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- PDB-4v83: Crystal structure of a complex containing domain 3 from the PSIV ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v83
タイトルCrystal structure of a complex containing domain 3 from the PSIV IGR IRES RNA bound to the 70S ribosome.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • domain 3 of PSIC IGR IRES RNA
  • ribosomal RNA 16S
キーワードRIBOSOME / 70S / IGR / IRES / PSIV / CrPV
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / : ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / : / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhu, J. / Korostelev, A. / Costantino, D. / Noller, H.F. / Kieft, J.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of complexes containing domains from two viral internal ribosome entry site (IRES) RNAs bound to the 70S ribosome.
著者: Zhu, J. / Korostelev, A. / Costantino, D.A. / Donohue, J.P. / Noller, H.F. / Kieft, J.S.
履歴
登録2010年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3PYN, 3PYO, 3PYQ, 3PYR
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: ribosomal RNA 16S
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14 type Z
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein Thx
AV: domain 3 of PSIC IGR IRES RNA
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L9
BI: 50S ribosomal protein L10
BJ: 50S ribosomal protein L13
BK: 50S ribosomal protein L14
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BP: 50S ribosomal protein L19
BQ: 50S ribosomal protein L20
BR: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
BW: 50S ribosomal protein L27
BX: 50S ribosomal protein L28
BY: 50S ribosomal protein L29
BZ: 50S ribosomal protein L30
B1: 50S ribosomal protein L31
B2: 50S ribosomal protein L32
B3: 50S ribosomal protein L33
B4: 50S ribosomal protein L34
B5: 50S ribosomal protein L35
CA: ribosomal RNA 16S
CB: 30S ribosomal protein S2
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14 type Z
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
CU: 30S ribosomal protein Thx
CV: domain 3 of PSIC IGR IRES RNA
DA: 23S ribosomal RNA
DB: 5S ribosomal RNA
DC: 50S ribosomal protein L2
DD: 50S ribosomal protein L3
DE: 50S ribosomal protein L4
DF: 50S ribosomal protein L5
DG: 50S ribosomal protein L6
DH: 50S ribosomal protein L9
DI: 50S ribosomal protein L10
DJ: 50S ribosomal protein L13
DK: 50S ribosomal protein L14
DL: 50S ribosomal protein L15
DM: 50S ribosomal protein L16
DN: 50S ribosomal protein L17
DO: 50S ribosomal protein L18
DP: 50S ribosomal protein L19
DQ: 50S ribosomal protein L20
DR: 50S ribosomal protein L21
DS: 50S ribosomal protein L22
DT: 50S ribosomal protein L23
DU: 50S ribosomal protein L24
DV: 50S ribosomal protein L25
DW: 50S ribosomal protein L27
DX: 50S ribosomal protein L28
DY: 50S ribosomal protein L29
DZ: 50S ribosomal protein L30
D1: 50S ribosomal protein L31
D2: 50S ribosomal protein L32
D3: 50S ribosomal protein L33
D4: 50S ribosomal protein L34
D5: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,313,0382767
ポリマ－4,248,198106
非ポリマー64,8402661
水00
1
AA: ribosomal RNA 16S
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14 type Z
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein Thx
AV: domain 3 of PSIC IGR IRES RNA
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L9
BI: 50S ribosomal protein L10
BJ: 50S ribosomal protein L13
BK: 50S ribosomal protein L14
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BP: 50S ribosomal protein L19
BQ: 50S ribosomal protein L20
BR: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
BW: 50S ribosomal protein L27
BX: 50S ribosomal protein L28
BY: 50S ribosomal protein L29
BZ: 50S ribosomal protein L30
B1: 50S ribosomal protein L31
B2: 50S ribosomal protein L32
B3: 50S ribosomal protein L33
B4: 50S ribosomal protein L34
B5: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,152,6421224
ポリマ－2,124,09953
非ポリマー28,5431171
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: ribosomal RNA 16S
CB: 30S ribosomal protein S2
CC: 30S ribosomal protein S3
CD: 30S ribosomal protein S4
CE: 30S ribosomal protein S5
CF: 30S ribosomal protein S6
CG: 30S ribosomal protein S7
CH: 30S ribosomal protein S8
CI: 30S ribosomal protein S9
CJ: 30S ribosomal protein S10
CK: 30S ribosomal protein S11
CL: 30S ribosomal protein S12
CM: 30S ribosomal protein S13
CN: 30S ribosomal protein S14 type Z
CO: 30S ribosomal protein S15
CP: 30S ribosomal protein S16
CQ: 30S ribosomal protein S17
CR: 30S ribosomal protein S18
CS: 30S ribosomal protein S19
CT: 30S ribosomal protein S20
CU: 30S ribosomal protein Thx
CV: domain 3 of PSIC IGR IRES RNA
DA: 23S ribosomal RNA
DB: 5S ribosomal RNA
DC: 50S ribosomal protein L2
DD: 50S ribosomal protein L3
DE: 50S ribosomal protein L4
DF: 50S ribosomal protein L5
DG: 50S ribosomal protein L6
DH: 50S ribosomal protein L9
DI: 50S ribosomal protein L10
DJ: 50S ribosomal protein L13
DK: 50S ribosomal protein L14
DL: 50S ribosomal protein L15
DM: 50S ribosomal protein L16
DN: 50S ribosomal protein L17
DO: 50S ribosomal protein L18
DP: 50S ribosomal protein L19
DQ: 50S ribosomal protein L20
DR: 50S ribosomal protein L21
DS: 50S ribosomal protein L22
DT: 50S ribosomal protein L23
DU: 50S ribosomal protein L24
DV: 50S ribosomal protein L25
DW: 50S ribosomal protein L27
DX: 50S ribosomal protein L28
DY: 50S ribosomal protein L29
DZ: 50S ribosomal protein L30
D1: 50S ribosomal protein L31
D2: 50S ribosomal protein L32
D3: 50S ribosomal protein L33
D4: 50S ribosomal protein L34
D5: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,160,3961543
ポリマ－2,124,09953
非ポリマー36,2971490
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.940, 455.590, 618.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain B*A6 - 2897
211chain D*0
112chain A* and not (chain AA or chain AV)0
212chain C* and not (chain CA or chain CV)0
113chain AA and resid 925:1391925 - 1391
213chain CA and resid 925:1391925 - 1391
114chain AA and not resid 925:13910
214chain CA and not resid 925:13910
115chain AV0
215chain CV0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 8分子 AACAAVCVBADABBDB

#1: RNA鎖 ribosomal RNA 16S


分子量: 489042.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: AE017221.1
#22: RNA鎖 domain 3 of PSIC IGR IRES RNA


分子量: 11183.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27
#23: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 936302.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: AE017221.1
#24: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38553.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: GenBank: AE017221.1

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26987.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62662
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22862.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62663
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62664
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16460.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62665
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62666
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62667
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62668
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14298.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62669
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11299.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62653
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12606.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62654
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13804.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P61941
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13237.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62655
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62656
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62657
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9924.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62238
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 11721.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62658
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8155.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62659
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 8949.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62660
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10907.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62661
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 2960.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62613

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 BCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBIDIBJDJBKDKBLDLBMDMBNDNBODOBPDPBQDQ...

#25: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29828.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I07
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22249.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I04
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22487.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I05
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20944.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I16
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 17363.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I19
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16107.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GV5
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 7330.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GS1
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15568.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72IN1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I14
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15858.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I23
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15348.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I11
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13618.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I33
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 10941.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I20
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 16247.915 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72JU9
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13500.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72L76
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72HR2
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12678.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I09
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10273.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I06
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I15
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 21150.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72IA7
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8587.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72HR3
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9884.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72G84
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7457.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I12
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6670.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72I22
#49: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L31


分子量: 3278.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72JR0
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 5818.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P62652
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5473.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72GW3
#52: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5975.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: P80340
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7245.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q72L77

-
非ポリマー , 2種, 2661分子

#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2657 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 100 mM Tris-OAc, pH 7.0, 200 mM KSCN, 3.6-5% PEG20,000, 6-14% MPD, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→60 Å / Num. obs: 743704 / Biso Wilson estimate: 106.18 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→49.999 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 7381 0.99 %
Rwork0.2331 --
obs0.2334 743704 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.895 Å2 / ksol: 0.219 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 428.94 Å2 / Biso mean: 149.8145 Å2 / Biso min: 32.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.4553 Å20 Å2-0 Å2
2--15.6244 Å2-0 Å2
3----7.169 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19106 33108 2 0 52216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004305258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9456332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03957770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00324870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.682147206
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11AA88276X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
12AC88276X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
21AA19106X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
22AB19106X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
31AA9949X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
32AB9949X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
41AA22423X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
42AB22423X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
51AA736X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
52AB736X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.53980.32522610.3256238742413597
3.5398-3.58140.34142580.3294241852444399
3.5814-3.62510.33022350.32582427924514100
3.6251-3.67090.33342260.32042441824644100
3.6709-3.71920.3182630.30972443424697100
3.7192-3.77020.30432490.29732436324612100
3.7702-3.8240.32842680.29532437824646100
3.824-3.88110.31312360.28342447724713100
3.8811-3.94170.30652300.2772444424674100
3.9417-4.00630.28222490.26362448324732100
4.0063-4.07530.29682250.26362446924694100
4.0753-4.14940.28322810.25692441324694100
4.1494-4.22920.29942200.25032450124721100
4.2292-4.31540.27372320.2392446824700100
4.3154-4.40920.26542520.22912452224774100
4.4092-4.51170.25012410.22672450924750100
4.5117-4.62450.25842290.2192447424703100
4.6245-4.74940.27642280.22092455724785100
4.7494-4.88910.26382240.21762455824782100
4.8891-5.04670.2672530.20912455124804100
5.0467-5.22690.22212540.19382450724761100
5.2269-5.43590.22942500.18922464924899100
5.4359-5.6830.22172520.1842455824810100
5.683-5.98220.22492340.18572466624900100
5.9822-6.35630.24272730.18782465224925100
6.3563-6.84590.21362240.18642474724971100
6.8459-7.53280.21112320.17972477825010100
7.5328-8.6180.21972650.19092483125096100
8.618-10.83950.22992740.20842500625280100
10.8395-50.00450.28792630.27012557225835100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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