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- PDB-4uzq: STRUCTURE OF THE WNT DEACYLASE NOTUM IN COMPLEX WITH O-PALMITOLEO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uzq
タイトルSTRUCTURE OF THE WNT DEACYLASE NOTUM IN COMPLEX WITH O-PALMITOLEOYL SERINE - CRYSTAL FORM IX - 1.5A
要素
  • PROTEIN NOTUM HOMOLOG
  • PROTEIN WNT-7A
キーワードHYDROLASE / ESTERASE / EXTRACELLULAR / ALPHA/BETA HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynapse assembly / positive regulation of excitatory synapse assembly / regulation of axon diameter / positive regulation of protein localization to presynapse / skeletal muscle satellite cell activation / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / excitatory synapse assembly / cerebellar granule cell differentiation / lens fiber cell development / synaptic vesicle recycling ...postsynapse assembly / positive regulation of excitatory synapse assembly / regulation of axon diameter / positive regulation of protein localization to presynapse / skeletal muscle satellite cell activation / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / excitatory synapse assembly / cerebellar granule cell differentiation / lens fiber cell development / synaptic vesicle recycling / WNT ligand biogenesis and trafficking / oviduct development / central nervous system vasculogenesis / cell proliferation in forebrain / uterus morphogenesis / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / secondary palate development / embryonic axis specification / somatic stem cell division / presynapse assembly / sex differentiation / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / stem cell development / establishment of blood-brain barrier / neurotransmitter secretion / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / dendritic spine morphogenesis / frizzled binding / regulation of bone mineralization / dorsal/ventral pattern formation / embryonic forelimb morphogenesis / Class B/2 (Secretin family receptors) / embryonic hindlimb morphogenesis / positive regulation of synapse assembly / wound healing, spreading of epidermal cells / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of postsynapse organization / regulation of synaptic vesicle exocytosis / embryonic digit morphogenesis / cartilage condensation / establishment of cell polarity / negative regulation of Wnt signaling pathway / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of presynapse assembly / canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment / chondrocyte differentiation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of endothelial cell migration / axonogenesis / extracellular matrix / cytokine activity / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / Schaffer collateral - CA1 synapse / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / neuron differentiation / Wnt signaling pathway / negative regulation of neurogenesis / Golgi lumen / response to estrogen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endocytic vesicle membrane / presynapse / response to estradiol / angiogenesis / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / apoptotic process / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Wnt-7 protein / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1 / Pectinacetylesterase/NOTUM / Pectinacetylesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / Protein Wnt-7a / Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zebisch, M. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Notum Deacylates Wnt Proteins to Suppress Signalling Activity.
著者: Kakugawa, S. / Langton, P.F. / Zebisch, M. / Howell, S.A. / Chang, T. / Liu, Y. / Feizi, T. / Bineva, G. / O'Reilly, N. / Snijders, A.P. / Jones, E.Y. / Vincent, J.
履歴
登録2014年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Structure summary
改定 1.22015年3月18日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN NOTUM HOMOLOG
B: PROTEIN WNT-7A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3529
ポリマ－44,7242
非ポリマー6287
水5,495305
1
A: PROTEIN NOTUM HOMOLOG
B: PROTEIN WNT-7A
ヘテロ分子

A: PROTEIN NOTUM HOMOLOG
B: PROTEIN WNT-7A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,70518
ポリマ－89,4494
非ポリマー1,25614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-90.6 kcal/mol
Surface area29530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.513, 69.350, 120.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2146-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AB

#1: タンパク質 PROTEIN NOTUM HOMOLOG / NOTUM


分子量: 43974.547 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 81-451 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLYCOSYLATED AT N96 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P988, carboxylesterase
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN WNT-7A


分子量: 749.838 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 202-209 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O00755
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 311分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細GAMMA-PALMITOLEOYL-SERINE: WNT FRAGMENT ESTER BETWEEN SERINE OF WNT FRAGMENT AND PALMITOLEIC ACID
配列の詳細C330S ENGINEERED MUTATION S232A INACTIVE MUTANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5 / 詳細: 3.0M NACL, 0.1 M CITRATE PH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.00,1.07
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.071
反射解像度: 1.5→60 Å / Num. obs: 64352 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→60.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.98 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17775 1255 2 %RANDOM
Rwork0.12789 ---
obs0.12888 62998 96.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.448 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å2-0.46 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→60.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 0 36 305 3190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193056
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8821.954163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94436578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0675377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.77421.933150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22115500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3591537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8281.2061445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8121.21444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1941.8141807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2051.821808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6081.8991611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.6061.9011612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5822.6122345
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.32111.9393745
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.3211.9493746
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.38735925
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.7275134
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.01256008
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 77 -
Rwork0.241 4294 -
obs--88.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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