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- PDB-4uu9: Crystal structure of the human c5a in complex with MEDI7814 a neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uu9
タイトルCrystal structure of the human c5a in complex with MEDI7814 a neutralising antibody
要素
  • (MEDI7814) x 2
  • COMPLEMENT C5
キーワードIMMUNE SYSTEM / FV / COMPLEMENT SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin ...Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Colley, C. / Sridharan, S. / Dobson, C. / Popovic, B. / Debreczeni, J.E. / Hargreaves, D. / Edwards, B. / Brennan, J. / England, L. / Fung, S. ...Colley, C. / Sridharan, S. / Dobson, C. / Popovic, B. / Debreczeni, J.E. / Hargreaves, D. / Edwards, B. / Brennan, J. / England, L. / Fung, S. / An Eghobamien, L. / Sivars, U. / Woods, R. / Flavell, L. / Renshaw, G.J. / Wickson, K. / Wilkinson, T. / Davies, R. / Bonnell, J. / Warrener, P. / Howes, R. / Vaughan, T.
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2018
タイトル: Structure and characterization of a high affinity C5a monoclonal antibody that blocks binding to C5aR1 and C5aR2 receptors.
著者: Colley, C.S. / Popovic, B. / Sridharan, S. / Debreczeni, J.E. / Hargeaves, D. / Fung, M. / An, L.L. / Edwards, B. / Arnold, J. / England, E. / Eghobamien, L. / Sivars, U. / Flavell, L. / ...著者: Colley, C.S. / Popovic, B. / Sridharan, S. / Debreczeni, J.E. / Hargeaves, D. / Fung, M. / An, L.L. / Edwards, B. / Arnold, J. / England, E. / Eghobamien, L. / Sivars, U. / Flavell, L. / Renshaw, J. / Wickson, K. / Warrener, P. / Zha, J. / Bonnell, J. / Woods, R. / Wilkinson, T. / Dobson, C. / Vaughan, T.J.
履歴
登録2014年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MEDI7814
B: MEDI7814
C: COMPLEMENT C5
D: COMPLEMENT C5
H: MEDI7814
L: MEDI7814
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,41310
ポリマ－67,0296
非ポリマー3844
水5,423301
1
A: MEDI7814
B: MEDI7814
C: COMPLEMENT C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6114
ポリマ－33,5153
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-44.1 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
2
D: COMPLEMENT C5
H: MEDI7814
L: MEDI7814
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8036
ポリマ－33,5153
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-61.3 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.854, 117.472, 126.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 MEDI7814


分子量: 13508.873 Da / 分子数: 2 / 断片: VARIABLE DOMAIN HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: HUMANISED ANTIBODY FRAGMENT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌)
#2: 抗体 MEDI7814


分子量: 11629.880 Da / 分子数: 2 / 断片: VARIABLE DOMAIN LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: HUMANISED ANTIBODY FRAGMENT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌)
#3: タンパク質 COMPLEMENT C5 / C5A ANAPHYLATOXIN C5A / C3 AND PZP-LIKE ALPHA-2-MACROGLOBULIN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4


分子量: 8375.754 Da / 分子数: 2 / 断片: C5A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: HUMANISED ANTIBODY FRAGMENT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01031
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG10K, 8% ETHYLENE GLYCOL, 100MM HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→126 Å / Num. obs: 48925 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.12→2.24 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→86.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 6.54 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20163 2472 5.1 %RANDOM
Rwork0.17456 ---
obs0.17595 46381 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.421 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→86.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4431 0 20 301 4752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194581
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1741.9476227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7053.0029569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg19.4895.541629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.60223.036168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.04215687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1191527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6331.4662391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6331.4662390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0662.192982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0231.5722190
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.121→2.176 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 182 -
Rwork0.184 3403 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30070.18550.80841.09930.28811.83180.02030.18830.0073-0.2642-0.01950.1422-0.0515-0.024-0.00080.08640.0055-0.01940.0223-0.00570.0302-28.3552-28.663238.9409
21.82930.5113-0.25331.5118-0.49641.90280.02370.02130.1956-0.0615-0.0412-0.1015-0.16910.12510.01740.0303-0.00650.01380.01080.00890.0402-10.881-18.695748.3697
36.7408-0.1661-3.11652.637-0.20513.127-0.0061-0.04760.2487-0.04930.04230.2061-0.2381-0.1654-0.03630.07190.0106-0.02640.0304-0.0050.035-40.2915-23.267559.7393
42.0148-0.5473-0.05513.44040.0991.3428-0.0338-0.13220.09420.046-0.1465-0.22490.04390.10710.18030.0697-0.011-0.01490.10960.08950.102-10.939616.378223.4763
52.6289-0.2254-0.13543.2867-0.46621.66350.03440.247-0.1831-0.2559-0.1374-0.51350.19060.30680.1030.15230.07380.09490.180.09160.1842-2.2228-3.722619.5132
65.892-1.3469-1.10193.4567-0.21724.2917-0.1605-0.3516-0.03740.63930.12240.22390.03-0.21130.03810.18550.00570.03070.1260.08560.1262-28.01054.924736.2688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3D0 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5A1 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6C0 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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