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- PDB-4v45: E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE-TRAPPED 2-F-GALACTOSYL-ENZYME I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v45
タイトルE. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE-TRAPPED 2-F-GALACTOSYL-ENZYME INTERMEDIATE
要素Beta-Galactosidase
キーワードHYDROLASE / TIM BARREL (ALPHA/BETA BARREL) / JELLY-ROLL BARREL / IMMUNOGLOBULIN / BETA SUPERSANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Juers, D.H. / McCarter, J.D. / Withers, S.G. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: A Structural View of the Action of Escherichia Coli (Lacz) Beta-Galactosidase
著者: Juers, D.H. / Heightman, T.D. / Vasella, A. / McCarter, J.D. / Mackenzie, L. / Withers, S.G. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: High Resolution Structure of Beta-Galactosidase in a New Crystal Form Reveals Multiple Metal-Binding Sites and Provides a Structural Basis for Alpha-Complementation
著者: Juers, D.H. / Jacobson, R.H. / Wigley, D. / Zhang, X.J. / Huber, R.E. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Structural Comparisons of Tim Barrel Proteins Suggest Functional and Evolutionary Relationships between Beta-Galactosidase and Other Glycohydrolases
著者: Juers, D.H. / Huber, R.E. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Three-Dimensional Structure of Beta-Galactosidase from E. Coli
著者: Jacobson, R.H. / Zhang, X.J. / Dubose, R.F. / Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization of beta-galactosidase from Escherichia coli
著者: Jacobson, R.H. / Matthews, B.W.
履歴
登録2001年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1JZ0, 1JZ1
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-Galactosidase
B: Beta-Galactosidase
C: Beta-Galactosidase
D: Beta-Galactosidase
E: Beta-Galactosidase
F: Beta-Galactosidase
G: Beta-Galactosidase
H: Beta-Galactosidase
I: Beta-Galactosidase
J: Beta-Galactosidase
K: Beta-Galactosidase
L: Beta-Galactosidase
M: Beta-Galactosidase
N: Beta-Galactosidase
O: Beta-Galactosidase
P: Beta-Galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,871,62296
ポリマ－1,867,19416
非ポリマー4,42880
水40,3542240
1
A: Beta-Galactosidase
B: Beta-Galactosidase
C: Beta-Galactosidase
D: Beta-Galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,90624
ポリマ－466,7994
非ポリマー1,10720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Beta-Galactosidase
F: Beta-Galactosidase
G: Beta-Galactosidase
H: Beta-Galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,90624
ポリマ－466,7994
非ポリマー1,10720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Beta-Galactosidase
J: Beta-Galactosidase
K: Beta-Galactosidase
L: Beta-Galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,90624
ポリマ－466,7994
非ポリマー1,10720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: Beta-Galactosidase
N: Beta-Galactosidase
O: Beta-Galactosidase
P: Beta-Galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,90624
ポリマ－466,7994
非ポリマー1,10720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.500, 207.200, 510.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.00, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Beta-Galactosidase / E.C.3.2.1.23 / LACTASE / lacZ / beta-d-galactosidase /


分子量: 116699.641 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lacZ / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): A324 / 参照: UniProt: P00722, beta-galactosidase
#2: 糖
ChemComp-2FG / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose / 2-FLUORO-2-DEOXY-BETA-D-GALACTOPYRANOSE / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactose / 2-deoxy-2-fluoro-D-galactose / 2-deoxy-2-fluoro-galactose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11FO5
識別子タイププログラム
b-D-Galp2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: 16 FOLD CONSTRAINED NCS WAS USED
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: Cacodylate, PEG 8000, MgSO4, NaCl, BME, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 5.90

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→68.5 Å / Num. all: 523624 / Num. obs: 523624 / % possible obs: 70 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
WEISデータ削減
CCP4データスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F49

1f49
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→68.5 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT / 詳細: 16 FOLD CONSTRAINED NCS WAS USED
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.23 523624 --
obs0.23 523624 70 %-
Rfree---RANDOM
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET PRINCIPLE / Bsol: 200 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8 Å20 Å2-187.3 Å2
2--6.2 Å20 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→68.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数65752 0 120 1120 66992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0171355841.1
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.6181839042
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.6779520
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct00
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle0
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.01137122
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.015196646
X-RAY DIFFRACTIONt_it5.31355681
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.045238810

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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