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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4usu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human soluble Adenylyl Cyclase in complex with alpha,beta-methyleneadenosine-5'-triphosphate | ||||||
![]() | ADENYLATE CYCLASE TYPE 10 | ||||||
![]() | LYASE / APCPP | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of cardiac muscle cell contraction / astrocyte end-foot / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / positive regulation of glycogen catabolic process / : / central region of growth cone / glucose catabolic process ...negative regulation of cardiac muscle cell contraction / astrocyte end-foot / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / positive regulation of glycogen catabolic process / : / central region of growth cone / glucose catabolic process / regulation of mitophagy / regulation of membrane repolarization / adenylate cyclase / basal part of cell / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cAMP biosynthetic process / positive regulation of ossification / adenylate cyclase activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection extension / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial membrane potential / spermatid development / positive regulation of axon extension / Hedgehog 'off' state / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / cilium / manganese ion binding / ATPase binding / cytoskeleton / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kleinboelting, S. / Steegborn, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis of Human Soluble Adenylyl Cyclase and Crystal Structures of its Nucleotide Complexes -Implications for Cyclase Catalysis and Evolution. 著者: Kleinbolting, S. / Van Den Heuvel, J. / Steegborn, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 842.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 851.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 54269.664 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-469 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BETA-MERCAPTOETHANOL MODIFICATION AT RESIDUE CYS253 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 213分子 ![](data/chem/img/APC.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-APC / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.8, 0.2 M TRI-SODIUM-CITRATE, 15% (W/V) PEG 4000, 10% (V/V) GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月23日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: SI111-DCM WITH SAGITTAL BENDER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→64.83 Å / Num. obs: 40732 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.17 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4CLK 解像度: 1.95→64.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 7.772 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→64.83 Å
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拘束条件 |
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