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- PDB-4uqd: X-ray structure of glucuronoxylan-xylanohydrolase (Xyn30A) from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uqd
タイトルX-ray structure of glucuronoxylan-xylanohydrolase (Xyn30A) from Clostridium thermocellum at 1.25 A resolution
要素CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Dockerin domain ...Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THREONINE / Carbohydrate binding family 6 / :
類似検索 - 構成要素
生物種RUMINICLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Freire, F. / Verma, A.K. / Goyal, A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2016
タイトル: Conservation in the Mechanism of Glucuronoxylan Hydrolysis Revealed by the Structure of Glucuronoxylan Xylano-Hydrolase (Ctxyn30A) from Clostridium Thermocellum
著者: Freire, F. / Verma, A.K. / Bule, P. / Alves, V.D. / Fontes, C.M.G.A. / Goyal, A. / Najmudin, S.
履歴
登録2014年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8805
ポリマ－46,4541
非ポリマー4254
水11,494638
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.640, 46.740, 53.070
Angle α, β, γ (deg.)83.37, 73.53, 65.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6 / XYN30A


分子量: 46454.062 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL CATALYTIC MODULE, RESIDUES 34-419 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RUMINICLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: E6UTM3, UniProt: A3DJS9*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25 % (V/V) PEG 3350, 0.2 M CACL2, 0.1 M HEPES 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日
詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50.9 Å / Num. obs: 96003 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 1.58 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.21
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / % possible all: 75.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CKQ

4ckq


解像度: 1.25→42.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.51 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.166 1949 2 %RANDOM
Rwork0.133 ---
obs0.133 94054 89.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.003 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.25 Å2-0.21 Å2
2---0.13 Å20.66 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→42.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 0 28 638 3794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193352
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3951.9354586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7937192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4995431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.36324.157166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.84815559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.8251522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.720.8371605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7130.8351604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.46536473
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.4615156
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.96156855
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 113 -
Rwork0.42 5524 -
obs--71.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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