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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ut7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SCFV FRAGMENT OF THE BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
要素(BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / VIRAL PROTEIN / MEMBRANE FUSION / CLASS 2 FUSION PROTEIN / DENGUE VIRUS / SCFV FRAGMENT
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Recognition Determinants of Broadly Neutralizing Human Antibodies Against Dengue Viruses.
著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M. / Kikuti, C.M. / Navarro Sanchez, M.E. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2015
タイトル: A new class of highly potent, broadly neutralizing antibodies isolated from viremic patients infected with dengue virus.
著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya ...著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya Duangchinda / Jonathan M Grimes / Wen-Yang Tsai / Chih-Yun Lai / Wei-Kung Wang / Prida Malasit / Jeremy Farrar / Cameron P Simmons / Z Hong Zhou / Felix A Rey / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton /
要旨: Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal ...Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal antibodies (mAbs) and identified a previously unknown epitope, the envelope dimer epitope (EDE), that bridges two envelope protein subunits that make up the 90 repeating dimers on the mature virion. The mAbs to EDE were broadly reactive across the dengue serocomplex and fully neutralized virus produced in either insect cells or primary human cells, with 50% neutralization in the low picomolar range. Our results provide a path to a subunit vaccine against dengue virus and have implications for the design and monitoring of future vaccine trials in which the induction of antibody to the EDE should be prioritized.
履歴
登録2014年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7022
ポリマ－31,7022
非ポリマー00
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-11.8 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.920, 47.670, 90.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-2074-

HOH

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要素

#1: 抗体 BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11


分子量: 15962.392 Da / 分子数: 1 / 断片: SCFV HEAVY CHAIN DOMAIN, RESIDUES 1-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B LYMPHOCYTE / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
#2: 抗体 BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11


分子量: 15740.104 Da / 分子数: 1 / 断片: SCFV LIGHT CHAIN DOMAIN, RESIDUES 1-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B LYMPHOCYTE / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M MES 6.5 25% (V/V) PEG 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月7日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.52 Å / Num. obs: 28835 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FAB A11 FROM THE COMPLEX DENGUE 2 FAB A11

解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9321 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9128 / SU R Cruickshank DPI: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1909 1428 5.02 %RANDOM
Rwork0.1602 ---
obs0.1617 28441 97.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.854 Å20 Å29.9452 Å2
2--5.2199 Å20 Å2
3----3.3659 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.178 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1927 0 0 213 2140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012064HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.032818HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d680SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes37HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes325HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2064HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion263SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2543SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2677 132 5.06 %
Rwork0.2281 2477 -
all0.2301 2609 -
obs--97.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65030.18810.09980.72290.12550.5615-0.00470.0365-0.01780.0064-0.02990.0210.01670.01970.0346-0.0020.0005-0.0241-0.0459-0.0021-0.0094-22.7367-2.186411.1387
20.79790.0375-0.15430.7994-0.07591.7539-0.0033-0.0960.02590.04890.00410.02240.0434-0.042-0.0008-0.0014-0.0135-0.0147-0.01690.0016-0.0298-13.97983.907228.9708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN H
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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