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- PDB-4v1l: High resolution structure of a novel carbohydrate binding module ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v1l
タイトルHigh resolution structure of a novel carbohydrate binding module from glycoside hydrolase family 9 (Cel9A) from Ruminococcus flavefaciens FD-1
要素CARBOHYDRATE BINDING MODULE
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CEL9A / CELLULOSOME
機能・相同性Domain of unknown function DUF5620 / Domain of unknown function (DUF5620) / TRIETHYLENE GLYCOL / Carbohydrate binding module
機能・相同性情報
生物種RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Venditto, I. / Goyal, A. / Thompson, A. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Complexity of the Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome Reflects an Expansion in Glycan Recognition.
著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / ...著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Knox, J.P. / Basle, A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J. / Willats, W.G.T. / Fontes, C.M.G.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of a novel noncatalytic carbohydrate-binding module from the Ruminococcus flavefaciens cellulosome.
著者: Venditto, I. / Goyal, A. / Thompson, A. / Ferreira, L.M. / Fontes, C.M. / Najmudin, S.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22016年7月13日Group: Database references
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
B: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
C: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,60812
ポリマ－45,9903
非ポリマー1,6189
水6,323351
1
A: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7964
ポリマ－15,3301
非ポリマー4673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1375
ポリマ－15,3301
非ポリマー8074
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CARBOHYDRATE BINDING MODULE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6743
ポリマ－15,3301
非ポリマー3442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.250, 102.525, 109.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2081-

HOH

21A-2082-

HOH

31B-2080-

HOH

41C-2057-

HOH

51C-2058-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 CARBOHYDRATE BINDING MODULE


分子量: 15329.945 Da / 分子数: 3 / 断片: CARBOHYDRATE BINDING MODULE, RESIDUES 492-629 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS (バクテリア)
株: FD-1 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: A0A140UH31*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 360分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4): JUST BASED ON ELECTRON DENSITY AND IS PROBABLY AN ARTEFACT FROM THE ...TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4): JUST BASED ON ELECTRON DENSITY AND IS PROBABLY AN ARTEFACT FROM THE EXPRESSION OR PURIFICATION PROCEDURES. HEXAETHYLENE GLYCOL (P6G): JUST BASED ON ELECTRON DENSITY AND IS PROBABLY AN ARTEFACT FROM THE EXPRESSION OR PURIFICATION PROCEDURES. TRIETHYLENE GLYCOL (PGE): JUST BASED ON ELECTRON DENSITY AND IS PROBABLY AN ARTEFACT FROM THE EXPRESSION OR PURIFICATION PROCEDURES. GLYCEROL (GOL): FROM THE CRYOPROTECTANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M MES PH 6.5, 30% GLYCEROL WAS ADDED IN ABOVE CONDITOIN FOR TEH CRYOPROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30.19 Å / Num. obs: 58166 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 1.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4V1K

4v1k


解像度: 1.75→74.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.848 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. LIGAND IDENTIFIER FROM PHENIX SUITE AND PDB_REDO WERE USED DURING REFINEMENT. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17975 2898 5 %RANDOM
Rwork0.15849 ---
obs0.15956 55267 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→74.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3042 0 104 351 3497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.023313
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.9484469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14137189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2865429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87426.099141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2615566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg36.663153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9391.2971609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9371.2941608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8591.9262015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2611.9011702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 224 -
Rwork0.313 4010 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50010.08420.27620.89310.37851.85380.07250.07640.0204-0.0791-0.0265-0.01050.0062-0.0411-0.04610.0120.0071-0.00150.0180.01410.143137.072-23.991-8.056
21.5427-0.008-0.49271.41120.11691.0092-0.06260.03010.0003-0.04670.0639-0.10070.07970.0811-0.00130.0390.0027-0.02340.0124-0.00680.09818.085-37.206-24.883
31.5412-1.0326-0.17762.48410.04241.51380.0680.11140.0404-0.3037-0.0855-0.1535-0.00310.050.01750.0997-0.02250.03630.03760.02210.156325.389-8.483-38.177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A494 - 624
2X-RAY DIFFRACTION2B494 - 624
3X-RAY DIFFRACTION3C494 - 624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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