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- PDB-4v8m: High-resolution cryo-electron microscopy structure of the Trypano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8m
タイトルHigh-resolution cryo-electron microscopy structure of the Trypanosoma brucei ribosome
要素
  • (40S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 25
  • (60S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 35
  • (RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 9
  • 18S RRNA OF THE SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT
  • 40S RIBOSOMAL PROTEINS S11, PUTATIVE
  • 5.8S RRNA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
  • 5S RRNA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
  • 60S RIBOSOMAL SUBUNIT PROTEIN L31, PUTATIVE
  • ALPHA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT 28S RRNA
  • BETA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT 28S RRNA
  • E-SITE TRNA
  • GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN BETA SUBUNIT-LIKE PROTEIN
  • PROBABLE 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14
  • RIBOSOMAL PROTEIN
  • SHORT RRNA-I OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
  • SHORT RRNA-II OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
  • SHORT RRNA-III OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
  • SHORT RRNA-IV OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
  • UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
  • UBIQUITIN/RIBOSOMAL PROTEIN S27A, PUTATIVE
キーワードRIBOSOME / EUKARYOTIC / KINETOPLASTIDS / EXPANSION SEGMENTS
機能・相同性
機能・相同性情報


organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / mitochondrial large ribosomal subunit / nuclear lumen / phosphate ion binding / negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / mitochondrial large ribosomal subunit / nuclear lumen / phosphate ion binding / negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / regulation of cell population proliferation / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S26e ...Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L1 signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / : / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein S19e / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L39e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L44 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L44 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / 60S ribosomal protein L27, putative / 60S ribosomal protein L18a / 40S ribosomal protein S17, putative / Guanine nucleotide-binding protein beta subunit-like protein / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L34, putative / 40S ribosomal protein S27, putative / Ribosomal protein / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S21, putative / 40S ribosomal protein S5, putative / 60S ribosomal protein L28, putative / 60S ribosomal protein L17, putative / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein L37 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S3 / 60S ribosomal protein L6, putative / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L37a, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 40S ribosomal protein S18, putative / 60S ribosomal protein L30 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L9, putative / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal proteins S11, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L36, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L27a / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L10, putative / 60S ribosomal protein L11, putative / 40S ribosomal protein S7 / 60S ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 60S ribosomal protein L21E, putative / 40S ribosomal protein S14 / 40S ribosomal protein S33, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L7a / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / 60S ribosomal protein L2, putative / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S25 / 60S ribosomal protein L12, putative / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L23a / 60S ribosomal protein L19, putative / 40S ribosomal protein S15a, putative / Ribosomal protein L3, mitochondrial, putative / 60S ribosomal protein L4 / Ribosomal protein S19, putative / 60S ribosomal protein L35A, putative / 40S ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L13a, putative / 40S ribosomal protein S13, putative
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.57 Å
データ登録者Hashem, Y. / des Georges, A. / Fu, J. / Buss, S.N. / Jossinet, F. / Jobe, A. / Zhang, Q. / Liao, H.Y. / Grassucci, R.A. / Bajaj, C. ...Hashem, Y. / des Georges, A. / Fu, J. / Buss, S.N. / Jossinet, F. / Jobe, A. / Zhang, Q. / Liao, H.Y. / Grassucci, R.A. / Bajaj, C. / Westhof, E. / Madison-Antenucci, S. / Frank, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: High-resolution cryo-electron microscopy structure of the Trypanosoma brucei ribosome.
著者: Yaser Hashem / Amedee des Georges / Jie Fu / Sarah N Buss / Fabrice Jossinet / Amy Jobe / Qin Zhang / Hstau Y Liao / Robert A Grassucci / Chandrajit Bajaj / Eric Westhof / Susan Madison- ...著者: Yaser Hashem / Amedee des Georges / Jie Fu / Sarah N Buss / Fabrice Jossinet / Amy Jobe / Qin Zhang / Hstau Y Liao / Robert A Grassucci / Chandrajit Bajaj / Eric Westhof / Susan Madison-Antenucci / Joachim Frank /
要旨: Ribosomes, the protein factories of living cells, translate genetic information carried by messenger RNAs into proteins, and are thus involved in virtually all aspects of cellular development and ...Ribosomes, the protein factories of living cells, translate genetic information carried by messenger RNAs into proteins, and are thus involved in virtually all aspects of cellular development and maintenance. The few available structures of the eukaryotic ribosome reveal that it is more complex than its prokaryotic counterpart, owing mainly to the presence of eukaryote-specific ribosomal proteins and additional ribosomal RNA insertions, called expansion segments. The structures also differ among species, partly in the size and arrangement of these expansion segments. Such differences are extreme in kinetoplastids, unicellular eukaryotic parasites often infectious to humans. Here we present a high-resolution cryo-electron microscopy structure of the ribosome of Trypanosoma brucei, the parasite that is transmitted by the tsetse fly and that causes African sleeping sickness. The atomic model reveals the unique features of this ribosome, characterized mainly by the presence of unusually large expansion segments and ribosomal-protein extensions leading to the formation of four additional inter-subunit bridges. We also find additional rRNA insertions, including one large rRNA domain that is not found in other eukaryotes. Furthermore, the structure reveals the five cleavage sites of the kinetoplastid large ribosomal subunit (LSU) rRNA chain, which is known to be cleaved uniquely into six pieces, and suggests that the cleavage is important for the maintenance of the T. brucei ribosome in the observed structure. We discuss several possible implications of the large rRNA expansion segments for the translation-regulation process. The structure could serve as a basis for future experiments aimed at understanding the functional importance of these kinetoplastid-specific ribosomal features in protein-translation regulation, an essential step towards finding effective and safe kinetoplastid-specific drugs.
履歴
登録2012年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3ZEQ, 3ZEX, 3ZEY, 3ZF7
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月22日Group: Other
改定 2.02017年8月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software ...atom_site / em_software / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
改定 3.02019年7月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_database_status / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id
改定 3.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 3.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "5B" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "5B" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "SA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2239
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A0: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A, PUTATIVE
A1: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4, PUTATIVE
A2: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S5, PUTATIVE
A3: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S6
A4: RIBOSOMAL PROTEIN S7, PUTATIVE
A5: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8
A6: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S9, PUTATIVE
A7: GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN BETA SUBUNIT-LIKE PROTEIN
A8: RIBOSOMAL PROTEIN S29, PUTATIVE
A9: UBIQUITIN/RIBOSOMAL PROTEIN S27A, PUTATIVE
AC: 40S RIBOSOMAL PROTEIN SA, PUTATIVE
AD: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10, PUTATIVE
AE: 40S RIBOSOMAL PROTEINS S11, PUTATIVE
AF: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AG: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13, PUTATIVE
AH: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S14
AI: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15, PUTATIVE
AJ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A, PUTATIVE
AK: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16, PUTATIVE
AL: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S17, PUTATIVE
AM: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S18, PUTATIVE
AO: RIBOSOMAL PROTEIN S19, PUTATIVE
AP: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2, PUTATIVE
AQ: RIBOSOMAL PROTEIN S20, PUTATIVE
AR: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S21, PUTATIVE
AS: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S23, PUTATIVE
AT: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24
AU: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S25, PUTATIVE
AV: RIBOSOMAL PROTEIN S26, PUTATIVE
AW: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27, PUTATIVE
AX: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3, PUTATIVE
AY: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S30, PUTATIVE
AZ: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S33, PUTATIVE
BA: ALPHA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT 28S RRNA
BB: BETA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT 28S RRNA
BC: 5.8S RRNA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
BD: 5S RRNA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
BE: SHORT RRNA-I OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
BF: SHORT RRNA-II OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
BG: SHORT RRNA-III OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
BH: SHORT RRNA-IV OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT
BI: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18
BJ: RIBOSOMAL PROTEIN
BK: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10, PUTATIVE
BL: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11, PUTATIVE
BM: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L12, PUTATIVE
BN: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13
BO: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A, PUTATIVE
BP: PROBABLE 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14
BQ: RIBOSOMAL PROTEIN L15
BR: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17, PUTATIVE
BS: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18A
BT: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19, PUTATIVE
BU: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21E, PUTATIVE
BV: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22, PUTATIVE
BW: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23, PUTATIVE
BX: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A
BY: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24, PUTATIVE
BZ: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26, PUTATIVE
Ba: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27, PUTATIVE
Bb: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A
Bc: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28, PUTATIVE
Bd: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29, PUTATIVE
Be: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L2, PUTATIVE
Bf: RIBOSOMAL PROTEIN L3, MITOCHONDRIAL, PUTATIVE
Bg: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30
Bh: 60S RIBOSOMAL SUBUNIT PROTEIN L31, PUTATIVE
Bi: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32, PUTATIVE
Bj: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34, PUTATIVE
Bk: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35, PUTATIVE
Bl: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A, PUTATIVE
Bm: RIBOSOMAL PROTEIN L36, PUTATIVE
Bn: RIBOSOMAL PROTEIN L37
Bo: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A, PUTATIVE
Bp: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38, PUTATIVE
Bq: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39, PUTATIVE
Br: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4
Bs: UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40
Bt: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L44
Bu: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5, PUTATIVE
Bv: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6, PUTATIVE
Bw: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7, PUTATIVE
Bx: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7A, PUTATIVE
By: 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9, PUTATIVE
AA: 18S RRNA OF THE SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT
AB: E-SITE TRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,603,26986
ポリマ－3,603,26986
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
40S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 25種, 25分子 A0A1A2A3A5A6ACADAFAGAHAIAJAKALAMAPARASATAUAWAXAYAZ

#1: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEINS S1E


分子量: 29477.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38BK6
#2: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN S4E


分子量: 30704.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q386F2
#3: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S5, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 21424.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q385D9
#4: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S6 / RIBOSOMAL PROTEIN S6E


分子量: 28507.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38CL9
#6: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8 / RIBOSOMAL PROTEIN S8E


分子量: 25001.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57YL6
#7: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S9, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 22098.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57VP3
#11: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN SA, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 31395.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q383I8
#12: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S10, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN S10E


分子量: 19322.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38B66
#14: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12 / RIBOSOMAL PROTEIN S12E


分子量: 15889.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q385Y8
#15: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S13, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 17347.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q586C2
#16: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S14 / RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 15540.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q4FKG9
#17: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS19


分子量: 17512.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57XN7
#18: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S15A, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS8


分子量: 14669.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q580K6
#19: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S16, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS9


分子量: 17031.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57VV0
#20: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S17, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS17E


分子量: 16259.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q382Z8
#21: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S18, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS13


分子量: 17548.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38B69
#23: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S2, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS5


分子量: 28688.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q388D3
#25: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S21, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS21E


分子量: 21156.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q385B8
#26: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S23, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS12


分子量: 15963.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38CD1
#27: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S24 / RIBOSOMAL PROTEIN RPS24E


分子量: 15722.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38AM9
#28: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S25, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS25E


分子量: 12589.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57XX0
#30: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S27, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS27E


分子量: 9648.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q383V7
#31: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS3


分子量: 24259.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q389I7
#32: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S30, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS30E


分子量: 7454.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q584U5
#33: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S33, PUTATIVE


分子量: 11186.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57U30

-
RIBOSOMAL PROTEIN ... , 9種, 9分子 A4A8AOAQAVBQBfBmBn

#5: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S7, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN S7E


分子量: 23889.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38FD9
#9: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S29, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS14


分子量: 6679.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1
#22: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S19, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS19E


分子量: 18891.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q583K7
#24: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S20, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS10


分子量: 13248.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1
#29: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S26, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS26E


分子量: 12837.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q384J9
#50: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L15


分子量: 26461.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38CY7
#65: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L3, MITOCHONDRIAL, PUTATIVE


分子量: 48802.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q581Q1
#72: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L36, PUTATIVE


分子量: 12491.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38CY6
#73: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L37


分子量: 10128.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q386L1

-
タンパク質 , 7種, 7分子 A7A9AEBJBPBhBs

#8: タンパク質 GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN BETA SUBUNIT-LIKE PROTEIN / RIBOSOMAL PROTEIN TRACK1


分子量: 34727.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q383E1
#10: タンパク質 UBIQUITIN/RIBOSOMAL PROTEIN S27A, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN RPS31E


分子量: 16936.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57WI3
#13: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEINS S11, PUTATIVE / RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 20132.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38CI4
#43: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN


分子量: 24640.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q383V8
#49: タンパク質 PROBABLE 60S RIBOSOMAL PROTEIN L14


分子量: 21742.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: P55842
#67: タンパク質 60S RIBOSOMAL SUBUNIT PROTEIN L31, PUTATIVE


分子量: 21752.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38DH8
#78: タンパク質 UBIQUITIN-60S RIBOSOMAL PROTEIN L40


分子量: 14685.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: P21899

-
RNA鎖 , 10種, 10分子 BABBBCBDBEBFBGBHAAAB

#34: RNA鎖 ALPHA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT 28S RRNA


分子量: 595796.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ) / 参照: GenBank: X14553
#35: RNA鎖 BETA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT 28S RRNA


分子量: 471450.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ) / 参照: GenBank: X14553
#36: RNA鎖 5.8S RRNA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT


分子量: 54224.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
#37: RNA鎖 5S RRNA CHAIN OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT


分子量: 38316.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
#38: RNA鎖 SHORT RRNA-I OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT


分子量: 67234.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
#39: RNA鎖 SHORT RRNA-II OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT


分子量: 23079.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
#40: RNA鎖 SHORT RRNA-III OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT


分子量: 58889.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
#41: RNA鎖 SHORT RRNA-IV OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT


分子量: 43388.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
#85: RNA鎖 18S RRNA OF THE SMALL RIBOSOMAL SUBUNIT


分子量: 724377.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ) / 参照: GenBank: M12676
#86: RNA鎖 E-SITE TRNA


分子量: 23545.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)

+
60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 35種, 35分子 BIBKBLBMBNBOBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBdBeBgBiBjBkBlBoBpBqBrBt...

#42: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18


分子量: 21929.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: P50885
#44: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L10, PUTATIVE


分子量: 24785.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38EC5
#45: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L11, PUTATIVE


分子量: 22420.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38EI9
#46: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L12, PUTATIVE


分子量: 17594.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57YK4
#47: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 25491.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57V54
#48: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A, PUTATIVE


分子量: 25775.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q585J5
#51: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L17, PUTATIVE


分子量: 19147.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q385T6
#52: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L18A


分子量: 20950.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q382C4
#53: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L19, PUTATIVE


分子量: 29494.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57ZI7
#54: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L21E, PUTATIVE


分子量: 18043.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q4FKD4
#55: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L22, PUTATIVE


分子量: 15288.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q383R3
#56: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23, PUTATIVE


分子量: 14989.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38DP2
#57: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L23A


分子量: 18211.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57ZH2
#58: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L24, PUTATIVE


分子量: 14633.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38B56
#59: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L26, PUTATIVE


分子量: 16497.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38D25
#60: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27, PUTATIVE


分子量: 15618.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q381J6
#61: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L27A


分子量: 16307.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38DN9
#62: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L28, PUTATIVE


分子量: 16901.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q385E9
#63: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L29, PUTATIVE


分子量: 8244.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q383S6
#64: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L2, PUTATIVE


分子量: 28372.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57W56
#66: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 11531.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38BI9
#68: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L32, PUTATIVE


分子量: 15432.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38CL1
#69: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L34, PUTATIVE


分子量: 19396.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q383V6
#70: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35, PUTATIVE


分子量: 15187.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38FW8
#71: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L35A, PUTATIVE


分子量: 17061.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q584G9
#74: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L37A, PUTATIVE


分子量: 10482.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38AW9
#75: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L38, PUTATIVE


分子量: 9527.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38FV6
#76: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L39, PUTATIVE


分子量: 6567.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57UJ8
#77: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L4


分子量: 41941.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q582N2
#79: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L44


分子量: 12488.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: D7SG81
#80: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L5, PUTATIVE


分子量: 34710.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38CY8
#81: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L6, PUTATIVE


分子量: 21232.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q389K1
#82: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7, PUTATIVE


分子量: 29416.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q57V35
#83: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L7A, PUTATIVE


分子量: 30945.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
参照: UniProt: Q57VM1
#84: タンパク質 60S RIBOSOMAL PROTEIN L9, PUTATIVE


分子量: 21897.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTAT10.1 / 参照: UniProt: Q38CD0

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CHAINS 8 AND Q ARE MODELLED USING T. CRUZI SEQUENCE UNP ACCESSIONS Q4CPB5 AND Q4D6H7 RESPECTIVELY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: TRYPANOSOMA BRUCEI 80S RIBOSOME / タイプ: RIBOSOME / 詳細: MICROGRAPHS SELECTED VISUALLY AFTER SCANNING
緩衝液名称: 20 MM HEPES, 10MM MGCL2, 500 MM KCL AND 5 MM BETA-ME
pH: 7.2
詳細: 20 MM HEPES, 10MM MGCL2, 500 MM KCL AND 5 MM BETA-ME
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHAN

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2011年1月1日
詳細: MICROGRAPHS SCANNED WITH NIKON SUPER COOLSCAN 9000ED
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 93.15 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 1102
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE-FLIPPING
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: REFERENCE BASED RECONSTRUCTION METHOD / 解像度: 5.57 Å / 粒子像の数: 164000 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.09 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2239 (DEPOSITION ID: 11259). THE STRUCTURE OF THE 80S FROM YEAST (3U5B AND OTHERS) AS WELL AS THE STRUCTURE OF THE 60S FROM TETRAHYMENA ...詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2239 (DEPOSITION ID: 11259). THE STRUCTURE OF THE 80S FROM YEAST (3U5B AND OTHERS) AS WELL AS THE STRUCTURE OF THE 60S FROM TETRAHYMENA THERMOPHILA (4A17 AND OTHERS) WERE USED AS STARTING MODEL FOR THE 60S SUBUNIT MODEL. THE 40S FROM TETRAHYMENA THERMOPHILA (2XZM AND 2XZN) AS WELL AS THE 80S FROM YEAST WERE USED AS STARTING MODEL FOR THE 40S SUBUNIT MODEL. THE 80S MODEL OF TRITICUM AESTIVUM (3IZR AND OTHERS) WAS USED TO FIT MISSING PROTEINS FORM THE TWO X-RAY STRUCTURES.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13U5B

3u5b
PDB 未公開エントリ

13U5B1PDBexperimental model
23U5C

3u5c
PDB 未公開エントリ

13U5C2PDBexperimental model
33U5D

3u5d
PDB 未公開エントリ

13U5D3PDBexperimental model
43U5E

3u5e
PDB 未公開エントリ

13U5E4PDBexperimental model
53U5F

3u5f
PDB 未公開エントリ

13U5F5PDBexperimental model
63U5G

3u5g
PDB 未公開エントリ

13U5G6PDBexperimental model
73U5H

3u5h
PDB 未公開エントリ

13U5H7PDBexperimental model
83U5I

3u5i
PDB 未公開エントリ

13U5I8PDBexperimental model
94A18

4a18
PDB 未公開エントリ

14A189PDBexperimental model
104A1E

4a1e
PDB 未公開エントリ

14A1E10PDBexperimental model
114A17

4a17
PDB 未公開エントリ

14A1711PDBexperimental model
124A19

4a19
PDB 未公開エントリ

14A1912PDBexperimental model
134A1A

4a1a
PDB 未公開エントリ

14A1A13PDBexperimental model
144A1B

4a1b
PDB 未公開エントリ

14A1B14PDBexperimental model
154A1C

4a1c
PDB 未公開エントリ

14A1C15PDBexperimental model
164A1D

4a1d
PDB 未公開エントリ

14A1D16PDBexperimental model
172XZM

2xzm
PDB 未公開エントリ

12XZM17PDBexperimental model
182XZN

2xzn
PDB 未公開エントリ

12XZN18PDBexperimental model
193IZR

3izr
PDB 未公開エントリ

13IZR19PDBexperimental model
203IZ6

3iz6
PDB 未公開エントリ

13IZ620PDBexperimental model
213IZ7

3iz7
PDB 未公開エントリ

13IZ721PDBexperimental model
223IZ9

3iz9
PDB 未公開エントリ

13IZ922PDBexperimental model
精密化最高解像度: 5.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 5.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38755 0 0 0 38755

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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