PDB-4v1s: Structure of the GH76 alpha-mannanase BT2949 from Bacteroides the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v1s

タイトル

Structure of the GH76 alpha-mannanase BT2949 from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

ALPHA-1,6-MANNANASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / GH76 / CAZY / POLYSACCHARIDE UTILISATION / ENZYME-CARBOHYDRATE INTERACTION

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Thompson, A.J. / Cuskin, F. / Spears, R.J. / Dabin, J. / Turkenburg, J.P. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of the Gh76 Alpha-Mannanase Homolog, Bt2949, from the Gut Symbiont Bacteroides Thetaiotaomicron
著者: Thompson, A.J. / Cuskin, F. / Spears, R.J. / Dabin, J. / Turkenburg, J.P. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2014年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v1s.cif.gz	347.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v1s.ent.gz	285.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4v1s_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4v1s_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
XML形式データ	4v1s_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	4v1s_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/4v1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4v1rC 4v27 4v28 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e94-1 4v1r-1 4v1r-2 4qp0-d 4mu9-2 2x1c-1 3qxf-2 2hvn-d 4mu9-1 3p84-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ALPHA-1,6-MANNANASE

B: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

91 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.677, 121.030, 125.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.001049, 0.000192), (0.00105, 1, 0.007581), (-0.000184, 0.007581, -1)
ベクター: -40.79, 0.05268, -8.279)

#1: タンパク質	ALPHA-1,6-MANNANASE 分子量: 45253.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア) 株: VPI-5482 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8A3K5, mannan endo-1,6-alpha-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.21 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 100 MM TRIS, PH 7.0, 1.25 M AMMONIUM PHOSPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46 Å / Num. obs: 179372 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 51.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PREVIOUSLY SOLVED SELENOMETHIONINE DERIVATIVE

解像度: 1.5→87.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 2.513 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1804	9002	5 %	RANDOM
R_work	0.14879	-	-	-
obs	0.15039	170173	90.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→87.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5732	0	30	1116	6878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	6053
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.35	1.927	8256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.988	3	12502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.336	5	758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.954	24.552	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.047	15	965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.871	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.266	0.2	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	5395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.289	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.195	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.022	1.702	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.019	1.7	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.534	2.559	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.129	1.878	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.3779	2.736	4584
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.769		11488
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	53.911	5	364
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.199		12087

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	391	-
R_work	0.254	7298	-
obs	-	-	52.62 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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