+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4usw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human soluble Adenylyl Cyclase with ATP | ||||||
![]() | ADENYLATE CYCLASE TYPE 10 | ||||||
![]() | LYASE / ATP SUBSTRATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of cardiac muscle cell contraction / astrocyte end-foot / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / positive regulation of glycogen catabolic process / : / central region of growth cone / glucose catabolic process ...negative regulation of cardiac muscle cell contraction / astrocyte end-foot / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / positive regulation of glycogen catabolic process / : / central region of growth cone / glucose catabolic process / regulation of mitophagy / regulation of membrane repolarization / adenylate cyclase / basal part of cell / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cAMP biosynthetic process / positive regulation of ossification / adenylate cyclase activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection extension / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial membrane potential / spermatid development / positive regulation of axon extension / Hedgehog 'off' state / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / cilium / manganese ion binding / ATPase binding / cytoskeleton / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kleinboelting, S. / Steegborn, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis of Human Soluble Adenylyl Cyclase and Crystal Structures of its Nucleotide Complexes -Implications for Cyclase Catalysis and Evolution. 著者: Kleinbolting, S. / Van Den Heuvel, J. / Steegborn, C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 157.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 805.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 811.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 54269.664 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-469 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BETA-MERCAPTOETHANOL MODIFICATION AT RESIDUE CYS253 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 207分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ATP / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
非ポリマーの詳細 | ADENOSINE 5'-(TETRAHYDRO |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 6 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.8, 0.2 M TRI-SODIUM-CITRATE, 15% (W/V) PEG 4000, 10% (V/V) GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月5日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: SI111-DCM WITH SAGITTAL BENDER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91705 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→87.55 Å / Num. obs: 35253 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.31 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4CLK 解像度: 2.05→87.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 8.649 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED ATP BUILD IN SYN CONFORMATION ATP IN ANTI CONFORMATION IS ALSO PRESENT BUT WITH MINOR OCCUPANCY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.772 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→87.55 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|