[日本語] English
万見
- PDB-4v5o: CRYSTAL STRUCTURE OF THE EUKARYOTIC 40S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMP... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v5o
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE EUKARYOTIC 40S RIBOSOMAL SUBUNIT IN COMPLEX WITH INITIATION FACTOR 1.
要素
  • (40S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 4
  • (RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 9
  • 18S RRNA
  • EIF1
  • KH DOMAIN CONTAINING PROTEIN
  • PLECTIN/S10 DOMAIN CONTAINING PROTEIN
  • RACK1
  • RPS0E
  • RPS13E
  • RPS14E
  • RPS15E
  • RPS16E, 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS16E
  • RPS17E
  • RPS18E
  • RPS19E
  • RPS21E
  • RPS24E
  • RPS25E
  • RPS27E
  • RPS29E
  • RPS30E
  • RPS31E
  • RPS6E
  • RPS7E
キーワードRIBOSOME / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal ...: / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS4 / 40S ribosomal protein S8 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS4 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S20 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S9 component of cytosolic 80S ribosome and 40S small subunit / 40S ribosomal protein S28e, putative / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S2, putative / Uncharacterized protein / Receptor of activated kinase C 1A, component of 40S small ribosomal subunit / 40S ribosomal protein S10, putative
類似検索 - 構成要素
生物種TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Rabl, J. / Leibundgut, M. / Ataide, S.F. / Haag, A. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Eukaryotic 40S Ribosomal Subunit in Complex with Initiation Factor 1.
著者: Rabl, J. / Leibundgut, M. / Ataide, S.F. / Haag, A. / Ban, N.
履歴
登録2010年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2XZM, 2XZN
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "2C" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "2C" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: RIBOSOMAL PROTEIN S28E CONTAINING PROTEIN
A2: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8
A3: RPS7E
A4: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A
A5: RIBOSOMAL PROTEIN S26E CONTAINING PROTEIN
A6: RPS27E
A7: PLECTIN/S10 DOMAIN CONTAINING PROTEIN
A8: RPS25E
A9: RPS31E
AA: 18S RRNA
AB: RPS0E
AC: KH DOMAIN CONTAINING PROTEIN
AD: RIBOSOMAL PROTEIN S4 CONTAINING PROTEIN
AE: RIBOSOMAL PROTEIN S5 CONTAINING PROTEIN
AF: EIF1
AG: RIBOSOMAL PROTEIN S7 CONTAINING PROTEIN
AH: RIBOSOMAL PROTEIN S8 CONTAINING PROTEIN
AI: RPS16E, 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS16E
AJ: RIBOSOMAL PROTEIN S10 CONTAINING PROTEIN
AK: RPS14E
AL: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AM: RPS18E
AN: RPS29E
AO: RPS13E
AP: RPS24E
AQ: RIBOSOMAL PROTEIN S17 CONTAINING PROTEIN
AR: RACK1
AS: RPS15E
AT: RPS19E
AU: RIBOSOMAL PROTEIN L7AE CONTAINING PROTEIN
AV: RPS17E
AW: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AX: RPS30E
AY: RPS6E
AZ: RPS21E
B1: RIBOSOMAL PROTEIN S28E CONTAINING PROTEIN
B2: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8
B3: RPS7E
B4: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A
B5: RIBOSOMAL PROTEIN S26E CONTAINING PROTEIN
B6: RPS27E
B7: PLECTIN/S10 DOMAIN CONTAINING PROTEIN
B8: RPS25E
B9: RPS31E
BA: 18S RRNA
BB: RPS0E
BC: KH DOMAIN CONTAINING PROTEIN
BD: RIBOSOMAL PROTEIN S4 CONTAINING PROTEIN
BE: RIBOSOMAL PROTEIN S5 CONTAINING PROTEIN
BF: EIF1
BG: RIBOSOMAL PROTEIN S7 CONTAINING PROTEIN
BH: RIBOSOMAL PROTEIN S8 CONTAINING PROTEIN
BI: RPS16E, 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS16E
BJ: RIBOSOMAL PROTEIN S10 CONTAINING PROTEIN
BK: RPS14E
BL: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12
BM: RPS18E
BN: RPS29E
BO: RPS13E
BP: RPS24E
BQ: RIBOSOMAL PROTEIN S17 CONTAINING PROTEIN
BR: RACK1
BS: RPS15E
BT: RPS19E
BU: RIBOSOMAL PROTEIN L7AE CONTAINING PROTEIN
BV: RPS17E
BW: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4
BX: RPS30E
BY: RPS6E
BZ: RPS21E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,424,399262
ポリマ－2,419,40370
非ポリマー4,995192
水19,8891104
1
A1: RIBOSOMAL PROTEIN S28E CONTAINING PROTEIN
A2: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8
A3: RPS7E
A4: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A
A5: RIBOSOMAL PROTEIN S26E CONTAINING PROTEIN
A6: RPS27E
A7: PLECTIN/S10 DOMAIN CONTAINING PROTEIN
A8: RPS25E
A9: RPS31E
AA: 18S RRNA
AB: RPS0E
AC: KH DOMAIN CONTAINING PROTEIN
AD: RIBOSOMAL PROTEIN S4 CONTAINING PROTEIN
AE: RIBOSOMAL PROTEIN S5 CONTAINING PROTEIN
AF: EIF1
AG: RIBOSOMAL PROTEIN S7 CONTAINING PROTEIN
AH: RIBOSOMAL PROTEIN S8 CONTAINING PROTEIN
AI: RPS16E, 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS16E
AJ: RIBOSOMAL PROTEIN S10 CONTAINING PROTEIN
AK: RPS14E
AL: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AM: RPS18E
AN: RPS29E
AO: RPS13E
AP: RPS24E
AQ: RIBOSOMAL PROTEIN S17 CONTAINING PROTEIN
AR: RACK1
AS: RPS15E
AT: RPS19E
AU: RIBOSOMAL PROTEIN L7AE CONTAINING PROTEIN
AV: RPS17E
AW: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AX: RPS30E
AY: RPS6E
AZ: RPS21E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,212,199131
ポリマ－1,209,70235
非ポリマー2,49896
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B1: RIBOSOMAL PROTEIN S28E CONTAINING PROTEIN
B2: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8
B3: RPS7E
B4: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A
B5: RIBOSOMAL PROTEIN S26E CONTAINING PROTEIN
B6: RPS27E
B7: PLECTIN/S10 DOMAIN CONTAINING PROTEIN
B8: RPS25E
B9: RPS31E
BA: 18S RRNA
BB: RPS0E
BC: KH DOMAIN CONTAINING PROTEIN
BD: RIBOSOMAL PROTEIN S4 CONTAINING PROTEIN
BE: RIBOSOMAL PROTEIN S5 CONTAINING PROTEIN
BF: EIF1
BG: RIBOSOMAL PROTEIN S7 CONTAINING PROTEIN
BH: RIBOSOMAL PROTEIN S8 CONTAINING PROTEIN
BI: RPS16E, 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS16E
BJ: RIBOSOMAL PROTEIN S10 CONTAINING PROTEIN
BK: RPS14E
BL: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12
BM: RPS18E
BN: RPS29E
BO: RPS13E
BP: RPS24E
BQ: RIBOSOMAL PROTEIN S17 CONTAINING PROTEIN
BR: RACK1
BS: RPS15E
BT: RPS19E
BU: RIBOSOMAL PROTEIN L7AE CONTAINING PROTEIN
BV: RPS17E
BW: 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4
BX: RPS30E
BY: RPS6E
BZ: RPS21E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,212,199131
ポリマ－1,209,70235
非ポリマー2,49896
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)320.520, 362.210, 412.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
RIBOSOMAL PROTEIN ... , 9種, 18分子 A1B1A5B5ADBDAEBEAGBGAHBHAJBJAQBQAUBU

#1: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S28E CONTAINING PROTEIN / RPS28E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS28E


分子量: 7628.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q234G5
#5: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S26E CONTAINING PROTEIN / RPS26E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS26E


分子量: 13844.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q23PT4, UniProt: E6PBU4*PLUS
#13: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S4 CONTAINING PROTEIN / RPS9E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS9E


分子量: 21190.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q230V2
#14: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S5 CONTAINING PROTEIN / RPS2E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS2E


分子量: 33743.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q23KG1
#16: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S7 CONTAINING PROTEIN / RPS5E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS5E


分子量: 22513.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22WU7
#17: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S8 CONTAINING PROTEIN / RPS22E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS22E


分子量: 14931.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q238Q8
#19: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S10 CONTAINING PROTEIN / RPS20E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS20E


分子量: 13696.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22DC6
#26: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S17 CONTAINING PROTEIN / RPS11E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS11E


分子量: 18142.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22B78
#30: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L7AE CONTAINING PROTEIN / RPS12E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS12E


分子量: 13832.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22W26

-
40S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 4種, 8分子 A2B2A4B4ALBLAWBW

#2: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S8 / RPS8E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS8E


分子量: 24250.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22AV0
#4: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S3A / RPS1E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS1E


分子量: 29709.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q23DE3
#21: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S12 / RPS23E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS23E


分子量: 15777.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P06147
#32: タンパク質 40S RIBOSOMAL PROTEIN S4 / RPS4E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN S7 / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS4E


分子量: 29643.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: P0C233

+
タンパク質 , 21種, 42分子 A3B3A6B6A7B7A8B8A9B9ABBBACBCAFBFAIBIAKBKAMBMANBNAOBOAPBPARBR...

#3: タンパク質 RPS7E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS7E


分子量: 23231.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#6: タンパク質 RPS27E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS27E


分子量: 9245.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22CK0
#7: タンパク質 PLECTIN/S10 DOMAIN CONTAINING PROTEIN / RPS10E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS10E


分子量: 18614.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q24F70
#8: タンパク質 RPS25E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS25E


分子量: 15297.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#9: タンパク質 RPS31E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS31E


分子量: 20377.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#11: タンパク質 RPS0E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS0E


分子量: 27533.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#12: タンパク質 KH DOMAIN CONTAINING PROTEIN / RPS3E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS3E


分子量: 27577.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22AV9
#15: タンパク質 EIF1


分子量: 11956.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#18: タンパク質 RPS16E, 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS16E


分子量: 16417.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#20: タンパク質 RPS14E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS14E


分子量: 16401.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#22: タンパク質 RPS18E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS18E


分子量: 17801.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#23: タンパク質 RPS29E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS29E


分子量: 6663.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22MB0
#24: タンパク質 RPS13E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS13E


分子量: 17623.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#25: タンパク質 RPS24E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS24E


分子量: 17128.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q22MB0
#27: タンパク質 RACK1


分子量: 38523.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: Q24D42
#28: タンパク質 RPS15E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS15E


分子量: 15905.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#29: タンパク質 RPS19E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS19E


分子量: 17774.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#31: タンパク質 RPS17E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS17E


分子量: 14963.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#33: タンパク質 RPS30E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS30E


分子量: 9249.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)
#34: タンパク質 RPS6E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS6E


分子量: 32614.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: UniProt: A4VD76
#35: タンパク質 RPS21E / 40S RIBOSOMAL PROTEIN RPS21E


分子量: 10704.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物)

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 AABA

#10: RNA鎖 18S RRNA


分子量: 565193.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TETRAHYMENA THERMOPHILA (真核生物) / 参照: GenBank: X56165

-
非ポリマー , 3種, 1296分子

#36: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#38: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細HEXACOORDINATED MAGNESIUM ION (MO6): HEXACOORDINATED MAGNESIUM ION REFINED IN HEXACOORDINATED FORM. ...HEXACOORDINATED MAGNESIUM ION (MO6): HEXACOORDINATED MAGNESIUM ION REFINED IN HEXACOORDINATED FORM. WATER WAS DEPOSITED SEPARATELY. ZINC ION (ZN): COORDINATED BY ZINC FINGER PROTEIN.
配列の詳細RESIDUES 697-704 OF THE 18S RRNA WERE NOT BUILT. RESIDUES 145-169 WERE BUILT AS POLY-SERINE AND ...RESIDUES 697-704 OF THE 18S RRNA WERE NOT BUILT. RESIDUES 145-169 WERE BUILT AS POLY-SERINE AND DEPOSITED AS UNK RESIDUES.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 50MM MES-KOH PH6.5, 80MM MGCL2, 200MM KCL, 0.495MM PUTRESCEINE, 4.4-5.4% (W/V) PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.93→100 Å / Num. obs: 364651 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.93→4.17 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARPモデル構築
PHASERモデル構築
直接法モデル構築
CNSモデル構築
PHENIXモデル構築
CNS1.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
PHASER位相決定
直接法位相決定
CNS位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 2J02

2j02
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.93→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 25089988.51 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: REGION 697-704 OF THE 18S RRNA (CHAINS AA AND BA) WAS OMITTED FROM THE MODEL DUE TO DISORDER. (RESIDUES 145-169 OF RPS31E (CHAINS A9 AND B9) WERE BUILT AND REFINED AS POLY-SER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 6635 2 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2065 332261 85.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 81.5375 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 148.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.55 Å20 Å24.908 Å2
2--14.527 Å20 Å2
3----37.076 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.64 Å0.58 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.98 Å0.98 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.93→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40937 37231 96 552 78816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007318
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33835
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.93→4.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 262 2 %
Rwork0.345 13109 -
obs--34.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る