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- PDB-4uwb: Fibroblast growth factor receptor 1 kinase in complex with JK-P5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uwb
タイトルFibroblast growth factor receptor 1 kinase in complex with JK-P5
要素FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / response to sodium phosphate / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / auditory receptor cell development / chordate embryonic development / positive regulation of phospholipase activity / positive regulation of parathyroid hormone secretion / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / regulation of postsynaptic density assembly / FGFR1b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / skeletal system morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / middle ear morphogenesis / inner ear morphogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of stem cell proliferation / midbrain development / fibroblast growth factor binding / regulation of cell differentiation / PI3K Cascade / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chondrocyte differentiation / positive regulation of MAP kinase activity / calcium ion homeostasis / cell maturation / SHC-mediated cascade:FGFR1 / fibroblast growth factor receptor activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / positive regulation of neuron differentiation / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / Signal transduction by L1 / stem cell proliferation / skeletal system development / stem cell differentiation / positive regulation of cell differentiation / Negative regulation of FGFR1 signaling / sensory perception of sound / peptidyl-tyrosine phosphorylation / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / neuron migration / neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / in utero embryonic development / gene expression / receptor complex / postsynapse / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JVT / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Beeston, H. / Tucker, J. / Kankanala, J.
引用ジャーナル: Rapid Commun Mass Spectrom / 年: 2021
タイトル: Validation of IMS-MS as a screening tool to identify type II kinase inhibitors of FGFR1 kinase.
著者: Beeston, H.S. / Klein, T. / Norman, R.A. / Tucker, J.A. / Anderson, M. / Ashcroft, A.E. / Holdgate, G.A.
履歴
登録2014年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Other
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32021年6月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_status / software / struct_site
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,44411
ポリマ－70,2712
非ポリマー1,1739
水3,477193
1
A: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7536
ポリマ－35,1351
非ポリマー6185
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6915
ポリマ－35,1351
非ポリマー5564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.623, 57.323, 65.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99387, 0.11002, 0.01093), (0.09767, 0.82736, 0.55311), (0.05182, -0.55079, -0.83304)
ベクター: 115.21663, -14.36697, 27.39198)

-
要素

#1: タンパク質 FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 / FGFR-1 / BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 / BFGFR / BFGF-R-1 / FMS-LIKE TYROSINE KINASE 2 ...FGFR-1 / BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 / BFGFR / BFGF-R-1 / FMS-LIKE TYROSINE KINASE 2 / FLT-2 / N-SAM / PROTO-ONCOGENE C-FGR / FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 KINASE


分子量: 35135.340 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 458-765 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-JVT / N-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-1H-indazole-3-carboxamide


分子量: 335.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N5O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細TWO MUTATIONS TO IMPROVE CRYSTALLISATION AND REDUCE AGGREGATION C488A AND C584S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG8000, 20% ETHLYENE GLYCOL, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M PCTP PH 6.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99.44 Å / Num. obs: 29915 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.31 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
autoPROCデータ削減
XDSVERSION MARCH 15データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INTERNAL FGFR1 MODEL

解像度: 2.31→99.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 18.136 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. DISORDERED SIDE-CHAINS WERE TRUNCATED TO THE LAST VISIBLE ATOM
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27172 1598 5.1 %RANDOM
Rwork0.22892 ---
obs0.23108 29915 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.02 Å20 Å2-1.27 Å2
2--4.19 Å20 Å2
3----1.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→99.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 80 193 4925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194835
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.9776541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1365593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6124.121199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.95315829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7081529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.309→2.369 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 109 -
Rwork0.27 1988 -
obs--89.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1339-0.0002-1.19440.757-0.4221.60750.10180.20820.3274-0.13-0.01990.0249-0.20120.0642-0.08190.1046-0.00030.00050.03860.02120.027880.5079-2.538717.7971
24.2174-1.2509-0.66551.10850.49551.38270.17870.2335-0.23850.1419-0.21160.04430.1390.0790.03290.139-0.0044-0.05010.068-0.01580.063334.89361.388314.3501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A464 - 765
2X-RAY DIFFRACTION2B459 - 765

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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