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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4usr | ||||||
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タイトル | Structure of flavin-containing monooxygenase from Pseudomonas stutzeri NF13 | ||||||
要素 | MONOOXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FAD / MONOOXYGENASE / NAD(P)H | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS STUTZERI NF13 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Jensen, C.N. / Ali, S.T. / Allen, M.J. / Grogan, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Catal. / 年: 2014 タイトル: Exploring Nicotinamide Cofactor Promiscuity in Nad(P)H-Dependent Flavin Containing Monooxygenases (Fmos) Using Natural Variation within the Phosphate Binding Loop. Structure and ...タイトル: Exploring Nicotinamide Cofactor Promiscuity in Nad(P)H-Dependent Flavin Containing Monooxygenases (Fmos) Using Natural Variation within the Phosphate Binding Loop. Structure and Activity of Fmos from Cellvibrio Sp. Br and Pseudomonas Stutzeri NF13 著者: Jensen, C.N. / Ali, S.T. / Allen, M.J. / Grogan, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4usr.cif.gz | 89.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4usr.ent.gz | 66.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4usr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4usr_validation.pdf.gz | 715.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4usr_full_validation.pdf.gz | 721.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4usr_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4usr_validation.cif.gz | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/4usr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/4usr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39878.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS STUTZERI NF13 (バクテリア) 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PETYSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M2V3J0, flavin-containing monooxygenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 35 % (W/V) TACSIMATE AT PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 |
検出器 | 日付: 2014年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96862 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→35.94 Å / Num. obs: 41893 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.85 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4A9W 解像度: 1.83→35.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.306 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.953 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→35.94 Å
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拘束条件 |
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