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万見
- PDB-4v6b: Crystal structure of human ferritin Phe167SerfsX26 mutant. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v6b
タイトルCrystal structure of human ferritin Phe167SerfsX26 mutant.
要素Ferritin
キーワードIRON STORAGE / iron storage protein / disorder / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


autolysosome / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Hurley, T.D. / Vidal, R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Unraveling of the E-helices and disruption of 4-fold pores are associated with iron mishandling in a mutant ferritin causing neurodegeneration
著者: Baraibar, M.A. / Muhoberac, B.B. / Garringer, H.J. / Hurley, T.D. / Vidal, R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Iron-mediated aggregation and a localized structural change characterize ferritin from a mutant light chain polypeptide that causes neurodegeneration.
著者: Baraibar, M.A. / Barbeito, A.G. / Muhoberac, B.B. / Vidal, R.
履歴
登録2009年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3HX2, 3HX5, 3HX7
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Ferritin
Aa: Ferritin
AB: Ferritin
Ab: Ferritin
AC: Ferritin
Ac: Ferritin
AD: Ferritin
Ad: Ferritin
AE: Ferritin
Ae: Ferritin
AF: Ferritin
Af: Ferritin
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AH: Ferritin
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AI: Ferritin
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AJ: Ferritin
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AK: Ferritin
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AL: Ferritin
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AM: Ferritin
Am: Ferritin
AN: Ferritin
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AW: Ferritin
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BA: Ferritin
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BO: Ferritin
Bo: Ferritin
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Br: Ferritin
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BV: Ferritin
Bv: Ferritin
BW: Ferritin
Bw: Ferritin
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Bx: Ferritin
CA: Ferritin
Ca: Ferritin
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CD: Ferritin
Cd: Ferritin
CE: Ferritin
Ce: Ferritin
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Ch: Ferritin
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CO: Ferritin
Co: Ferritin
CP: Ferritin
Cp: Ferritin
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Cq: Ferritin
CR: Ferritin
Cr: Ferritin
CS: Ferritin
Cs: Ferritin
CT: Ferritin
Ct: Ferritin
CU: Ferritin
Cu: Ferritin
CV: Ferritin
Cv: Ferritin
CW: Ferritin
Cw: Ferritin
CX: Ferritin
Cx: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,095,372192
ポリマ－3,093,448144
非ポリマー1,92448
水48,8572712
1
AA: Ferritin
AB: Ferritin
AC: Ferritin
AD: Ferritin
AE: Ferritin
AF: Ferritin
AG: Ferritin
AH: Ferritin
AI: Ferritin
AJ: Ferritin
AK: Ferritin
AL: Ferritin
AM: Ferritin
AN: Ferritin
AO: Ferritin
AP: Ferritin
AQ: Ferritin
AR: Ferritin
AS: Ferritin
AT: Ferritin
AU: Ferritin
AV: Ferritin
AW: Ferritin
AX: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,89532
ポリマ－515,57524
非ポリマー3218
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Aa: Ferritin
Ab: Ferritin
Ac: Ferritin
Ad: Ferritin
Ae: Ferritin
Af: Ferritin
Ag: Ferritin
Ah: Ferritin
Ai: Ferritin
Aj: Ferritin
Ak: Ferritin
Al: Ferritin
Am: Ferritin
An: Ferritin
Ao: Ferritin
Ap: Ferritin
Aq: Ferritin
Ar: Ferritin
As: Ferritin
At: Ferritin
Au: Ferritin
Av: Ferritin
Aw: Ferritin
Ax: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,89532
ポリマ－515,57524
非ポリマー3218
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
BA: Ferritin
BB: Ferritin
BC: Ferritin
BD: Ferritin
BE: Ferritin
BF: Ferritin
BG: Ferritin
BH: Ferritin
BI: Ferritin
BJ: Ferritin
BK: Ferritin
BL: Ferritin
BM: Ferritin
BN: Ferritin
BO: Ferritin
BP: Ferritin
BQ: Ferritin
BR: Ferritin
BS: Ferritin
BT: Ferritin
BU: Ferritin
BV: Ferritin
BW: Ferritin
BX: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,89532
ポリマ－515,57524
非ポリマー3218
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
Ba: Ferritin
Bb: Ferritin
Bc: Ferritin
Bd: Ferritin
Be: Ferritin
Bf: Ferritin
Bg: Ferritin
Bh: Ferritin
Bi: Ferritin
Bj: Ferritin
Bk: Ferritin
Bl: Ferritin
Bm: Ferritin
Bn: Ferritin
Bo: Ferritin
Bp: Ferritin
Bq: Ferritin
Br: Ferritin
Bs: Ferritin
Bt: Ferritin
Bu: Ferritin
Bv: Ferritin
Bw: Ferritin
Bx: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,89532
ポリマ－515,57524
非ポリマー3218
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
CA: Ferritin
CB: Ferritin
CC: Ferritin
CD: Ferritin
CE: Ferritin
CF: Ferritin
CG: Ferritin
CH: Ferritin
CI: Ferritin
CJ: Ferritin
CK: Ferritin
CL: Ferritin
CM: Ferritin
CN: Ferritin
CO: Ferritin
CP: Ferritin
CQ: Ferritin
CR: Ferritin
CS: Ferritin
CT: Ferritin
CU: Ferritin
CV: Ferritin
CW: Ferritin
CX: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,89532
ポリマ－515,57524
非ポリマー3218
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
Ca: Ferritin
Cb: Ferritin
Cc: Ferritin
Cd: Ferritin
Ce: Ferritin
Cf: Ferritin
Cg: Ferritin
Ch: Ferritin
Ci: Ferritin
Cj: Ferritin
Ck: Ferritin
Cl: Ferritin
Cm: Ferritin
Cn: Ferritin
Co: Ferritin
Cp: Ferritin
Cq: Ferritin
Cr: Ferritin
Cs: Ferritin
Ct: Ferritin
Cu: Ferritin
Cv: Ferritin
Cw: Ferritin
Cx: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,89532
ポリマ－515,57524
非ポリマー3218
水41423
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.340, 236.940, 249.710
Angle α, β, γ (deg.)94.69, 115.06, 114.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin


分子量: 21482.279 Da / 分子数: 144 / 変異: Phe167SerfsX26 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The His-tag was cleaved from the purified protein using Factor Xa, leaving an additional Arg residue N-terminal to the initiator methionine.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTL / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6S4P3
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
解説: The three coordinate split files (3HX2, 3HX5, 3HX7) comprise the complete asymmetric unit composed of six chains and described in remark 400. The structure factor file deposited with each of ...解説: The three coordinate split files (3HX2, 3HX5, 3HX7) comprise the complete asymmetric unit composed of six chains and described in remark 400. The structure factor file deposited with each of the three split files is identical and is complete in each file.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 5% w/v PEG 6000, 2% v/v Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 846572 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 9.653
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique all: 56467 / Χ2: 0.934 / % possible all: 62.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.473 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.513 / Cor.coef. Io to Ic: 0.501 /
最高解像度最低解像度
Rotation5.5 Å35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FG8

2fg8


解像度: 2.85→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.764 / Isotropic thermal model: Restrained isotropic / 交差検証法: refinement / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 42235 4.8 %Random
Rwork0.249 ---
obs-844042 95.4 %-
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso max: 128.65 Å2 / Biso mean: 54.76 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.036 Å2-11.87 Å2-7.302 Å2
2---4.121 Å21.519 Å2
3---8.157 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数61936 0 16 1282 63234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.7862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.4642.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.9392.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9843
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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