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- PDB-4ut9: Crystal structure of dengue 2 virus envelope glycoprotein dimer i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ut9
タイトルCrystal structure of dengue 2 virus envelope glycoprotein dimer in complex with the ScFv fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE1 C10
要素
  • (BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10) x 2
  • ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
キーワードVIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / MEMBRANE FUSION / CLASS 2 FUSION PROTEIN / DENGUE VIRUS / BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY / IMMUNE SYSTEM / SCFV FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種DENGUE VIRUS 2 (デング熱ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Recognition Determinants of Broadly Neutralizing Human Antibodies Against Dengue Viruses.
著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M. / Kikuti, C.M. / Sanchez, M.E.N. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M. / Kikuti, C.M. / Sanchez, M.E.N. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2015
タイトル: A new class of highly potent, broadly neutralizing antibodies isolated from viremic patients infected with dengue virus.
著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya ...著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya Duangchinda / Jonathan M Grimes / Wen-Yang Tsai / Chih-Yun Lai / Wei-Kung Wang / Prida Malasit / Jeremy Farrar / Cameron P Simmons / Z Hong Zhou / Felix A Rey / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton /
要旨: Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal ...Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal antibodies (mAbs) and identified a previously unknown epitope, the envelope dimer epitope (EDE), that bridges two envelope protein subunits that make up the 90 repeating dimers on the mature virion. The mAbs to EDE were broadly reactive across the dengue serocomplex and fully neutralized virus produced in either insect cells or primary human cells, with 50% neutralization in the low picomolar range. Our results provide a path to a subunit vaccine against dengue virus and have implications for the design and monitoring of future vaccine trials in which the induction of antibody to the EDE should be prioritized.
履歴
登録2014年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22017年12月6日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_refine_tls_group / Item: _pdbx_refine_tls_group.selection_details
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
C: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
D: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
I: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
J: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
K: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
M: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
N: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
O: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,05716
ポリマ－314,17212
非ポリマー8854
水00
1
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7644
ポリマ－78,5433
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area35070 Å2
手法PQS
2
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
I: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
M: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7644
ポリマ－78,5433
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-25.9 kcal/mol
Surface area35510 Å2
手法PQS
3
C: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
K: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
O: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7644
ポリマ－78,5433
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-23.9 kcal/mol
Surface area35030 Å2
手法PQS
4
D: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
J: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
N: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7644
ポリマ－78,5433
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-24.1 kcal/mol
Surface area35090 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.522, 102.235, 131.092
Angle α, β, γ (deg.)88.52, 85.69, 83.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
ENVELOPE GLYCOPROTEIN E


分子量: 47230.980 Da / 分子数: 4 / 断片: SOLUBLE ECTODOMAIN, RESIDUES 281-671 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS 2 (デング熱ウイルス)
株: FGA-02 / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q68Y26
#2: 抗体
BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10


分子量: 15679.234 Da / 分子数: 4 / 断片: SCFV, HEAVY CHAIN DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SEE SECONDARY REFERENCE / Cell: B-LYMPHOCYTE / プラスミド: PMT-SCFV-STREP / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体
BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE1 C10


分子量: 15632.767 Da / 分子数: 4 / 断片: SCFV, LIGHT CHAIN DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SEE SECONDARY REFERENCE / Cell: B-LYMPHOCYTE / プラスミド: PMT-SCFV-STREP / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
配列の詳細THE RESIDUES AFTER W391 DERIVE FROM THE VECTOR. THE RESIDUES ARE NUMBERED FROM 1392. RESIDUES 1392 ...THE RESIDUES AFTER W391 DERIVE FROM THE VECTOR. THE RESIDUES ARE NUMBERED FROM 1392. RESIDUES 1392 TO 1394 COMPLETE THE G STRAND OF ENVELOPE GLYCOPROTEIN DOMAIN III SEE SECONDARY REFERENCE. THE SEQUENCE FOR CHAINS A,B,C,D MATCHES UNRELEASED GENBANK GB KM087965

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% (W/V) PEG 8000, 100MM HEPES PH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 46477 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 82.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 10AN

10an


解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9108 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8685 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.492
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 2343 5.06 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.2001 46344 95.32 %-
原子変位パラメータBiso mean: 96.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4588 Å20.8862 Å29.8113 Å2
2---4.7577 Å2-6.1824 Å2
3---0.2989 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.637 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19085 0 56 0 19141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00819593HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.126554HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6745SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes448HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2812HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19593HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2594SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20801SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 168 4.85 %
Rwork0.2369 3299 -
all0.2394 3467 -
obs--95.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.78631.03433.327-0.17091.43756.88180.2572-0.21590.54960.2113-0.28290.11470.0145-0.52990.0257-0.3025-0.07660.19260.33150.06940.0834-53.5772-16.005177.9236
23.4462-0.21891.2256-0.0899-1.91118.23050.2226-0.5928-0.2523-0.2652-0.1162-0.23430.02020.0471-0.1064-0.3358-0.119-0.0033-0.09780.1642-0.1221-56.7775-18.295113.0642
33.29650.34553.26160.1369-0.24017.8626-0.0760.2620.0997-0.17310.11420.0581-0.12-0.5581-0.0381-0.3126-0.06480.08980.32820.0561-0.3195-60.52086.716692.5666
42.82260.3923.0518-0.08920.24877.87930.1159-0.0649-0.05620.0854-0.13370.04520.32570.52150.0178-0.3085-0.03250.08160.32550.1373-0.2605-10.57864.9851136.4966
53.25341.19313.3039-0.02570.21647.83780.0455-0.51830.01550.20890.26790.0380.3454-0.5599-0.3134-0.3227-0.0730.05130.33440.1475-0.1057-74.3939-26.932935.2027
62.80631.05461.2054-0.258-0.1318.16970.01990.1564-0.2997-0.02710.4010.01090.28880.426-0.4209-0.3307-0.0741-0.00350.33430.1448-0.1518-34.081-20.720157.08
71.03290.75022.3674-0.05941.93965.8224-0.008-0.5819-0.03020.2135-0.02640.0242-0.4207-0.35550.0344-0.2776-0.08230.04030.33290.0904-0.1498-39.650611.1663138.326
82.63490.77072.57950.3-1.69468.0204-0.22410.37230.2336-0.0009-0.0946-0.0297-0.46580.37640.3188-0.3047-0.06070.07040.32780.0718-0.1813-31.938213.371891.9742
98.95541.24512.0571.02250.86277.96960.2044-0.5645-0.08770.5099-0.35350.14530.58870.53740.14920.10740.05990.1145-0.1718-0.0669-0.3214-23.8233-15.257397.661
102.5419-0.3764-0.1066.9128-2.95023.54660.00930.5580.2052-0.43890.48710.53840.458-0.6594-0.49640.0893-0.1541-0.15190.03290.1757-0.1527-86.8336-23.4836-4.716
118.86412.18112.50962.7857-3.27658.0478-0.12830.56420.3527-0.5719-0.2201-0.29040.14470.24890.3484-0.0329-0.11310.00670.33360.0343-0.3077-57.134913.568757.5761
123.60461.63743.28884.88620.27927.833-0.072-0.5251-0.17070.5427-0.0564-0.09610.15130.10410.1284-0.2255-0.08330.0480.33530.1424-0.3168-11.726910.6182171.7251
130.0365-0.08510.0050.3369-0.22070.1804-0.00960.01570.0052-0.0250.01670.0328-0.01940.0192-0.00710.1239-0.09260.17850.17370.14510.2731-69.5937-42.242339.0096
140.17490.27780.3345-0.0736-0.28920.2929-0.0021-0.00070.0067-0.01430.0023-0.034-0.0522-0.0186-0.00030.1028-0.1404-0.10120.20550.11250.2063-33.015-35.627452.5974
15-0.2344-0.4944-1.52850.0843-0.26260.24250.0028-0.09130.01760.12860.00870.01610.0487-0.0493-0.01160.33160.10640.0029-0.11360.01690.3026-43.765124.9399134.3221
160.21890.4098-0.10790.1971-1.17880.546-0.0106-0.0336-0.0583-0.05860.0588-0.08980.0017-0.0003-0.04830.34710.15020.07540.18990.1119-0.0158-28.895727.994997.1072
174.12671.3263-1.58066.4504-2.17844.19510.0514-0.4952-0.5527-0.55410.3077-0.4630.4616-0.5757-0.3590.0472-0.1804-0.1328-0.26120.18670.0511-74.8352-48.99216.2438
183.33690.42430.79898.2405-0.93773.07890.02530.598-0.63170.03710.4442-0.35950.53130.1514-0.4694-0.04860.0158-0.08680.2868-0.125-0.2881-28.8624-41.870775.5766
192.5997-0.62692.58717.10110.38853.197-0.1801-0.06070.641-0.0431-0.17530.498-0.50250.03880.3554-0.1934-0.1461-0.1244-0.18110.1805-0.0708-44.599936.472480.6857
202.5195-0.21191.19724.0465-0.9623.6316-0.1413-0.05730.53890.4971-0.2273-0.4731-0.5436-0.21860.3686-0.1859-0.0282-0.13370.26530.1259-0.1048-25.022332.9758148.4807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1:61 123:216 256:296}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|1:61 123:216 256:296}
3X-RAY DIFFRACTION3{C|1:61 123:216 256:296}
4X-RAY DIFFRACTION4{D|1:61 123:216 256:296}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|62:122 217:255}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|62:122 217:255}
7X-RAY DIFFRACTION7{C|62:122 217:255}
8X-RAY DIFFRACTION8{D|62:122 217:255}
9X-RAY DIFFRACTION9{A|297:394}
10X-RAY DIFFRACTION10{B|297:394}
11X-RAY DIFFRACTION11{C|297:394}
12X-RAY DIFFRACTION12{D|297:394}
13X-RAY DIFFRACTION13{A|567:567}
14X-RAY DIFFRACTION14{B|567:567}
15X-RAY DIFFRACTION15{C|567:567}
16X-RAY DIFFRACTION16{D|567:567}
17X-RAY DIFFRACTION17{H|1:112 L|1:106A}
18X-RAY DIFFRACTION18{I|1:112 M|1:106A}
19X-RAY DIFFRACTION19{J|1:112 N|2:106A}
20X-RAY DIFFRACTION20{K|1:112 O|3:106A}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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