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- PDB-4v35: The Structure of A-PGS from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v35
タイトルThe Structure of A-PGS from Pseudomonas aeruginosa
要素ALANYL-TRNA-DEPENDENT L-ALANYL- PHOPHATIDYLGLYCEROL SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / TRNA-DEPENDENT AMINOACYLATION / BACTERIAL RESISTANCE PROTEINS / A-PGS / LIPID HOMEOSTASIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylglycerol alanyltransferase activity / lysyltransferase / phosphatidylglycerol lysyltransferase activity / phospholipid homeostasis / lipid metabolic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lysylphosphatidylglycerol synthetase/glycosyltransferase AglD / Lysylphosphatidylglycerol synthase TM region / : / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Phosphatidylglycerol lysyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Krausze, J. / Hebecker, S. / Hasenkampf, T. / Heinz, D.W. / Moser, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structures of Two Bacterial Resistance Factors Mediating tRNA-Dependent Aminoacylation of Phosphatidylglycerol with Lysine or Alanine.
著者: Hebecker, S. / Krausze, J. / Hasenkampf, T. / Schneider, J. / Groenewold, M. / Reichelt, J. / Jahn, D. / Heinz, D.W. / Moser, J.
履歴
登録2014年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALANYL-TRNA-DEPENDENT L-ALANYL- PHOPHATIDYLGLYCEROL SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,41717
ポリマ－38,4011
非ポリマー1,01616
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.180, 94.180, 166.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2082-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ALANYL-TRNA-DEPENDENT L-ALANYL- PHOPHATIDYLGLYCEROL SYNTHASE


分子量: 38401.238 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE DOMAIN, UNP RESIDUES 543-881 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PET52B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I537, EC: 2.3.2.11

-
非ポリマー , 7種, 127分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.4
詳細: 0.085 M NAAC PH 6.4, 1.6 M (NH4)2SO4, 20% (V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91842
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月23日 / 詳細: SAGITALLY BENT SI111 CRYSTAL
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 33909 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 37.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 12.34
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 1.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→19.695 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 1694 5 %
Rwork0.1746 --
obs0.1758 33874 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 60 111 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1093599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.507985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36760.32871380.2682620X-RAY DIFFRACTION99
2.3676-2.44390.28541370.25182605X-RAY DIFFRACTION99
2.4439-2.5310.28521400.23862647X-RAY DIFFRACTION99
2.531-2.63210.25841380.2242638X-RAY DIFFRACTION100
2.6321-2.75160.24061380.22222624X-RAY DIFFRACTION99
2.7516-2.89630.26851400.20952669X-RAY DIFFRACTION100
2.8963-3.07710.22261400.20052655X-RAY DIFFRACTION100
3.0771-3.31370.22211420.19372693X-RAY DIFFRACTION100
3.3137-3.64520.19641410.15862692X-RAY DIFFRACTION100
3.6452-4.16840.1671440.14112720X-RAY DIFFRACTION100
4.1684-5.23530.14211450.12452761X-RAY DIFFRACTION100
5.2353-19.69550.15431510.15842856X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.730.2321-0.57773.2192-0.47922.7246-0.044-0.2615-0.4162-0.05-0.0060.13330.4545-0.0280.04360.3256-0.0391-0.01670.32610.01670.213218.2122136.3181.441
24.1875-0.80281.3234.13430.64892.84960.06610.27840.058-0.4015-0.03260.27550.016-0.5083-0.04680.2374-0.0143-0.03920.59850.00780.3268200.1263153.5407171.6762
33.81-1.0336-0.70461.18530.08061.4455-0.04020.13690.3639-0.1736-0.01670.0351-0.0096-0.12710.06480.2724-0.0259-0.05220.3623-0.00040.2456217.7242154.2904172.2883
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 546 THROUGH 662 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 663 THROUGH 766 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 767 THROUGH 872 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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