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- PDB-4v68: T. thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, tRNAs and EF-T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v68
タイトルT. thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, tRNAs and EF-Tu.GDP.kirromycin ternary complex, fitted to a 6.4 A Cryo-EM map.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • AT-SITE TRNA
  • E-SITE TRNA
  • Elongation factor Tu-A
  • MRNA CODON
  • P-SITE TRNA
  • SYNTHETIC MRNA
キーワードRIBOSOME / cryo-electron microscopy/elongation factor/GTPase/ribosome/translation / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / Metal-binding / Zinc-finger / tRNA-binding / Elongation factor / GTP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / N-METHYL KIRROMYCIN / PHENYLALANINAL / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 ...BETA-MERCAPTOETHANOL / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / N-METHYL KIRROMYCIN / PHENYLALANINAL / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Elongation factor Tu-B / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Elongation factor Tu-A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Schuette, J.-C. / Spahn, C.M.T.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2009
タイトル: GTPase activation of elongation factor EF-Tu by the ribosome during decoding.
著者: Jan-Christian Schuette / Frank V Murphy / Ann C Kelley / John R Weir / Jan Giesebrecht / Sean R Connell / Justus Loerke / Thorsten Mielke / Wei Zhang / Pawel A Penczek / V Ramakrishnan / Christian M T Spahn /
要旨: We have used single-particle reconstruction in cryo-electron microscopy to determine a structure of the Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elongation factor Tu (EF-Tu), ...We have used single-particle reconstruction in cryo-electron microscopy to determine a structure of the Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elongation factor Tu (EF-Tu), tRNA and guanine nucleotide has been trapped on the ribosome using the antibiotic kirromycin. This represents the state in the decoding process just after codon recognition by tRNA and the resulting GTP hydrolysis by EF-Tu, but before the release of EF-Tu from the ribosome. Progress in sample purification and image processing made it possible to reach a resolution of 6.4 A. Secondary structure elements in tRNA, EF-Tu and the ribosome, and even GDP and kirromycin, could all be visualized directly. The structure reveals a complex conformational rearrangement of the tRNA in the A/T state and the interactions with the functionally important switch regions of EF-Tu crucial to GTP hydrolysis. Thus, the structure provides insights into the molecular mechanism of signalling codon recognition from the decoding centre of the 30S subunit to the GTPase centre of EF-Tu.
履歴
登録2008年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3FIC, 3FIN
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年3月25日Group: Other
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_sites / em_image_scans ...atom_sites / em_image_scans / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5030
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 16S rRNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AH: 30S ribosomal protein S8
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AT: 30S ribosomal protein S20
AC: 30S ribosomal protein S3
AG: 30S ribosomal protein S7
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AS: 30S ribosomal protein S19
AU: 30S ribosomal protein Thx
AV: P-SITE TRNA
AX: SYNTHETIC MRNA
AW: E-SITE TRNA
AY: AT-SITE TRNA
A0: MRNA CODON
AZ: Elongation factor Tu-A
B0: 50S ribosomal protein L27
B1: 50S ribosomal protein L28
B2: 50S ribosomal protein L29
B3: 50S ribosomal protein L30
B4: 50S ribosomal protein L31
B5: 50S ribosomal protein L32
B6: 50S ribosomal protein L33
B7: 50S ribosomal protein L34
B8: 50S ribosomal protein L35
B9: 50S ribosomal protein L36
BA: 23S rRNA
BB: 5S rRNA
BC: 50S ribosomal protein L1
BD: 50S ribosomal protein L2
BE: 50S ribosomal protein L3
BF: 50S ribosomal protein L4
BG: 50S ribosomal protein L5
BH: 50S ribosomal protein L6
BI: 50S ribosomal protein L9
BL: 50S ribosomal protein L11
BN: 50S ribosomal protein L13
BO: 50S ribosomal protein L14
BP: 50S ribosomal protein L15
BQ: 50S ribosomal protein L16
BR: 50S ribosomal protein L17
BS: 50S ribosomal protein L18
BT: 50S ribosomal protein L19
BU: 50S ribosomal protein L20
BV: 50S ribosomal protein L21
BW: 50S ribosomal protein L22
BX: 50S ribosomal protein L23
BY: 50S ribosomal protein L24
BZ: 50S ribosomal protein L25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,263,66364
ポリマ－2,262,18160
非ポリマー1,4814
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
RNA鎖 , 8種, 8分子 AAAVAXAWAYA0BABB

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 488391.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#22: RNA鎖 P-SITE TRNA


分子量: 24816.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#23: RNA鎖 SYNTHETIC MRNA


分子量: 1923.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#24: RNA鎖 E-SITE TRNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#25: RNA鎖 AT-SITE TRNA


分子量: 23583.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#26: RNA鎖 MRNA CODON


分子量: 873.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 参照: UniProt: Q5SHN6
#38: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 927659.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#39: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38553.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABADAEAFAHAKALAOAPAQARATACAGAIAJAMANASAU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 27116.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16460.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12606.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13875.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN3
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9995.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJH3
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 11880.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8155.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10921.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80380
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22975.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80372
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14298.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P62669
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11398.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN7
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14207.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9006.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP2
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 3089.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AZ

#27: タンパク質 Elongation factor Tu-A


分子量: 44709.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60339

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 B0B1B2B3B4B5B6B7B8B9BCBDBEBFBGBHBIBLBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZ

#28: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60493
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9985.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60494
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 6112.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP6
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#32: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L31


分子量: 5679.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJE1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6590.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80339
#34: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5602.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P35871
#35: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80340
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7374.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80341
#37: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4247.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I28
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 20661.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP7
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29985.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60405
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22321.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN8
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 23071.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN9
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20930.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 17476.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16192.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14626.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P36238
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15828.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60488
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP8
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15858.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15364.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60489
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13618.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 10998.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 16289.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60490
#55: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13648.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60491
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60492
#57: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP3
#58: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10386.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP0
#59: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11181.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP9
#60: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 20008.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHZ1

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非ポリマー , 4種, 4分子

#61: 化合物 ChemComp-PHA / PHENYLALANINAL / L-フェニルアラニナ-ル


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO
#62: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#63: 化合物 ChemComp-MAU / N-METHYL KIRROMYCIN / AURODOX / 1-METHYLMOCIMYCIN / ANTIBIOTIC X-5108 / GOLDINODOX / GOLDINOMYCIN


分子量: 810.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H62N2O12 / コメント: 抗生剤*YM
#64: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Thermus thermophilus ribosome complexed with mRNA, tRNAs and EF-Tu
タイプ: RIBOSOME / 詳細: 70S tRNA EF-Tu GDP kirromycin ribosomal complexes
試料濃度: 30 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil grids.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: METHANE
詳細: A Vitrobot was used to shock-freeze the sample in liquid methane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
試料ホルダ温度: 77 K
撮影電子線照射量: 23 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

CTF補正詳細: CTF correction of each defocus group volume prior to back projection.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 6.4 Å / 粒子像の数: 323688 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.26 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.262 Å / 詳細: The SPIDER software package was used. / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
Target criteria: best visual fit using the programs O, CHIMERA or PYMOL.
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body docking carried out with SPIDER or SITUS software.
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22089 37335 101 0 59525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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