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万見
- PDB-4uqm: Crystal structure determination of uracil-DNA N-glycosylase (UNG)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uqm
タイトルCrystal structure determination of uracil-DNA N-glycosylase (UNG) from Deinococcus radiodurans in complex with DNA - new insights into the role of the Leucine-loop for damage recognition and repair
要素
  • 5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*AAB*GP*TP*CP*TP*CP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*G)-3'
  • URACIL-DNA GLYCOSYLASE
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / BASE EXCISION REPAIR / RADIATION RESISTANCE / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Pedersen, H.L. / Johnson, K.A. / McVey, C.E. / Leiros, I. / Moe, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Structure determination of uracil-DNA N-glycosylase from Deinococcus radiodurans in complex with DNA.
著者: Pedersen, H.L. / Johnson, K.A. / McVey, C.E. / Leiros, I. / Moe, E.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
B: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*AAB*GP*TP*CP*TP*CP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5965
ポリマ－37,4693
非ポリマー1282
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-17.1 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.300, 98.720, 43.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 URACIL-DNA GLYCOSYLASE / UDG / URACIL DNA GLYCOSYLASE


分子量: 27794.527 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 1-15 AND 246-247 NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RWH9, uracil-DNA glycosylase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*CP*AP*AAB*GP*TP*CP*TP*CP*CP*G)-3'


分子量: 4677.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NUCLEOTIDE 9 IS ABASIC / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*CP*AP*G)-3'


分子量: 4997.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 242分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 0.05M NACITRATE, PH4.6 20%(W/V) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 78013 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.35→1.38 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BOO

2boo


解像度: 1.35→27.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.032 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED TERMINAL DNA NUCLEOTIDES HAD HIGH B-FACTORS, BUT WERE VISIBLE IN ELECTRON DENSITY CONTOURED AT LOW SIGMA LEVEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21083 3916 5 %RANDOM
Rwork0.18241 ---
obs0.1838 74096 95.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→27.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1829 457 7 240 2533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0172465
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7191.7743445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17534862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0155.789247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24523.29588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.40515304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3691513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.240.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9781.143921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.977920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0881.7171151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0872.5681152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4621.2881544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4621.2891544
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5831.9062292
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.7684468
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.6834352
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.99932437
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.29752323
LS精密化 シェル解像度: 1.349→1.384 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 277 -
Rwork0.29 5188 -
obs--91.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6445-0.17290.54021.6296-0.68273.5554-0.083-0.1313-0.24730.0580.02350.27410.247-0.38250.05950.1048-0.06070.00880.1097-0.00250.168-7.1363-40.5995-5.4474
20.8418-0.0046-0.23671.41350.53362.596-0.0134-0.0702-0.07950.0548-0.03120.1036-0.0095-0.16350.04470.0051-0.00650.00090.06560.00320.05720.4818-29.2877-3.646
33.3297-0.1880.45173.9907-1.73752.85880.04020.02990.21360.0137-0.07820.2094-0.3112-0.17490.0380.08580.01240.00170.0781-0.01770.03882.3915-18.2943-13.1172
41.8048-1.0862-0.35132.13761.31835.44550.07320.1250.1287-0.2228-0.0014-0.2443-0.33710.2228-0.07190.0856-0.04840.01670.09870.02310.062413.4716-19.4303-20.4948
51.020.29710.04912.1961-1.04393.0861-0.01970.13290.0346-0.16710.00840.1416-0.1783-0.08240.01130.05840.004-0.00310.069-0.0130.03073.7173-23.9029-21.7307
61.1291-0.0829-0.26371.59540.24061.7942-0.0262-0.0414-0.2060.03220.0215-0.10140.28730.15840.00470.05030.01220.00070.05860.00630.082310.0099-36.3683-9.7041
71.7214-0.12740.64521.70360.26372.41930.07840.1547-0.1178-0.2448-0.0275-0.09950.05780.1836-0.0510.0777-0.00370.03350.10260.00380.044311.9063-28.3589-24.0581
80.01710.11090.12350.90760.9941.09650.0441-0.02120.0278-0.024-0.0417-0.0695-0.0675-0.089-0.00230.3354-0.0622-0.01110.2667-0.04350.418618.6335-8.107-3.615
97.2369-2.55564.12590.9096-1.44762.37250.1697-0.072-0.327-0.02770.01750.09510.1585-0.0488-0.18720.1938-0.0274-0.03970.1815-0.00850.179328.1265-29.1384-2.1033
103.3407-1.19120.87433.71831.88792.20370.03630.04680.0449-0.12910.01510.3302-0.0262-0.1611-0.05140.0218-0.0391-0.0210.23730.02370.258425.1618-19.9122-2.3512
1100000000000000-00.132000.13200.132000
1200000000000000-00.132000.13200.132000
1300000000000000-00.132000.13200.132000
1400000000000000-00.132000.13200.132000
1500000000000000-00.132000.13200.132000
1600000000000000-00.132000.13200.132000
1710.81560.7251-2.2550.0581-0.12610.5378-0.0482-0.1839-0.2261-0.0221-0.0031-0.0154-0.02910.04940.05130.1225-0.02160.00550.1141-0.00710.088212.0405-21.3796-7.3332
1800000000000000-00.132000.13200.132000
1900000000000000-00.132000.13200.132000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2A38 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3A92 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4A106 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5A119 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6A143 - 208
7X-RAY DIFFRACTION7A209 - 244
8X-RAY DIFFRACTION8B4 - 8
9X-RAY DIFFRACTION9B10 - 15
10X-RAY DIFFRACTION10C2 - 12
11X-RAY DIFFRACTION11A16 - 96
12X-RAY DIFFRACTION12A97 - 129
13X-RAY DIFFRACTION13A130 - 140
14X-RAY DIFFRACTION14A141 - 219
15X-RAY DIFFRACTION15A220 - 244
16X-RAY DIFFRACTION16B4 - 7
17X-RAY DIFFRACTION17B8 - 15
18X-RAY DIFFRACTION18C3 - 8
19X-RAY DIFFRACTION19C9 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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