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万見
- PDB-4v2i: Biochemical characterization and structural analysis of a new col... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v2i
タイトルBiochemical characterization and structural analysis of a new cold- active and salt tolerant esterase from the marine bacterium Thalassospira sp
要素ESTERASE/LIPASE
キーワードHYDROLASE / THALIP2349
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylesterase / carboxylesterase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種THALASSOSPIRA SP. GB04J01 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.686 Å
データ登録者Santi, C.D. / Leiros, H.-K.S. / Scala, A.D. / Pascale, D.D. / Altermark, B. / Willassen, N.-P.
引用ジャーナル: Extremophiles / 年: 2016
タイトル: Biochemical Characterization and Structural Analysis of a New Cold-Active and Salt-Tolerant Esterase from the Marine Bacterium Thalassospira Sp.
著者: De Santi, C. / Leiros, H.S. / Di Scala, A. / De Pascale, D. / Altermark, B. / Willassen, N.
履歴
登録2014年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTERASE/LIPASE
B: ESTERASE/LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9875
ポリマ－69,9142
非ポリマー733
水16,682926
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-10.5 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.326, 85.429, 91.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ESTERASE/LIPASE / ESTERASE


分子量: 34956.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THALASSOSPIRA SP. GB04J01 THE STRAIN THALASSOSPIRA SP. GB04J01 WAS ISOLATED FROM A SEA FAN (PARAMURICEA PLACOMUS) DURING A RESEARCH-CRUISE WITH R/V HELMER HANSSEN TO THE VESTFJORDEN AREA ...詳細: THALASSOSPIRA SP. GB04J01 THE STRAIN THALASSOSPIRA SP. GB04J01 WAS ISOLATED FROM A SEA FAN (PARAMURICEA PLACOMUS) DURING A RESEARCH-CRUISE WITH R/V HELMER HANSSEN TO THE VESTFJORDEN AREA (NORTHERN NORWAY AND IT IS PRESERVED AND AVAILABLE FROM AN IN-HOUSE COLLECTION AT THE UNIVERSITY OF TROMSO, NORWAY (DATABASE INDEX GB04J01).
由来: (組換発現) THALASSOSPIRA SP. GB04J01 (バクテリア)
プラスミド: PET-26B-THAEST2349 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023T3X2, carboxylesterase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 926 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE GENE CONTAINS A N-TERMINAL LEADER SEQUENCE (27 AMINO ACIDS LONG) THAT WAS NOT INCLUDED IN THE ...THE GENE CONTAINS A N-TERMINAL LEADER SEQUENCE (27 AMINO ACIDS LONG) THAT WAS NOT INCLUDED IN THE CLONING CONSTRUCT. GB KJ365310

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: THE PROTEIN WAS AT 10 MG/ML IN 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 500 MM NACL AND 10% GLYCEROL. RESERVOIR: 25% PEG 3350, 0.2 M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91705
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91705 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→25 Å / Num. obs: 61330 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 12.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.69→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 63.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZ3

1qz3


解像度: 1.686→24.866 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1821 3064 5 %
Rwork0.1431 --
obs0.1451 61289 93.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.686→24.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4778 0 3 926 5707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1776808
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8751772
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045781
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6858-1.712200.17374X-RAY DIFFRACTION0
1.7122-1.74020.25491020.22331925X-RAY DIFFRACTION95
1.7402-1.77020.22871470.19872794X-RAY DIFFRACTION100
1.7702-1.80240.25321470.19972797X-RAY DIFFRACTION100
1.8024-1.83710.22921480.19692818X-RAY DIFFRACTION100
1.8371-1.87450.2461460.20412779X-RAY DIFFRACTION100
1.8745-1.91530.26051450.2182754X-RAY DIFFRACTION99
1.9153-1.95980.25981460.21072758X-RAY DIFFRACTION98
1.9598-2.00880.18331470.15032790X-RAY DIFFRACTION100
2.0088-2.06310.17131480.14712811X-RAY DIFFRACTION100
2.0631-2.12380.19981460.14632779X-RAY DIFFRACTION99
2.1238-2.19230.17691480.13632815X-RAY DIFFRACTION100
2.1923-2.27060.21591420.16142720X-RAY DIFFRACTION96
2.2706-2.36140.16811490.13112813X-RAY DIFFRACTION100
2.3614-2.46880.16791480.12672818X-RAY DIFFRACTION100
2.4688-2.59890.16511480.1292819X-RAY DIFFRACTION100
2.5989-2.76150.16441490.12942829X-RAY DIFFRACTION100
2.7615-2.97440.18421500.13032847X-RAY DIFFRACTION100
2.9744-3.27310.18621500.13062858X-RAY DIFFRACTION100
3.2731-3.74540.16721510.11812853X-RAY DIFFRACTION99
3.7454-4.71350.13131520.10952893X-RAY DIFFRACTION99
4.7135-24.86870.1531550.13182951X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.3966 Å / Origin y: -39.6192 Å / Origin z: 11.973 Å
111213212223313233
T0.0854 Å20.0179 Å20.0105 Å2-0.1022 Å20.0125 Å2--0.0888 Å2
L0.3744 °20.2685 °2-0.0173 °2-0.5947 °2-0.0229 °2--0.295 °2
S0.0207 Å °-0.0125 Å °-0.0018 Å °0.0029 Å °-0.0424 Å °-0.0324 Å °0.0035 Å °0.0338 Å °0.0209 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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