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- PDB-4uut: Crystal structure of the Ultrabithorax protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uut
タイトルCrystal structure of the Ultrabithorax protein
要素HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX
キーワードTRANSCRIPTION / UBX / HOMEOTIC PROTEIN / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / haltere development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax / open tracheal system development / imaginal disc-derived leg morphogenesis ...dorsal vessel aortic cell fate commitment / positive regulation of muscle organ development / anterior Malpighian tubule development / specification of animal organ identity / regulation of imaginal disc growth / haltere development / mesodermal cell fate specification / specification of segmental identity, thorax / open tracheal system development / imaginal disc-derived leg morphogenesis / somatic muscle development / muscle cell fate specification / polytene chromosome band / endoderm formation / midgut development / regulation of cell fate specification / cell fate determination / anterior/posterior pattern specification / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription repressor complex / transcription coregulator binding / protein-DNA complex / heart development / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / : / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain ...Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / : / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeotic protein ultrabithorax
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Foos, N. / Mate, M.J. / Ortiz-Lombardia, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A Flexible Extension of the Drosophila Ultrabithorax Homeodomain Defines a Novel Hox/Pbc Interaction Mode.
著者: Foos, N. / Maurel-Zaffran, C. / Mate, M.J. / Vincentelli, R. / Hainaut, M. / Berenger, H. / Pradel, J. / Saurin, A.J. / Ortiz-Lombardia, M. / Graba, Y.
履歴
登録2014年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9147
ポリマ－11,4591
非ポリマー4556
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.648, 98.648, 98.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

HOH

21A-2004-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX


分子量: 11459.246 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 233-324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: UBXIVA PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P83949
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.86 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% 1-4 BUTANEDIOL, 0.2M LISO4, 0.1M MES PH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.974716
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→69.75 Å / Num. obs: 4428 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 101.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.8→3.13 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LOCAL STRUCTURE OF UBX

解像度: 2.8→69.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9378 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9407 / SU R Cruickshank DPI: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.386 / SU Rfree Blow DPI: 0.257 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.248
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 406 9.25 %RANDOM
Rwork0.2175 ---
obs0.2192 4390 99.68 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.503 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→69.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数593 0 22 7 622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01618HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.03827HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d240SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes19HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes83HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it618HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.69
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion78SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact698SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.13 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2882 106 8.85 %
Rwork0.2401 1092 -
all0.2439 1198 -
obs--99.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.0782 Å / Origin y: 15.4626 Å / Origin z: -3.2635 Å
111213212223313233
T-0.1874 Å20.0998 Å2-0.0117 Å2-0.038 Å20.0851 Å2---0.1093 Å2
L5.2072 °2-1.9989 °2-2.9831 °2-2.4925 °21.335 °2--1.6875 °2
S-0.0211 Å °0.3164 Å °0.1117 Å °-0.4276 Å °-0.1226 Å °0.0817 Å °0.1926 Å °-0.3112 Å °0.1437 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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