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万見
- PDB-4uoh: Crystallographic structure of nucleoside diphosphate kinase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uoh
タイトルCrystallographic structure of nucleoside diphosphate kinase from Litopenaeus vannamei complexed with ADP
要素NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / BINARY / COMPLEX / ADP / PURINE / WHITE-SHRIMP / BINDING SITE / NUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種LITOPENAEUS VANNAMEI (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.007 Å
データ登録者Lopez-Zavala, A.A. / Guevara-Hernandez, E. / Stojanoff, V. / Rudino-Pinera, E. / Sotelo-Mundo, R.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structure of Nucleoside Diphosphate Kinase from Pacific Shrimp (Litopenaeus Vannamei) in Binary Complexes with Purine and Pyrimidine Nucleoside Diphosphates
著者: Lopez-Zavala, A.A. / Quintero-Reyes, I.E. / Carrasco-Miranda, J.S. / Stojanoff, V. / Weichsel, A. / Rudino-Pinera, E. / Sotelo-Mundo, R.R.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9507
ポリマ－51,0473
非ポリマー9034
水7,548419
1
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,90014
ポリマ－102,0946
非ポリマー1,8068
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area19550 Å2
ΔGint-136.8 kcal/mol
Surface area31420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.806, 120.835, 103.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2138-

HOH

21A-2140-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE


分子量: 17015.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LITOPENAEUS VANNAMEI (甲殻類) / プラスミド: PJEXPRESS414 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): SALT INDUCIBLE / 参照: UniProt: A5J299, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
解説: THE STARTING MODEL WAS PREVIOUS LITOPENAEUS VANNAMEI NDK STRUCTURE COMPLEXED WITH DADP WHICH WILL BE DEPOSITED IN PDB
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% (W/V) PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.8 Å / Num. obs: 29462 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SHRIMP NDK STRUCTURE TO BE DEPOSITED

解像度: 2.007→34.887 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: NO ELECTRON DENSITY WAS FOUND FOR ADP IN THE CHAIN A ACTIVE SITE. ALSO NUCLEOTIDE BINDING LOOP IN CHAIN A THAT COMPRISE RESIDUES 44-66 WERE DISORDERED. THEREFORE, BOTH LIGAND AND DISORDERED ...詳細: NO ELECTRON DENSITY WAS FOUND FOR ADP IN THE CHAIN A ACTIVE SITE. ALSO NUCLEOTIDE BINDING LOOP IN CHAIN A THAT COMPRISE RESIDUES 44-66 WERE DISORDERED. THEREFORE, BOTH LIGAND AND DISORDERED LOOP WERE NOT INCLUDED IN IN FINAL THE MODEL.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1497 5.1 %
Rwork0.178 --
obs0.18 29447 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.007→34.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3371 0 56 419 3846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1694720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6571302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0072-2.07190.29871280.24112423X-RAY DIFFRACTION96
2.0719-2.1460.27551310.20792510X-RAY DIFFRACTION100
2.146-2.23190.22251270.19412524X-RAY DIFFRACTION100
2.2319-2.33340.25221300.19932538X-RAY DIFFRACTION100
2.3334-2.45640.24151340.19062513X-RAY DIFFRACTION100
2.4564-2.61030.24781240.19042543X-RAY DIFFRACTION100
2.6103-2.81170.24311430.19032533X-RAY DIFFRACTION100
2.8117-3.09450.23351530.17672525X-RAY DIFFRACTION100
3.0945-3.5420.22011190.16142602X-RAY DIFFRACTION100
3.542-4.4610.17041520.15372569X-RAY DIFFRACTION100
4.461-34.89250.19511560.17122670X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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