEIN / EIF6


分子量: 27188.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q245F2
#10: タンパク質
UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40 / UBIQUITIN / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L40 / CEP52 / CEP53 RPL40


分子量: 14599.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ25
#11: タンパク質
RPL34


分子量: 14071.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ23
#13: タンパク質
RPL27


分子量: 16767.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ19
#14: タンパク質
RPL28


分子量: 14695.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ20
#15: タンパク質
RPL38


分子量: 10219.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22SV3
#17: タンパク質
RPL29


分子量: 7742.058 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ21
#18: タンパク質
RPL13


分子量: 23390.307 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ58
#19: タンパク質
RPL18A


分子量: 22018.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ18
#22: タンパク質
RPL8


分子量: 28706.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ52
#24: タンパク質
RPL4


分子量: 45190.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ55
#27: タンパク質
RPL7A


分子量: 29129.400 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ14
#28: タンパク質
RPLP0


分子量: 10485.917 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#31: タンパク質
RPL23


分子量: 14903.538 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ53
#35: タンパク質
RPL18


分子量: 20632.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ17
#36: タンパク質 RPL19


分子量: 21429.377 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ60
#38: タンパク質
RPL17


分子量: 20417.725 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ16
#39: タンパク質
RPL23A


分子量: 16897.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ57
#40: タンパク質
RPL26


分子量: 15421.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q23F79
#41: タンパク質
RPL24


分子量: 18104.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ54
#42: タンパク質
RPL35


分子量: 14231.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ51
#46: タンパク質
RPL37A


分子量: 11375.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q23G98
#47: タンパク質 RPL19


分子量: 20387.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ60

-
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 12種, 48分子 ACDCFCHCAQDQFQHQBDCDEDGDBECEEEGEBHCHEHGHBICIEIGIBKCKEKGKBMCM...

#4: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L36A / 60S RIBOSOMAL PROTEIN L44


分子量: 12786.319 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22X38
#16: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / RPL36


分子量: 11703.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q24F59
#25: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L11 / L21 / RPL11


分子量: 19754.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P24119
#26: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L9 / RPL9


分子量: 21373.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22AX5
#29: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L10 / RPL10


分子量: 24511.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q235M8
#30: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A / RPL13A


分子量: 22641.775 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ15
#32: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A / L29 / RPL27A


分子量: 16662.867 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q00454
#34: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L5 / RPL5


分子量: 34525.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q231U7
#37: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L21 / RPL21


分子量: 18164.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q23TC8
#43: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L7 / RPL7


分子量: 27670.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0DJ13
#44: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L31 / RPL31


分子量: 12990.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22DH9
#45: タンパク質
60S RIBOSOMAL PROTEIN L32 / RPL32


分子量: 15347.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q236T0

-
非ポリマー , 3種, 6075分子

#48: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 865 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#49: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#50: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細UBIQUITIN FUSION, UBIQUITIN NOT VISIBLE IN STRUCTURE FOR CHAIN K. THE ENTRY 4A18 CONTAINS THE ...UBIQUITIN FUSION, UBIQUITIN NOT VISIBLE IN STRUCTURE FOR CHAIN K. THE ENTRY 4A18 CONTAINS THE PROTEINS THAT ARE DESCRIBED WITH LOWER CASE CHAIN IDS IN THE CITATION.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.52→40 Å / Num. obs: 1192534 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 96.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.52→3.72 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASERモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JJ2

1jj2


解像度: 3.52→19.998 Å / SU ML: 0.89 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.46 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: CHAIN G IS MODELLED AS UNK OF PDB ENTRY 1ZAX
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 9951 0.8 %
Rwork0.2161 --
obs0.2163 1186656 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.324 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 108.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.7797 Å2-0 Å2-13.5499 Å2
2--13.16 Å20 Å2
3---6.6885 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.52→19.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17189 66769 4 0 83962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07599993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00650698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.52-3.55980.35233310.331439236X-RAY DIFFRACTION100
3.5598-3.60140.32833320.32339222X-RAY DIFFRACTION100
3.6014-3.64510.35933320.320639184X-RAY DIFFRACTION100
3.6451-3.69090.30763300.308939012X-RAY DIFFRACTION99
3.6909-3.73920.32153320.289439235X-RAY DIFFRACTION100
3.7392-3.79010.3263310.287739308X-RAY DIFFRACTION100
3.7901-3.84380.3063330.278939247X-RAY DIFFRACTION100
3.8438-3.90080.27443320.271839259X-RAY DIFFRACTION100
3.9008-3.96130.30493320.265139273X-RAY DIFFRACTION100
3.9613-4.02570.29583310.253439201X-RAY DIFFRACTION100
4.0257-4.09460.26113310.245639182X-RAY DIFFRACTION100
4.0946-4.16840.26213340.237339371X-RAY DIFFRACTION100
4.1684-4.24780.23193320.225839289X-RAY DIFFRACTION100
4.2478-4.33360.23333320.224439304X-RAY DIFFRACTION100
4.3336-4.42690.26123320.226539225X-RAY DIFFRACTION100
4.4269-4.52870.24923320.219939335X-RAY DIFFRACTION100
4.5287-4.64060.21573320.211739234X-RAY DIFFRACTION100
4.6406-4.76440.24723320.207239145X-RAY DIFFRACTION100
4.7644-4.90260.23493310.199739301X-RAY DIFFRACTION99
4.9026-5.05840.21343310.191538934X-RAY DIFFRACTION99
5.0584-5.23610.21983290.188838944X-RAY DIFFRACTION99
5.2361-5.44160.21463320.1839325X-RAY DIFFRACTION100
5.4416-5.68390.22133330.185939381X-RAY DIFFRACTION100
5.6839-5.9760.23743310.189539192X-RAY DIFFRACTION99
5.976-6.33910.24823330.191439340X-RAY DIFFRACTION99
6.3391-6.81060.20973330.184739354X-RAY DIFFRACTION100
6.8106-7.46340.21273330.174839409X-RAY DIFFRACTION100
7.4634-8.47070.18873330.169439278X-RAY DIFFRACTION99
8.4707-10.4150.20263290.173738920X-RAY DIFFRACTION98
10.415-19.9980.22933300.198239065X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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