PDB-4v0t: Monomeric pseudorabies virus protease pUL26N at 2.1 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v0t

タイトル

Monomeric pseudorabies virus protease pUL26N at 2.1 A resolution

要素

UL26

キーワード

HYDROLASE / ASSEMBLIN / SERINE PROTEASE / PROTEASE / SUID / PRV / HERPES / HERPES VIRUS

機能・相同性

機能・相同性情報

assemblin / nuclear capsid assembly / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SUID HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Zuehlsdorf, M. / Werten, S. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2015
タイトル: Dimerization-Induced Allosteric Changes of the Oxyanion-Hole Loop Activate the Pseudorabies Virus Assemblin pUL26N, a Herpesvirus Serine Protease.
著者: Martin Zühlsdorf / Sebastiaan Werten / Barbara G Klupp / Gottfried J Palm / Thomas C Mettenleiter / Winfried Hinrichs /

要旨: Herpesviruses encode a characteristic serine protease with a unique fold and an active site that comprises the unusual triad Ser-His-His. The protease is essential for viral replication and as such ...

履歴

登録	2014年9月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v0t.cif.gz	183.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v0t.ent.gz	149.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4v0t_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4v0t_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	4v0t_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	4v0t_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDA58C 4cx8C 4v07SC 4v08C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1s8c-4 2yx6-1 1s8c-3 5h6l-1 5amm-1 1t5p-1 1s8c-2 5h6l-2 3myx-1 1ni6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UL26

B: UL26

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UL26

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UL26

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.168, 98.611, 131.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.6105, -0.1704, -0.7735), (-0.1045, -0.9854, 0.1345), (-0.7851, -0.00126, -0.6193)
ベクター: 58.96, 210.6, 85.9)

#1: タンパク質	UL26 / PSEUDORABIES VIRUS PROTEASE 分子量: 26645.357 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL (HIS)6-TAG WITH THROMBIN-LINKER 由来: (組換発現) SUID HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83417, assemblin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	ASSEMBLIN-PART CRYSTALLIZED (RES. 1-224)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.1 M TRIS/HCL PH 8, 8% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→78.8 Å / Num. obs: 33525 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 43.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.33
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4V07

4v07

解像度: 2.05→78.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 9.117 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES 15,20,46,79,189 AND 198 OF CHAIN A AND RESIDUES 19,46,156,165,172,185,189,192,193,199,202, ,206 AND 218 OF ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22704	1649	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17889	-	-	-
obs	0.18122	31876	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.487 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→78.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3262	0	0	148	3410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.993	1.981	4639
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	7460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.493	5	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.647	21.268	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.746	15	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.178	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.777	1.852	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.777	1.852	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.767	2.76	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.154	2.017	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.048→2.102 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	97	-
R_work	0.26	2232	-
obs	-	-	95.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.7657	-6.3772	-3.8381	9.6072	3.8384	9.1893	0.0056	-0.0273	-0.0351	0.1024	0.3799	-0.6015	0.4785	0.5002	-0.3855	0.3916	-0.0118	-0.0176	0.1143	0.0368	0.1779	49.3322	107.9919	9.3402
2	3.451	-1.8091	0.7244	2.7753	-0.6258	2.2671	-0.3113	-0.5786	-0.3018	0.374	0.3058	0.0618	0.3582	0.1709	0.0054	0.3407	0.0784	0.0434	0.2192	0.0774	0.0599	48.0129	111.4789	16.014
3	4.723	-0.5881	0.1514	3.2096	0.701	4.7209	-0.2648	0.0242	-0.5933	0.1686	0.1752	0.2788	0.724	-0.0723	0.0896	0.3508	0.0054	0.0429	0.1165	0.0469	0.1051	45.2422	107.8866	7.3113
4	13.6139	9.3553	2.3493	16.9543	2.3119	6.9963	-0.3109	-0.9924	0.222	1.4698	0.4002	0.1308	-0.2717	0.0299	-0.0893	0.5705	0.2343	0.0553	0.4274	0.0597	0.0859	41.952	117.6354	24.8288
5	7.9368	-1.9799	-2.0056	2.0458	0.2723	6.552	-0.0935	-0.6937	0.7967	0.3864	0.2292	-0.2811	-0.4631	0.5838	-0.1357	0.2467	-0.0163	-0.0246	0.1385	-0.0392	0.1049	53.6935	123.7011	5.5412
6	3.2067	4.5237	-4.7689	6.9504	-5.8541	9.4251	0.0917	-0.0286	-0.3051	0.0952	-0.3489	-0.6378	-0.1929	0.1313	0.2572	0.3386	0.0333	0.0062	0.4738	0.201	0.2409	64.9059	102.3067	38.4667
7	0.6932	1.0941	-1.6253	4.8175	-3.9554	4.4545	0.0882	0.2041	0.0772	0.0109	0.0304	0.0109	-0.0976	-0.2996	-0.1186	0.2772	0.0014	-0.0142	0.3963	0.1446	0.1641	54.7119	95.7561	40.6785
8	1.1955	1.3937	-2.1467	4.9748	-4.0377	6.0474	0.1433	-0.0001	-0.054	-0.0992	-0.2957	-0.3552	0.0979	0.1508	0.1524	0.2515	0.0418	0.0127	0.3089	0.2215	0.1687	60.1672	97.3132	38.1344
9	4.9296	0.6726	0.7757	5.4785	-2.1027	5.3195	0.2281	-0.0172	0.2112	0.3442	-0.1162	0.1723	-0.2547	-0.1668	-0.1119	0.3687	-0.003	0.0142	0.4203	0.1947	0.1103	54.4273	99.1352	42.3565
10	2.5212	-3.5841	3.0941	6.0348	-5.4187	5.0146	0.1251	0.6661	0.4496	-0.179	-0.5865	-0.4462	0.3159	0.6834	0.4613	0.5079	0.1434	0.0392	0.8098	0.3324	0.5891	71.1443	87.4454	44.5493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	133 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	176 - 194
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	195 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 26
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	27 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	94 - 158
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	159 - 203
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	204 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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