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- PDB-4uw0: Low resolution structure of WbdD with C-terminal bundle ordered t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uw0
タイトルLow resolution structure of WbdD with C-terminal bundle ordered to residue 505
要素WBDD
キーワードTRANSFERASE / KINASE / METHYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation / protein kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Bifunctional 3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase/ 2-octaprenyl-6-hydroxy phenol methylase / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Hagelueken, G. / Huang, H. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: A coiled-coil domain acts as a molecular ruler to regulate O-antigen chain length in lipopolysaccharide.
著者: Gregor Hagelueken / Bradley R Clarke / Hexian Huang / Anne Tuukkanen / Iulia Danciu / Dmitri I Svergun / Rohanah Hussain / Huanting Liu / Chris Whitfield / James H Naismith /
要旨: Long-chain bacterial polysaccharides have important roles in pathogenicity. In Escherichia coli O9a, a model for ABC transporter-dependent polysaccharide assembly, a large extracellular carbohydrate ...Long-chain bacterial polysaccharides have important roles in pathogenicity. In Escherichia coli O9a, a model for ABC transporter-dependent polysaccharide assembly, a large extracellular carbohydrate with a narrow size distribution is polymerized from monosaccharides by a complex of two proteins, WbdA (polymerase) and WbdD (terminating protein). Combining crystallography and small-angle X-ray scattering, we found that the C-terminal domain of WbdD contains an extended coiled-coil that physically separates WbdA from the catalytic domain of WbdD. The effects of insertions and deletions in the coiled-coil region were analyzed in vivo, revealing that polymer size is controlled by varying the length of the coiled-coil domain. Thus, the coiled-coil domain of WbdD functions as a molecular ruler that, along with WbdA:WbdD stoichiometry, controls the chain length of a model bacterial polysaccharide.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22014年12月31日Group: Database references
改定 1.32015年1月21日Group: Database references
改定 1.42018年4月25日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.52019年9月18日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ..._diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.type / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.62024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WBDD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1442
ポリマ－57,7451
非ポリマー3981
水00
1
A: WBDD
ヘテロ分子

A: WBDD
ヘテロ分子

A: WBDD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,4316
ポリマ－173,2353
非ポリマー1,1953
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area5810 Å2
ΔGint-38.2 kcal/mol
Surface area68050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.290, 181.290, 181.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 WBDD


分子量: 57745.074 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EC3426_03072 / Variant: 09A(H5) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: A0A446F868, UniProt: A0A7I6GZM0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.39 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.87→128.2 Å / Num. obs: 9283 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.6

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.87→128.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 141.891 / SU ML: 0.861 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.916 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34096 443 4.8 %RANDOM
Rwork0.26783 ---
obs0.27097 8823 98.44 %-
原子変位パラメータBiso mean: 171.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.87→128.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4047 0 27 0 4074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194181
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9465688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82238937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.415500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.70324.182220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.00715672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4371529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.42710.1342006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.42710.1342006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.36815.22504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32510.3042175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.87→3.971 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 34 -
Rwork0.365 638 -
obs--99.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.2943-0.51972.95665.612-0.89.3881-0.2239-0.6550.13031.12590.1499-0.03160.3502-0.49440.0741.07530.10420.5370.2328-0.07060.4643-54.26516.38731.492
22.2411-1.40591.94095.7828-3.78476.984-0.23460.70120.2054-0.0443-0.0271-0.14620.0560.14250.26160.59870.0270.34840.4655-0.04540.4652-48.37223.6857.785
37.4495-1.8759-3.71691.9108-1.82758.2691-0.38570.1140.05310.10710.12910.14980.4915-1.03820.25660.5817-0.0934-0.0510.9115-0.04220.7232-58.34330.813-22.007
48.01510.471-4.58752.2870.23482.849-0.31410.3581-0.18610.1760.00450.14430.293-0.39060.30960.588-0.0382-0.20010.74520.1940.6735-50.22732.556-35.955
517.6404-11.7781.259711.8446-4.49873.6175-0.7722-0.92381.19540.26140.9772-0.4930.0929-0.9617-0.2051.04650.0899-0.21012.03180.02811.1217-19.25317.957-5.836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3A310 - 397
4X-RAY DIFFRACTION4A398 - 485
5X-RAY DIFFRACTION5A486 - 507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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