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- PDB-4uui: A case study for twinned data analysis: multiple crystal forms of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uui
タイトルA case study for twinned data analysis: multiple crystal forms of the enzyme N-acetyl-neuraminic lyase
要素N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
キーワードLYASE / TWINNING / DIRECTED EVOLUTION / N-ACETYLNEURAMINIC ACID LYASE / SUBSTRATE SPECIFICITY / PROTEIN ENGINEERING / ALDOLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / single-species biofilm formation / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetylneuraminate lyase / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...N-acetylneuraminate lyase / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / N-acetylneuraminate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Campeotto, I. / Phillips, S.E.V. / Pearson, A.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A Case Study for Twinned Data Analysis: Multiple Crystal Forms of the Enzyme N-Acetyl-Neuraminic Lyase
著者: Campeotto, I. / Phillips, S.E.V. / Pearson, A.R.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.22024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
B: N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
C: N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
D: N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,34111
ポリマ－134,4904
非ポリマー8527
水13,421745
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-48.5 kcal/mol
Surface area40780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.985, 116.665, 83.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.0185, -0.9998, 0.0055), (-0.9998, -0.0185, -0.005), (0.0051, -0.0054, -1)-0.9407, -0.3944, 68.5112
3given(-0.0264, 0.9996, 0.0026), (0.9996, 0.0264, 0.0037), (0.0037, 0.0027, -1)-1.0441, 0.7386, 68.4436
4given(-1, 0.0006, -0.0062), (-0.0006, -1, 0.0021), (-0.0061, 0.0021, 1)-1.3527, 0.1423, -0.0707

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要素

#1: タンパク質
N-ACETYLNEURAMINATE LYASE / N-ACETYLNEURAMINATE PYRUVATE-LYASE / N-ACETYLNEURAMINIC ACID ALDOLASE / NALASE / SIALATE LYASE / ...N-ACETYLNEURAMINATE PYRUVATE-LYASE / N-ACETYLNEURAMINIC ACID ALDOLASE / NALASE / SIALATE LYASE / SIALIC ACID ALDOLASE / SIALIC ACID LYASE / N-ACETYLNEURAMINIC ACID LYASE


分子量: 33622.395 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SCHIFF BASE BETWEEN LYS165 AND PYRUVATE IN CHAINS A, B, C AND D.
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PKNANA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6L4, N-acetylneuraminate lyase
#2: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.2 / 詳細: 100MM TRIS-HCL PH 8.2, 200MM NACL, 18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→73.92 Å / Num. obs: 122053 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0105 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XFW

2xfw


解像度: 1.79→73.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.444 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18383 6147 5 %RANDOM
Rwork0.15539 ---
obs0.15683 115868 98.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.828 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.61 Å20 Å2-0.76 Å2
2--7.27 Å20 Å2
3----12.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→73.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9270 0 41 745 10056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0229623
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1341.97213045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.854315795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.49451235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.32124.736435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.917151678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3191550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.791→1.837 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 351 -
Rwork0.21 6879 -
obs--79.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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