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- PDB-4v3d: The CIDRa domain from HB3var03 PfEMP1 bound to endothelial protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v3d
タイトルThe CIDRa domain from HB3var03 PfEMP1 bound to endothelial protein C receptor
要素
  • ENDOTHELIAL PROTEIN C RECEPTOR
  • HB3VAR03 CIDRA DOMAIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / PFEMP1 / EPCR / MALARIA / CIDR DOMAIN / ENDOTHELIAL PROTEIN C RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space ...negative regulation of coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / blood coagulation / signaling receptor activity / focal adhesion / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Endothelial protein C receptor / MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Endothelial protein C receptor
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lau, C.K.Y. / Turner, L. / Jespersen, J.S. / Lowe, E.D. / Petersen, B. / Wang, C.W. / Petersen, J.E.V. / Lusingu, J. / Theander, T.G. / Lavstsen, T. / Higgins, M.K.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe. / 年: 2015
タイトル: Structural Conservation Despite Huge Sequence Diversity Allows Epcr Binding by the Pfemp1 Family Implicated in Severe Childhood Malaria.
著者: Lau, C.K.Y. / Turner, L. / Jespersen, J.S. / Lowe, E.D. / Petersen, B. / Wang, C.W. / Petersen, J.E.V. / Lusingu, J. / Theander, T.G. / Lavstsen, T. / Higgins, M.K.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HB3VAR03 CIDRA DOMAIN
B: ENDOTHELIAL PROTEIN C RECEPTOR
C: HB3VAR03 CIDRA DOMAIN
D: ENDOTHELIAL PROTEIN C RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,88914
ポリマ－98,3114
非ポリマー4,57810
水00
1
C: HB3VAR03 CIDRA DOMAIN
D: ENDOTHELIAL PROTEIN C RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5467
ポリマ－49,1552
非ポリマー2,3915
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-3.1 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
2
A: HB3VAR03 CIDRA DOMAIN
B: ENDOTHELIAL PROTEIN C RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3437
ポリマ－49,1552
非ポリマー2,1875
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-3.6 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.130, 94.670, 290.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HB3VAR03 CIDRA DOMAIN


分子量: 29457.137 Da / 分子数: 2 / 断片: CIDRA / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: HB3 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
#2: タンパク質 ENDOTHELIAL PROTEIN C RECEPTOR


分子量: 19698.246 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, UNP RESIDUES 468-718 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEXPRES2-1 / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9UNN8

-
糖 , 3種, 8分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.85 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.2 M NANO3, 0.1 M BTP PH 8.5, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98
検出器タイプ: PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→53.29 Å / Num. obs: 25427 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 68.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L8J

1l8j


解像度: 2.65→53.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9141 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 3.175 / SU Rfree Blow DPI: 0.337
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2552 1287 5.06 %RANDOM
Rwork0.2224 ---
obs0.2241 25427 94.01 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.3732 Å20 Å20 Å2
2---3.8568 Å20 Å2
3---11.2299 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→53.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6093 0 304 0 6397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0096563HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.258874HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2417SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes196HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes899HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6563HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion871SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7059SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.76 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3069 123 4.29 %
Rwork0.2636 2747 -
all0.2655 2870 -
obs--94.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8562-0.72480.32843.714-0.01142.1042-0.0046-0.06980.06130.09150.10620.3595-0.0946-0.3553-0.1017-0.15830.0319-0.0066-0.1158-0.023-0.0034-14.2345-19.313-62.4539
22.49930.320.58931.51260.0434.70140.0352-0.37690.0410.2776-0.0136-0.22470.14440.1327-0.0216-0.04020.0379-0.0617-0.1068-0.0024-0.11362.931-41.6151-49.6384
33.3233-0.80390.56362.31350.49873.8036-0.2702-0.07290.4233-0.20730.10910.38-0.5442-0.21070.1611-0.1630.0019-0.152-0.16150.0426-0.1102-35.6892-35.1317-13.0446
42.65150.2108-1.39082.73340.47595.5289-0.2570.0309-0.1737-0.44530.2682-0.03130.5317-0.0208-0.0112-0.0469-0.152-0.0078-0.03290.0792-0.2624-15.3044-54.3663-22.3874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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