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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uts | |||||||||
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タイトル | Room temperature crystal structure of the fast switching M159T mutant of fluorescent protein Dronpa | |||||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN DRONPA | |||||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / PHOTOSWITCHING / PHOTOCHROMIC | |||||||||
機能・相同性 | ![]() bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kaucikas, M. / Fitzpatrick, A. / Bryan, E. / Struve, A. / Henning, R. / Kosheleva, I. / Srajer, V. / van Thor, J.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Room Temperature Crystal Structure of the Fast Switching M159T Mutant of the Fluorescent Protein Dronpa. 著者: Kaucikas, M. / Fitzpatrick, A. / Bryan, E. / Struve, A. / Henning, R. / Kosheleva, I. / Srajer, V. / Groenhof, G. / Van Thor, J.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 147.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2z1oS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24511.645 Da / 分子数: 4 / 断片: FLUORESCENT PROTEIN, RESIDUES 2-217 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PRSET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 22 % (W/V) PEG (POLY[ETHYLENE GLYCOL]) MONOMETHYL ETHER 3350 AND 0.14 M MG(NO3)2, PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月5日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATED) |
放射 | モノクロメーター: BENT GE(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→55.82 Å / Num. obs: 810104 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2Z1O 解像度: 2.03→55.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.856 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.625 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→55.63 Å
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拘束条件 |
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