PDB-4uts: Room temperature crystal structure of the fast switching M159T mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uts

タイトル

Room temperature crystal structure of the fast switching M159T mutant of fluorescent protein Dronpa

要素

FLUORESCENT PROTEIN DRONPA

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / PHOTOSWITCHING / PHOTOCHROMIC

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ECHINOPHYLLIA SP. SC22 (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Kaucikas, M. / Fitzpatrick, A. / Bryan, E. / Struve, A. / Henning, R. / Kosheleva, I. / Srajer, V. / van Thor, J.J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Room Temperature Crystal Structure of the Fast Switching M159T Mutant of the Fluorescent Protein Dronpa.
著者: Kaucikas, M. / Fitzpatrick, A. / Bryan, E. / Struve, A. / Henning, R. / Kosheleva, I. / Srajer, V. / Groenhof, G. / Van Thor, J.J.

履歴

登録	2014年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_sheet Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_sheet.number_strands
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uts.cif.gz	182.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uts.ent.gz	147.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uts.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/4uts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/4uts	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z1oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6myc-8 2arl-d 3vk1-d 5hzt-8 2gx2-5 3kct-d 5hzt-7 6mxw-1 6mxw-7 2gx2-3 6myb-3 2z6z-5 3wck-6 5hzs-1 6myb-7 3p8u-2 4ppj-3 3ls3-1 5hzu-10 2z1o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA

B: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA

C: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA

D: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA

98 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.655, 111.140, 117.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FLUORESCENT PROTEIN DRONPA 分子量: 24511.645 Da / 分子数: 4 / 断片: FLUORESCENT PROTEIN, RESIDUES 2-217 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ECHINOPHYLLIA SP. SC22 (無脊椎動物) プラスミド: PRSET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 22 % (W/V) PEG (POLY[ETHYLENE GLYCOL]) MONOMETHYL ETHER 3350 AND 0.14 M MG(NO3)2, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月5日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATED)
放射	モノクロメーター: BENT GE(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→55.82 Å / Num. obs: 810104 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z1O

2z1o

解像度: 2.03→55.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.856 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21326	3241	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17153	-	-	-
obs	0.17368	60780	98.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→55.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6904	0	0	242	7146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	7088
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	6536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.17	1.96	9572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.954	3	15112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.814	5	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.368	24.483	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.645	15	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.067	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.295	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	8016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.029→2.082 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	179	-
R_work	0.222	3892	-
obs	-	-	86.23 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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