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万見
- PDB-4uug: The (R)-selective amine transaminase from Aspergillus fumigatus w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uug
タイトルThe (R)-selective amine transaminase from Aspergillus fumigatus with inhibitor bound
要素AMINE TRANSAMINASE
キーワードTRANSFERASE / GABACULINE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid biosynthetic process / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / carboxylic acid metabolic process / transaminase activity
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 ...: / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 3-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]--AMINO-BENZOIC ACID / Branched-chain amino acid aminotransferase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Thomsen, M. / Hinrichs, W.
引用
ジャーナル: FEBS J. / 年: 2015
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Dual Substrate Recognition of the (R)-Selective Amine Transaminase from Aspergillus Fumigatus
著者: Skalden, L. / Thomsen, M. / Hohne, M. / Bornscheuer, U.T. / Hinrichs, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystallographic Characterization of the (R)- Selective Amine Transaminase from Aspergillus Fumigatus
著者: Thomsen, M. / Skalden, L. / Palm, G.J. / Hoehne, M. / Bornscheuer, U.T. / Hinrichs, W.
履歴
登録2014年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22022年5月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / diffrn_detector ...database_2 / diffrn_detector / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMINE TRANSAMINASE
B: AMINE TRANSAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,65713
ポリマ－74,3852
非ポリマー1,27211
水14,304794
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-33.9 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.449, 144.449, 96.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2149-

HOH

21B-2125-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99995, 0.00984, 0.00071), (0.00936, 0.92322, 0.38416), (0.00313, 0.38415, -0.92327)
ベクター: 159.38164, -13.08294, 61.27308)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AMINE TRANSAMINASE / R-SELECTIVE AMINE TRANSAMINASE


分子量: 37192.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 株: AF293 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4WH08, branched-chain-amino-acid transaminase

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非ポリマー , 6種, 805分子

#2: 化合物 ChemComp-PXG / 3-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]--AMINO-BENZOIC ACID / 3-[[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチル]アミノ]安息香酸


分子量: 368.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 2.0 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月30日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47.28 Å / Num. obs: 151504 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CHI

4chi


解像度: 1.6→47.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 2.404 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14811 7614 5 %RANDOM
Rwork0.13376 ---
obs0.13448 143859 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5050 0 85 794 5929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195894
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.9858102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8762.99913080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7445794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.23423.832274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.577151030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1811545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3061.192812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3061.192813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9831.7793558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1071.4523082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 564 -
Rwork0.224 10566 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2337-0.01480.06310.38010.22820.18310.00850.0341-0.0228-0.0836-0.04430.0211-0.0262-0.00230.03580.10440.01880.00360.0639-0.00720.054474.387-27.69810.895
21.0210.46150.18920.60460.1281.8573-0.02960.0877-0.11160.02940.0021-0.22820.07340.24320.02750.04060.030900.0860.01920.103197.294-24.53123.88
30.1236-0.0923-0.09180.43480.19860.24770.0208-0.0044-0.0055-0.1061-0.07630.0649-0.0461-0.02250.05550.08750.0257-0.02970.0542-0.01690.055965.671-9.17515.79
40.79280.9513-0.8943.4573.4239.7577-0.0525-0.0568-0.07420.1285-0.1729-0.01470.4095-0.10540.22540.11030.0021-0.01310.067-0.00820.041970.864-15.78216.208
50.2450.0290.15620.4413-0.09760.2177-0.0057-0.0148-0.02540.0108-0.0575-0.05780.0277-0.00530.06320.06990.00040.01020.05710.02190.072285.056-33.78841.223
60.1952-0.19250.41522.1146-2.30942.7614-0.0802-0.11890.0407-0.25040.16690.14320.1474-0.2896-0.08680.12610.0053-0.0420.12940.01110.086463.081-31.76829.627
70.12150.1184-0.06930.4574-0.12180.21510.0173-0.0156-0.01550.0601-0.0683-0.0839-0.02380.02280.0510.0607-0.0139-0.02420.06430.0280.06893.623-14.85443.681
82.8366-0.9886-2.21873.6284-0.08712.85460.0695-0.0382-0.1644-0.1577-0.1863-0.06530.02490.24390.11680.07090.0127-0.0090.06920.01850.056988.58-20.89940.451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2A123 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3A137 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4A400 - 401
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6B123 - 136
7X-RAY DIFFRACTION7B137 - 321
8X-RAY DIFFRACTION8B400 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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