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万見
- PDB-4uwq: Crystal structure of the disulfide-linked complex of the thiosulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uwq
タイトルCrystal structure of the disulfide-linked complex of the thiosulfodyrolase SoxB with the carrier-protein SoxYZ from Thermus thermophilus
要素
  • SOXY PROTEIN
  • SOXZ
  • SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #570 / Sulphur oxidation protein SoxZ / Thiosulfate oxidation carrier complex protein SoxZ / Thiosulfohydrolase SoxB / SoxB, N-terminal metallophosphatase domain / Sulphur oxidation protein SoxZ / SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily ...Helix Hairpins - #570 / Sulphur oxidation protein SoxZ / Thiosulfate oxidation carrier complex protein SoxZ / Thiosulfohydrolase SoxB / SoxB, N-terminal metallophosphatase domain / Sulphur oxidation protein SoxZ / SoxY domain / Sulphur oxidation, SoxY / Ig-like SoxY domain / Ig-like SoxY domain superfamily / Sulfur oxidation protein SoxY / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Helix Hairpins / Metallo-dependent phosphatase-like / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Helix non-globular / Special / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SoxY protein / SoxZ / Sulfur oxidation protein soxB
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Grabarczyk, D.B. / Chappell, P.E. / Johnson, S. / Stelzl, L.S. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Specificity and Promiscuity in a Carrier Protein/Enzyme System from the Sulfur Cycle
著者: Grabarczyk, D.B. / Chappell, P.E. / Johnson, S. / Stelzl, L.S. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
履歴
登録2014年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22016年1月13日Group: Database references
改定 1.32016年12月14日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
B: SOXY PROTEIN
C: SOXZ
D: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
E: SOXY PROTEIN
F: SOXZ
G: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
H: SOXY PROTEIN
I: SOXZ
J: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
K: SOXY PROTEIN
L: SOXZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,43020
ポリマ－356,99112
非ポリマー4408
水19811
1
J: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
K: SOXY PROTEIN
L: SOXZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3585
ポリマ－89,2483
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-33.8 kcal/mol
Surface area30380 Å2
手法PISA
2
D: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
E: SOXY PROTEIN
F: SOXZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3585
ポリマ－89,2483
非ポリマー1102
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-22.9 kcal/mol
Surface area30200 Å2
手法PISA
3
A: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
B: SOXY PROTEIN
C: SOXZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3585
ポリマ－89,2483
非ポリマー1102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-29.7 kcal/mol
Surface area30100 Å2
手法PISA
4
G: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
H: SOXY PROTEIN
I: SOXZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3585
ポリマ－89,2483
非ポリマー1102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-20.2 kcal/mol
Surface area36350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.220, 115.950, 120.940
Angle α, β, γ (deg.)86.51, 83.21, 89.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.199, -0.978, -0.061), (0.976, 0.203, -0.078), (0.089, -0.044, 0.995)1.65533, 0.86659, 0.20506
2given(1, 0.009, -0.013), (0.01, -1, 0.024), (-0.013, -0.024, -1)-0.58604, 1.74781, 0.31152
3given(0.214, -0.973, -0.086), (-0.974, -0.22, 0.057), (-0.075, 0.072, -0.995)1.18061, 0.89887, 0.07123
4given(0.133, -0.988, -0.083), (0.991, 0.132, 0.015), (-0.004, -0.084, 0.996)1.68754, 0.87793, 0.24452
5given(1, -0.018, -0.005), (-0.018, -1, 0.01), (-0.006, -0.01, -1)-0.55778, 1.75874, 0.30257
6given(0.139, -0.985, -0.099), (-0.99, -0.139, -0.014), (0.1, -0.995)1.22648, 0.87482, 0.0422
7given(0.111, -0.989, -0.102), (0.994, 0.109, 0.02), (-0.008, -0.104, 0.995)1.7093, 0.88439, 0.25645
8given(0.999, -0.044, 0.016), (-0.044, -0.999, -0.009), (0.016, 0.009, -1)-0.54075, 1.77286, 0.29057
9given(0.107, -0.984, -0.145), (-0.994, -0.105, -0.02), (0.005, 0.147, -0.989)1.2752, 0.86708, 0.01534

-
要素

#1: タンパク質
SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB / SOXB


分子量: 62664.371 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 23-573 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS HB27 (バクテリア)
プラスミド: PQE80L / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q72IT0
#2: タンパク質
SOXY PROTEIN / SOXY


分子量: 14718.761 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 29-152 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS HB27 (バクテリア)
プラスミド: PQE80L / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q72IS6
#3: タンパク質
SOXZ


分子量: 11864.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS HB27 (バクテリア)
プラスミド: PQE80L / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q72IS7
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.3
詳細: 0.1M TRIS-HCL, 0.2M (NH4)2SO4, 8.55% PEG 8000, PH 8.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9999
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→59.81 Å / Num. obs: 112492 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 90.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.28→3.37 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSTHROUGH XIA2データ削減
AimlessTHROUGH XIA2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2WDF, 1V8H AND AN UNPUBLISHED SOXY STRUCTURE

2wdf

1v8h


解像度: 3.28→59.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8229 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.827 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.543
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=23073. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=23073. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=8.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2747 2894 5.07 %RANDOM
Rwork0.2693 ---
obs0.2696 57113 98.52 %-
原子変位パラメータBiso mean: 92.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.3031 Å28.1134 Å21.4763 Å2
2--0.3326 Å26.0785 Å2
3---23.9704 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.855 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.28→59.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23062 0 8 11 23081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00723615HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8432099HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7949SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes508HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3474HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it23615HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2950SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact24556SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.28→3.37 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3004 232 5.62 %
Rwork0.2762 3898 -
all0.2776 4130 -
obs--98.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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